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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6j2m | ||||||
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タイトル | Crystal structure of AtFKBP53 C-terminal domain | ||||||
要素 | Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP53 | ||||||
キーワード | ISOMERASE / FKBP / PPIase / Immunophilin / Prolyl isomerase / CHAPERONE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / nucleosome assembly / histone binding / nucleolus / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.13 Å | ||||||
データ登録者 | Singh, A.K. / Vasudevan, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020 タイトル: AtFKBP53: a chimeric histone chaperone with functional nucleoplasmin and PPIase domains. 著者: Singh, A.K. / Datta, A. / Jobichen, C. / Luan, S. / Vasudevan, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6j2m.cif.gz | 65.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6j2m.ent.gz | 45.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6j2m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6j2m_validation.pdf.gz | 855.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6j2m_full_validation.pdf.gz | 855.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6j2m_validation.xml.gz | 8.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6j2m_validation.cif.gz | 10.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/6j2m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/6j2m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13205.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: FKBP53, At4g25340, T30C3_20 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q93ZG9, peptidylprolyl isomerase | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-FK5 / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.19 % / 解説: Rod-shaped |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris (pH 8.5), 3.0 M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.9794 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.13→28.25 Å / Num. obs: 46611 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 6.355 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 15.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.13→1.15 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 15387 / CC1/2: 0.957 / Rpim(I) all: 0.118 / Rrim(I) all: 0.313 / % possible all: 98.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3UQA 解像度: 1.13→28.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 0.608 / SU ML: 0.013 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.026 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.691 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.13→28.25 Å
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拘束条件 |
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