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- PDB-6jbd: Phosphotransferase-ATP complex related to CoA biosynthesis pathway -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jbd
タイトルPhosphotransferase-ATP complex related to CoA biosynthesis pathway
要素Pantoate kinase
キーワードTRANSFERASE / CoA biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


pantoate kinase / coenzyme A biosynthetic process / kinase activity / phosphorylation / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Pantoate kinase / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / TRIETHYLENE GLYCOL / Pantoate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kita, A. / Kishimoto, A. / Shimosaka, T. / Tomita, H. / Yokooji, Y. / Imanaka, T. / Atomi, H. / Miki, K.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science24.2716 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceJP17J08246 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceJP18H03934 日本
Other private 日本
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of pantoate kinase from Thermococcus kodakarensis.
著者: Kita, A. / Kishimoto, A. / Shimosaka, T. / Tomita, H. / Yokooji, Y. / Imanaka, T. / Atomi, H. / Miki, K.
履歴
登録2019年1月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月19日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pantoate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,97613
ポリマ－32,7901
非ポリマー1,18612
水1,09961
1
A: Pantoate kinase
ヘテロ分子

A: Pantoate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,95226
ポリマ－65,5792
非ポリマー2,37224
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_466y-1,x+1,-z+11
Buried area5130 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area26020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.323, 95.323, 60.691
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-408-

CA

21A-555-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Pantoate kinase / PoK


分子量: 32789.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌)
株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: TK2141 / 発現宿主: Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JHF1, pantoate kinase

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非ポリマー , 8種, 73分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 8000, calcium acetate, ATP, magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→100 Å / Num. obs: 11320 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 0.965 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.5411.10.3885530.9640.1220.4070.972100
2.54-2.5911.10.3155560.9770.0990.330.961100
2.59-2.6411.20.2965750.9830.0930.3111.001100
2.64-2.6911.10.2565440.9890.0810.2691.163100
2.69-2.7511.20.2315650.990.0720.2430.983100
2.75-2.8211.20.1915440.9910.060.20.944100
2.82-2.8911.10.1765720.9940.0550.1850.945100
2.89-2.9611.20.1535600.9960.0480.1610.952100
2.96-3.0511.10.1245620.9960.0390.130.933100
3.05-3.1511.20.0975640.9970.030.1020.91100
3.15-3.2611.10.085570.9980.0250.0840.904100
3.26-3.3911.10.0695640.9980.0220.0730.923100
3.39-3.55110.0645660.9980.020.0671.033100
3.55-3.73110.0535620.9990.0170.0561.006100
3.73-3.9710.90.0455740.9990.0140.0471.029100
3.97-4.27110.0375680.9990.0120.0390.939100
4.27-4.7110.90.0345730.9990.0110.0360.96100
4.71-5.3910.80.0335830.9990.0110.0350.91100
5.39-6.7910.60.0365850.9990.0110.0380.86100
6.79-1009.30.0335930.9980.0110.0350.96995

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.3精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 2.5→100 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 235
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2594 555 4.9 %
Rwork0.2193 --
obs-11027 97.5 %
溶媒の処理Bsol: 49.3068 Å2
原子変位パラメータBiso max: 85.18 Å2 / Biso mean: 36.8936 Å2 / Biso min: 9.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2249 0 60 61 2370
Biso mean--67.14 34.49 -
残基数----295
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3331.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.962
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.2372
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.982.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:carbo2.param
X-RAY DIFFRACTION6CNS_TOPPAR:atp9.param
X-RAY DIFFRACTION7CNS_TOPPAR:p10.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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