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- PDB-6j4r: Structural basis for the target DNA recognition and binding by th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j4r
タイトルStructural basis for the target DNA recognition and binding by the MYB domain of phosphate starvation response regulator 1
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*G)-3')
  • Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / MYB domain DNA / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to arsenite ion / sulfate ion homeostasis / cellular response to high light intensity / cellular response to phosphate starvation / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / circadian rhythm / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
MYB-CC type transcription factor, LHEQLE-containing domain / : / MYB-CC type transfactor, LHEQLE motif / Myb domain, plants / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT/Myb domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily ...MYB-CC type transcription factor, LHEQLE-containing domain / : / MYB-CC type transfactor, LHEQLE motif / Myb domain, plants / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT/Myb domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Jiang, M.Q. / Sun, L.F. / Isupov, M.N.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)31470741 中国
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for the Target DNA recognition and binding by the MYB domain of phosphate starvation response 1.
著者: Jiang, M. / Sun, L. / Isupov, M.N. / Littlechild, J.A. / Wu, X. / Wang, Q. / Wang, Q. / Yang, W. / Wu, Y.
履歴
登録2019年1月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22019年11月20日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1
B: Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1
C: Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1
D: Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1
F: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*AP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*G)-3')
X: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
Y: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2028
ポリマ－40,2028
非ポリマー00
水181
1
A: Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1
D: Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1
F: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*AP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1014
ポリマ－20,1014
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4540 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area10100 Å2
手法PISA
2
B: Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1
C: Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1
X: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
Y: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1014
ポリマ－20,1014
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area9600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.966, 88.966, 143.445
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

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DNA鎖 , 4種, 4分子 FEXY

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*AP*C)-3')


分子量: 3317.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*G)-3')


分子量: 3388.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*TP*G)-3')


分子量: 3388.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*C)-3')


分子量: 3317.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 5分子 ABCD

#1: タンパク質
Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1 / AtPHR1


分子量: 6697.832 Da / 分子数: 4 / 断片: MYB domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PHR1, At4g28610, T5F17.60 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q94CL7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.98 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 28%PEG3350 , 0.1M citrate-Na pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→75.61 Å / Num. obs: 14723 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 12.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.8-2.9513.24.07220820.6191.1574.23599.2
8.85-75.619.72.85620.9990.010.0399.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
xia2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.8→71.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 19.322 / SU ML: 0.324 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.572 / ESU R Free: 0.313 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2491 720 4.9 %RANDOM
Rwork0.2154 ---
obs0.2171 13959 99.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 222.95 Å2 / Biso mean: 102.85 Å2 / Biso min: 50.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.16 Å20 Å20 Å2
2--6.16 Å20 Å2
3----12.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→71.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1821 886 0 1 2708
Biso mean---50.94 -
残基数----271
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0112851
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6291.4674023
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1535223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.64619.14994
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.24715352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.9411518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2367
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021826
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.532 49 -
Rwork0.499 1007 -
all-1056 -
obs--98.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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