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- PDB-6j7c: Crystal structure of proline racemase-like protein from Thermococ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j7c
タイトルCrystal structure of proline racemase-like protein from Thermococcus litoralis in complex with proline
要素Proline racemase
キーワードISOMERASE / Proline racemase / Hydroxyproline 2-epimerase / Hyperthermophilic archaea
機能・相同性4-hydroxyproline epimerase activity / Proline racemase family / Proline racemase / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Roll / Alpha Beta / PROLINE / Proline racemase
機能・相同性情報
生物種Thermococcus litoralis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Watanabe, Y. / Watanabe, S. / Itoh, Y. / Watanabe, Y.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science16K07297 日本
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of substrate-bound bifunctional proline racemase/hydroxyproline epimerase from a hyperthermophilic archaeon.
著者: Watanabe, Y. / Watanabe, S. / Itoh, Y. / Watanabe, Y.
履歴
登録2019年1月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proline racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3172
ポリマ－38,2021
非ポリマー1151
水52229
1
A: Proline racemase
ヘテロ分子

A: Proline racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,6344
ポリマ－76,4032
非ポリマー2302
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area3900 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area23450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.379, 125.379, 140.633
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Proline racemase


分子量: 38201.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus litoralis (strain ATCC 51850 / DSM 5473 / JCM 8560 / NS-C) (古細菌)
株: ATCC 51850 / DSM 5473 / JCM 8560 / NS-C / 遺伝子: OCC_00372 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: H3ZMH5
#2: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M HEPES pH 7.0, 30% (v/v) Jeffamine ED-2001 pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 18535 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.1 % / Biso Wilson estimate: 58.24 Å2 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.185 / Rsym value: 0.18 / Net I/σ(I): 25.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 19.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 889 / CC1/2: 0.734 / Rpim(I) all: 0.446 / Rrim(I) all: 1.993 / Rsym value: 1.941 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1W61

1w61


解像度: 2.7→46.793 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.93
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2958 1820 9.83 %
Rwork0.2454 --
obs0.2505 18509 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 98.65 Å2 / Biso mean: 58.1317 Å2 / Biso min: 30.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→46.793 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2562 0 8 29 2599
Biso mean--58.84 47.57 -
残基数----331
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092621
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0363554
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06409
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006455
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.1671559
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.7004-2.77340.4911260.402112661392
2.7734-2.8550.42991340.382212471381
2.855-2.94710.41391350.355312461381
2.9471-3.05240.43221420.354212561398
3.0524-3.17460.38851380.314612541392
3.1746-3.3190.36511500.289812611411
3.319-3.4940.29321190.267512921411
3.494-3.71280.31561490.239312541403
3.7128-3.99930.29931600.230412621422
3.9993-4.40150.23631380.206812881426
4.4015-5.03780.25351370.183613041441
5.0378-6.34460.23831430.209313251468
6.3446-46.80020.24261490.220814341583

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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