PDB-6j7t: Crystal structure of toxin TglT (unusual type guanylyltransferase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6j7t

タイトル

Crystal structure of toxin TglT (unusual type guanylyltransferase-like toxin, Rv1045) mutant D82A from Mycobacterium tuberculosis

要素

guanylyltransferase-like toxin

キーワード

TOXIN / guanylyltransferase / guanylyltransferase-like toxin / TA

機能・相同性

Nucleotidyl transferase AbiEii toxin, Type IV TA system / Nucleotidyl transferase AbiEii toxin, Type IV TA system / metal ion binding / Nucleotidyl transferase AbiEii/AbiGii toxin family protein

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.903 Å

データ登録者

Yu, X. / Gao, X. / Zhu, K. / Wojdyla, J.A. / Wang, M. / Cui, S.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Characterization of a toxin-antitoxin system in Mycobacterium tuberculosis suggests neutralization by phosphorylation as the antitoxicity mechanism.
著者: Yu, X. / Gao, X. / Zhu, K. / Yin, H. / Mao, X. / Wojdyla, J.A. / Qin, B. / Huang, H. / Wang, M. / Sun, Y.C. / Cui, S.

履歴

登録	2019年1月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6j7t.cif.gz	122 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6j7t.ent.gz	100.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6j7t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6j7t_validation.pdf.gz	438.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6j7t_full_validation.pdf.gz	440.8 KB	表示
XML形式データ	6j7t_validation.xml.gz	14.5 KB	表示
CIF形式データ	6j7t_validation.cif.gz	20.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/6j7t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/6j7t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6j7nC 6j7oC 6j7pC 6j7qC 6j7rC 6j7sC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5aa9-d 6j7r-d 4cd0-d 6j7n-d 2pl0-d 4foc-d 4ctc-d 4cmo-d 1dsn-d 2yjs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: guanylyltransferase-like toxin

ヘテロ分子

34.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.692, 94.692, 61.836
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-460- HOH

#1: タンパク質	guanylyltransferase-like toxin 分子量: 34438.383 Da / 分子数: 1 / 変異: D82A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv1045 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P96356
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.1 % / 解説: rod-like
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M Bis-Tris pH=6.5, 0.2M magnesium chloride hexahydrate and 25% polyethylene glycol 3,350 (v/v).

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9779 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9779 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→49.373 Å / Num. obs: 50528 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 18.67 % / B_iso Wilson estimate: 33.762 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.176 / Net I/σ(I): 14.94
反射シェル	解像度: 1.86→1.97 Å / 冗長度: 12.47 % / R_merge(I) obs: 1.33 / Mean I/σ(I) obs: 1.65 / Num. unique obs: 6992 / CC_1/2: 0.619 / % possible all: 83.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.903→49.373 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.8

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2057	3732	7.68 %	Random
R_work	0.1883	-	-	-
obs	0.1897	48568	99.82 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.903→49.373 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2210	0	21	175	2406

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2308
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.706	3159
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.895	1420
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	370
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	416

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9031-1.9271	0.4211	137	0.4065	1644	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9271-1.9525	0.3918	138	0.3302	1640	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9525-1.9793	0.2896	138	0.306	1649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9793-2.0075	0.2654	140	0.2586	1664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0075-2.0375	0.2429	140	0.2453	1630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0375-2.0693	0.3054	142	0.2874	1677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0693-2.1033	0.2888	128	0.2624	1701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1033-2.1395	0.2279	136	0.2153	1678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1395-2.1784	0.2298	140	0.2096	1595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1784-2.2203	0.248	146	0.2093	1705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2203-2.2657	0.3118	142	0.2804	1662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2657-2.3149	0.2392	140	0.1994	1660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3149-2.3688	0.2162	138	0.1976	1699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3688-2.428	0.1965	140	0.1855	1631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.428-2.4937	0.2015	138	0.1771	1639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4937-2.567	0.1973	144	0.1745	1683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.567-2.6499	0.1651	136	0.1779	1648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6499-2.7446	0.1835	134	0.17	1667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7446-2.8545	0.213	138	0.1689	1667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8545-2.9844	0.2122	142	0.1763	1670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9844-3.1417	0.153	140	0.1661	1649	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1417-3.3385	0.195	142	0.164	1664	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3385-3.5962	0.222	131	0.1585	1664	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5962-3.9579	0.1843	132	0.1589	1663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9579-4.5303	0.1368	138	0.1497	1681	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5303-5.7064	0.1666	139	0.1565	1658	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7064-49.3894	0.2016	133	0.1943	1648	X-RAY DIFFRACTION	98

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)