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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6j4d | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of MarH, an epimerase for biosynthesis of Maremycins in Streptomyces, under pH 4.7, without Zn | ||||||||||||
要素 | Cupin superfamily protein | ||||||||||||
キーワード | ISOMERASE / epimerase / Maremycins / biosynthesis | ||||||||||||
機能・相同性 | RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / metal ion binding / CITRATE ANION / Cupin superfamily protein 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Streptomyces sp. B9173 (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Hou, Y. / Liu, B. / Hu, K. / Zhang, R. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural Basis for the Isomerization Mechanism of MarH 著者: Liu, B. / Hou, Y. / Zhang, R. / Hu, K. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6j4d.cif.gz | 40.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6j4d.ent.gz | 25.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6j4d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6j4d_validation.pdf.gz | 452.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6j4d_full_validation.pdf.gz | 453 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6j4d_validation.xml.gz | 8.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6j4d_validation.cif.gz | 11.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/6j4d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/6j4d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13323.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces sp. B9173 (バクテリア) 遺伝子: marH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: X2D812 |
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#2: 化合物 | ChemComp-FLC / |
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.8 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7 / 詳細: 100mM sodium citrate, pH4.7, 20% PEG3350, 0.2M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97891 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97891 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 18801 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 14 % / Net I/σ(I): 54.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.42 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→37.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 0.757 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 85.6 Å2 / Biso mean: 10.862 Å2 / Biso min: 4.71 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.4→37.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.4→1.437 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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