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- PDB-6jc4: Crystal structure of the urease accessory protein UreF from Klebs... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jc4
タイトルCrystal structure of the urease accessory protein UreF from Klebsiella pneumoniae
要素Urease accessory protein UreF
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Nickel-binding / urease accessory protein
機能・相同性Urease accessory protein UreF / UreF domain superfamily / UreF / : / nickel cation binding / cytoplasm / Urease accessory protein UreF / Urease accessory protein UreF
機能・相同性情報
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wu, W. / Zhang, Q. / Bartlam, M.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31570128 中国
Ministry of Science and Technology (China)2014CB560709 中国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2022
タイトル: Structural characterization of the urease accessory protein UreF from Klebsiella pneumoniae.
著者: Liu, S. / Wu, W. / Zhao, Q. / Liang, H. / Che, S. / Zhang, H. / Liu, R. / Zhang, Q. / Bartlam, M.
履歴
登録2019年1月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urease accessory protein UreF
B: Urease accessory protein UreF
C: Urease accessory protein UreF
D: Urease accessory protein UreF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,8484
ポリマ－114,8484
非ポリマー00
水6,323351
1
A: Urease accessory protein UreF
D: Urease accessory protein UreF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4242
ポリマ－57,4242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area16940 Å2
手法PISA
2
B: Urease accessory protein UreF
C: Urease accessory protein UreF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4242
ポリマ－57,4242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area16680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.886, 121.886, 63.578
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number75
Space group name H-MP4
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 200 / Label seq-ID: 34 - 233

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Urease accessory protein UreF


分子量: 28712.012 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: ureF, ureF_1, ureF_2, NCTC204_02890, NCTC5052_03968, NCTC8849_05426, NCTC9637_01222, NCTC9661_01459, SAMEA104305404_01442, SAMEA24002668_02244
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2X3G2L5, UniProt: A6TE44*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% (w/v) PEG-8000, 0.1M CHES, pH 9.5, 0.2M NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 41752 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 27.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 13.9 % / Mean I/σ(I) obs: 9.9 / Num. unique obs: 2055 / Rpim(I) all: 0.142 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0241精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→44.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 12.196 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.337 / ESU R Free: 0.232 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24172 1984 4.8 %RANDOM
Rwork0.19971 ---
obs0.20166 39735 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 34.742 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.45 Å20 Å20 Å2
2---0.45 Å20 Å2
3---0.91 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→44.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6364 0 0 351 6715
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0136532
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175976
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5471.6358880
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3561.56613744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7695796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.36420.101396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.912151040
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2791576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2788
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021580
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3721.8623196
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3711.8623195
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4162.7833988
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4152.7833989
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7852.4333336
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7842.4333337
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.733.4544893
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.7123.7657953
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.68723.4647871
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A65230.08
12B65230.08
21A64430.09
22C64430.09
31A64050.1
32D64050.1
41B64920.08
42C64920.08
51B64570.09
52D64570.09
61C64600.08
62D64600.08
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 147 -
Rwork0.197 2930 -
obs--99.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4627-0.43560.53160.8726-0.13331.3361-0.04070.2732-0.1197-0.07650.027-0.0724-0.06930.08980.01370.05320.00590.02270.1037-0.01850.041254.335-27.6-7.223
21.5246-0.8619-0.48311.73940.40182.0836-0.1142-0.1610.04040.40340.0756-0.19130.0252-0.04020.03860.1308-0.0071-0.03440.05-0.00760.037489.349-9.97310.199
30.78290.76090.39712.54940.47731.6537-0.01290.09330.0389-0.4646-0.0596-0.19110.0463-0.09080.07250.14480.01910.04550.07510.00280.058388.084-4.415-16.908
41.22460.55050.28991.66210.90832.85120.0967-0.2945-0.2160.2094-0.0563-0.0794-0.04690.0255-0.04030.09290.0054-0.00760.08890.05250.043948.917-29.24619.853
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 200
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 200
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 200
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 200

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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