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- PDB-6j3b: Crystal structure of human DHODH in complex with inhibitor 1289 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j3b
タイトルCrystal structure of human DHODH in complex with inhibitor 1289
要素Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / DHODH / Inhibitor / Complex / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane ...pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-B5O / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / OROTIC ACID / Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Yu, Y. / Chen, Q.
引用ジャーナル: Febs Open Bio / 年: 2019
タイトル: A novel series of human dihydroorotate dehydrogenase inhibitors discovered by in vitro screening: inhibition activity and crystallographic binding mode.
著者: Zeng, T. / Zuo, Z. / Luo, Y. / Zhao, Y. / Yu, Y. / Chen, Q.
履歴
登録2019年1月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,22224
ポリマ－39,7251
非ポリマー2,49623
水5,873326
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area14940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.829, 90.829, 122.754
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-826-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial / DHOdehase / Dihydroorotate oxidase


分子量: 39725.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHODH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q02127, dihydroorotate dehydrogenase (quinone)

-
非ポリマー , 10種, 349分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-ORO / OROTIC ACID / オロチン酸


分子量: 156.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N2O4
#5: 化合物 ChemComp-B5O / (6R)-1-[3,5-bis(fluoranyl)-4-[2-fluoranyl-5-(hydroxymethyl)phenyl]phenyl]-6-propan-2-yl-6,7-dihydro-5H-benzotriazol-4-one


分子量: 415.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H20F3N3O2
#6: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: HEPES pH4.6, 2M AMMONIUM SULPHATE, 30% Glycerol / PH範囲: 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 77757 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / Rpim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Num. unique obs: 3842 / Rpim(I) all: 0.248

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.6→48.389 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1764 3835 4.96 %
Rwork0.1566 --
obs0.1576 77356 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→48.389 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2797 0 155 327 3279
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073116
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0874234
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0231169
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04457
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006557
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5996-1.61990.25111560.24252593X-RAY DIFFRACTION96
1.6199-1.64120.23171220.22222666X-RAY DIFFRACTION98
1.6412-1.66370.2431480.21072675X-RAY DIFFRACTION99
1.6637-1.68740.19221190.20852714X-RAY DIFFRACTION100
1.6874-1.71260.2231290.19582721X-RAY DIFFRACTION100
1.7126-1.73940.21751350.19922671X-RAY DIFFRACTION100
1.7394-1.76790.22761480.19092700X-RAY DIFFRACTION100
1.7679-1.79840.21761270.18342709X-RAY DIFFRACTION100
1.7984-1.83110.23321250.18382722X-RAY DIFFRACTION100
1.8311-1.86630.18181390.16872699X-RAY DIFFRACTION100
1.8663-1.90440.16631390.16512721X-RAY DIFFRACTION100
1.9044-1.94580.16821570.15842673X-RAY DIFFRACTION100
1.9458-1.99110.19571320.16022728X-RAY DIFFRACTION100
1.9911-2.04090.15841300.15542730X-RAY DIFFRACTION100
2.0409-2.09610.16211440.15632731X-RAY DIFFRACTION100
2.0961-2.15770.16561360.152715X-RAY DIFFRACTION100
2.1577-2.22740.15741440.14192716X-RAY DIFFRACTION100
2.2274-2.3070.16011270.13282733X-RAY DIFFRACTION100
2.307-2.39940.15491200.13372769X-RAY DIFFRACTION100
2.3994-2.50850.1591530.13792711X-RAY DIFFRACTION100
2.5085-2.64080.16661390.13942759X-RAY DIFFRACTION100
2.6408-2.80620.15711560.14352714X-RAY DIFFRACTION100
2.8062-3.02290.15211670.14062750X-RAY DIFFRACTION100
3.0229-3.3270.15351650.14112750X-RAY DIFFRACTION100
3.327-3.80830.15271780.13672741X-RAY DIFFRACTION100
3.8083-4.79730.18331480.14182814X-RAY DIFFRACTION100
4.7973-48.41150.22691520.1912896X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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