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- PDB-6jbo: Crystal structure of EfeO-like protein Algp7 containing samarium ion -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jbo
タイトルCrystal structure of EfeO-like protein Algp7 containing samarium ion
要素Alginate-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / samarium / alginate binding / metal binding / two up-and-down four-helical bundles
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / M75 peptidase, HXXE motif / EfeO/Algp7, imelysin-like domain / Imelysin-like domain / Imelysin-like domain superfamily / Imelysin / A middle domain of Talin 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Alginate-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingomonas sp. A1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Okumura, K. / Takase, R. / Maruyama, Y. / Mikami, B. / Murata, K. / Hashimoto, W.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Rare metal binding by a cell-surface component of bacterial EfeUOB iron importer
著者: Okumura, K. / Takase, R. / Maruyama, Y. / Mikami, B. / Murata, K. / Hashimoto, W.
履歴
登録2019年1月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年10月18日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Non-polymer description / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_type ...atom_site / atom_type / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / exptl_crystal / pdbx_audit_support / pdbx_contact_author / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _exptl_crystal.density_Matthews / _exptl_crystal.density_percent_sol / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_contact_author.email / _pdbx_contact_author.id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _software.version / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
解説: Ligand identity
詳細: The ligands identified as a samarium ion and two water molecules have been replaced to a citrate.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alginate-binding protein
B: Alginate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,86112
ポリマ－56,1102
非ポリマー75110
水7,584421
1
A: Alginate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4277
ポリマ－28,0551
非ポリマー3726
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Alginate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4335
ポリマ－28,0551
非ポリマー3784
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.833, 97.509, 104.906
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Alginate-binding protein


分子量: 28054.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingomonas sp. A1 (バクテリア)
遺伝子: p7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q25C86
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.9
詳細: 12.5% PEG 8000, 100 mM sodium citrate (pH 3.9), 200 mM sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→50 Å / Num. obs: 44838 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 36.5
反射 シェル解像度: 1.88→1.91 Å / Rmerge(I) obs: 0.483 / Num. unique obs: 2188

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3AT7

3at7


解像度: 1.88→46.45 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2185 2217 4.95 %
Rwork0.1821 --
obs0.1839 44767 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→46.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3965 0 36 421 4422
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014095
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4685504
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.102568
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055608
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01719
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.88-1.920.33031470.25072556X-RAY DIFFRACTION99
1.92-1.970.26671380.21962625X-RAY DIFFRACTION99
1.97-2.010.2211370.19752610X-RAY DIFFRACTION99
2.01-2.070.23681080.19542649X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.130.28491430.18712623X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.20.22341340.18752630X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.280.2131320.17712659X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.370.23841350.17812631X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.480.23421420.18082645X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.610.21091580.18782638X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.770.23021430.18772681X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.980.20691320.19472655X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.280.26041360.19232690X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.760.21371440.17352694X-RAY DIFFRACTION100
3.76-4.740.16831470.14612724X-RAY DIFFRACTION100
4.74-46.450.18971410.18472840X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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