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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6j3d | ||||||
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タイトル | Crystal structure of acetolactate decarboxylase from Bacillus subtilis subspecies spizizenii in space group P21212 | ||||||
![]() | Alpha-acetolactate decarboxylase | ||||||
![]() | LYASE / enzyme / decarboxylase | ||||||
機能・相同性 | ![]() acetolactate decarboxylase / acetoin biosynthetic process / acetolactate decarboxylase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yoon, S.I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of alpha-acetolactate decarboxylase from Bacillus subtilis subspecies spizizeni. 著者: Eom, J. / Oh, H.B. / Yoon, S.I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 202 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 160.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 432.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 434.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4bt4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29308.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 23059 / NRRL B-14472 / W23 / 遺伝子: alsD, BSUW23_17695 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.25 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 18% PEG 4000, 0.08M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 4.5, 12% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00004 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 58087 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 44.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / Num. unique obs: 2833 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ID 4BT4 解像度: 1.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 3.303 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.09 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.599 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.7→30 Å
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拘束条件 |
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