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- PDB-6j2r: Crystal structure of Striga hermonthica HTL8 (ShHTL8) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j2r
タイトルCrystal structure of Striga hermonthica HTL8 (ShHTL8)
要素Hyposensitive to light 8
キーワードPLANT PROTEIN / Striga hermonthica / HTL8
機能・相同性Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Hyposensitive to light 8
機能・相同性情報
生物種Striga hermonthica (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Zhang, Y.Y. / Xi, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21332004 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure and biochemical characterization of Striga hermonthica HYPO-SENSITIVE TO LIGHT 8 (ShHTL8) in strigolactone signaling pathway.
著者: Zhang, Y. / Wang, D. / Shen, Y. / Xi, Z.
履歴
登録2019年1月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hyposensitive to light 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2122
ポリマ－30,1201
非ポリマー921
水4,810267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area11340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.628, 83.483, 84.077
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hyposensitive to light 8


分子量: 30120.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Striga hermonthica (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M4APJ4
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.62 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M ammonium formate, 20% (w/v) PEG 3500 and 0.1 M ADA pH 6.6
PH範囲: 5.5-7.5 / Temp details: 303

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.399→50 Å / Num. obs: 58744 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.4-1.4220.30820390.8260.2560.4041.01167.3
1.42-1.452.30.30923150.8670.2350.3911.05676
1.45-1.482.60.28125520.8850.2040.351.03784.2
1.48-1.5130.2527720.9150.1670.3031.12190.9
1.51-1.543.40.21828770.950.1320.2571.02194.9
1.54-1.584.10.21329740.9540.1150.2431.05998
1.58-1.625.40.19530510.9690.0910.2151.10799.9
1.62-1.665.60.17730300.9750.0810.1951.127100
1.66-1.715.60.15830510.9790.0720.1741.08199.8
1.71-1.765.50.14130280.9810.0650.1551.07799.9
1.76-1.8350.12930700.980.0620.1431.09799.7
1.83-1.95.60.11930650.9830.0540.1311.11699.9
1.9-1.995.60.10630630.9810.0490.1170.997100
1.99-2.095.40.09930520.9870.0460.1090.94399.9
2.09-2.225.10.09230690.9870.0450.1030.99699.9
2.22-2.395.70.08630890.9890.0390.0940.87499.9
2.39-2.635.50.07931240.990.0360.0870.82199.9
2.63-3.025.30.07630980.9910.0350.0840.79899.8
3.02-3.85.50.07131560.990.0330.0780.84199.7
3.8-105.10.06132690.9930.0290.0680.69697.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6A9D

6a9d


解像度: 1.4→30.161 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.79
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1862 2963 5.21 %
Rwork0.1711 --
obs0.1719 56868 92.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 68.68 Å2 / Biso mean: 19.2301 Å2 / Biso min: 8.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→30.161 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2069 0 6 267 2342
Biso mean--23.59 32.14 -
残基数----267
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.4-1.42150.3511560.2473115742
1.4215-1.4460.2672770.2389158457
1.446-1.47230.22591120.2234198273
1.4723-1.50060.22151290.2157234585
1.5006-1.53120.21521300.1986251793
1.5312-1.56450.20741530.1922266897
1.5645-1.60090.19381570.1811273199
1.6009-1.6410.17831550.17442721100
1.641-1.68530.19391350.17112781100
1.6853-1.73490.19881690.17142695100
1.7349-1.79090.16871510.16872749100
1.7909-1.85490.18951600.17062766100
1.8549-1.92920.16441650.16232721100
1.9292-2.01690.16791620.15872764100
2.0169-2.12320.19071590.16052749100
2.1232-2.25620.16791510.16112789100
2.2562-2.43040.18841510.1612798100
2.4304-2.67480.18781550.1682782100
2.6748-3.06150.21041640.17632806100
3.0615-3.8560.16771290.15942862100
3.856-100.18011430.1765293897
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.2178 Å / Origin y: -3.4967 Å / Origin z: -0.8207 Å
111213212223313233
T0.1047 Å20.002 Å2-0.0018 Å2-0.1305 Å20.0042 Å2--0.0662 Å2
L0.6702 °2-0.0507 °2-0.0856 °2-0.4457 °2-0.0527 °2--1.9543 °2
S-0.0111 Å °-0.0315 Å °-0.0059 Å °0.0341 Å °0.031 Å °-0.0177 Å °0.0108 Å °0.0145 Å °-0.0245 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA3 - 269
2X-RAY DIFFRACTION1allA401
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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