[日本語] English
万見
- PDB-6j7t: Crystal structure of toxin TglT (unusual type guanylyltransferase... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j7t
タイトルCrystal structure of toxin TglT (unusual type guanylyltransferase-like toxin, Rv1045) mutant D82A from Mycobacterium tuberculosis
要素guanylyltransferase-like toxin
キーワードTOXIN / guanylyltransferase / guanylyltransferase-like toxin / TA
機能・相同性Nucleotidyl transferase AbiEii toxin, Type IV TA system / Nucleotidyl transferase AbiEii toxin, Type IV TA system / nucleotide binding / metal ion binding / Nucleotidyl transferase AbiEii/AbiGii toxin family protein
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.903 Å
データ登録者Yu, X. / Gao, X. / Zhu, K. / Wojdyla, J.A. / Wang, M. / Cui, S.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81572005 中国
National Natural Science Foundation of China81401714 中国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Characterization of a toxin-antitoxin system in Mycobacterium tuberculosis suggests neutralization by phosphorylation as the antitoxicity mechanism.
著者: Yu, X. / Gao, X. / Zhu, K. / Yin, H. / Mao, X. / Wojdyla, J.A. / Qin, B. / Huang, H. / Wang, M. / Sun, Y.C. / Cui, S.
履歴
登録2019年1月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: guanylyltransferase-like toxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,89517
ポリマ－34,4381
非ポリマー45716
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.692, 94.692, 61.836
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-460-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 guanylyltransferase-like toxin


分子量: 34438.383 Da / 分子数: 1 / 変異: D82A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv1045 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P96356
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.1 % / 解説: rod-like
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Bis-Tris pH=6.5, 0.2M magnesium chloride hexahydrate and 25% polyethylene glycol 3,350 (v/v).

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9779 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9779 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→49.373 Å / Num. obs: 50528 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 18.67 % / Biso Wilson estimate: 33.762 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.176 / Net I/σ(I): 14.94
反射 シェル解像度: 1.86→1.97 Å / 冗長度: 12.47 % / Rmerge(I) obs: 1.33 / Mean I/σ(I) obs: 1.65 / Num. unique obs: 6992 / CC1/2: 0.619 / % possible all: 83.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.903→49.373 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.8
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2057 3732 7.68 %Random
Rwork0.1883 ---
obs0.1897 48568 99.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 36.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.903→49.373 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2210 0 21 175 2406
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032308
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7063159
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8951420
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042370
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005416
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9031-1.92710.42111370.40651644X-RAY DIFFRACTION97
1.9271-1.95250.39181380.33021640X-RAY DIFFRACTION100
1.9525-1.97930.28961380.3061649X-RAY DIFFRACTION100
1.9793-2.00750.26541400.25861664X-RAY DIFFRACTION100
2.0075-2.03750.24291400.24531630X-RAY DIFFRACTION100
2.0375-2.06930.30541420.28741677X-RAY DIFFRACTION100
2.0693-2.10330.28881280.26241701X-RAY DIFFRACTION100
2.1033-2.13950.22791360.21531678X-RAY DIFFRACTION100
2.1395-2.17840.22981400.20961595X-RAY DIFFRACTION100
2.1784-2.22030.2481460.20931705X-RAY DIFFRACTION100
2.2203-2.26570.31181420.28041662X-RAY DIFFRACTION100
2.2657-2.31490.23921400.19941660X-RAY DIFFRACTION100
2.3149-2.36880.21621380.19761699X-RAY DIFFRACTION100
2.3688-2.4280.19651400.18551631X-RAY DIFFRACTION100
2.428-2.49370.20151380.17711639X-RAY DIFFRACTION100
2.4937-2.5670.19731440.17451683X-RAY DIFFRACTION100
2.567-2.64990.16511360.17791648X-RAY DIFFRACTION100
2.6499-2.74460.18351340.171667X-RAY DIFFRACTION100
2.7446-2.85450.2131380.16891667X-RAY DIFFRACTION100
2.8545-2.98440.21221420.17631670X-RAY DIFFRACTION100
2.9844-3.14170.1531400.16611649X-RAY DIFFRACTION100
3.1417-3.33850.1951420.1641664X-RAY DIFFRACTION100
3.3385-3.59620.2221310.15851664X-RAY DIFFRACTION100
3.5962-3.95790.18431320.15891663X-RAY DIFFRACTION100
3.9579-4.53030.13681380.14971681X-RAY DIFFRACTION100
4.5303-5.70640.16661390.15651658X-RAY DIFFRACTION100
5.7064-49.38940.20161330.19431648X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る