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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6j47 | |||||||||
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タイトル | OspA variant with a short chameleon sequence from alpha B crystallin | |||||||||
要素 | Outer surface protein A | |||||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / beta-sheet / DE NOVO PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Borreliella burgdorferi (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Makabe, K. / Hori, Y. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2019 タイトル: Grafting a short chameleon sequence from alpha B crystallin into a beta-sheet scaffold protein. 著者: Hori, Y. / Fujiwara, H. / Fujiwara, W. / Makabe, K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6j47.cif.gz | 63.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6j47.ent.gz | 43.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6j47.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6j47_validation.pdf.gz | 455.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6j47_full_validation.pdf.gz | 458.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6j47_validation.xml.gz | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6j47_validation.cif.gz | 15.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/6j47 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/6j47 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26345.543 Da / 分子数: 1 変異: E37S, E45S, K46S,K64S, E104S, K107S, K239S, E240S, K254S, K48A, K60A, K83A, E196A, S120V,S121L, T122G, E123D, E124V 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Borreliella burgdorferi (バクテリア) 遺伝子: ospA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q45040, UniProt: P0CL66*PLUS | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-TRS / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.02 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 40% PEG 400, 0.1M Tris-HCl pH 9.0, protein 10 mg/mL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→63.32 Å / Num. obs: 17284 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 24 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 4.72 / Num. unique obs: 833 / % possible all: 96.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2G8C 解像度: 1.9→27.002 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.81
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→27.002 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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