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- PDB-6j1f: Crystal structure of HypX from Aquifex aeolicus in complex with T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j1f
タイトルCrystal structure of HypX from Aquifex aeolicus in complex with Tetrahydrofolic acid
要素(Hydrogenase regulation ...) x 2
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Hydrogenase / maturation / carbon monoxide
機能・相同性
機能・相同性情報


biosynthetic process / catalytic activity
類似検索 - 分子機能
[NiFe]-hydrogenase maturation factor, HypX/HoxX type / : / Formyl transferase, C-terminal / Formyl transferase, C-terminal domain / Formyl transferase-like, C-terminal domain superfamily / Formyl transferase, N-terminal / Formyl transferase / Formyl transferase, N-terminal domain superfamily / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. ...[NiFe]-hydrogenase maturation factor, HypX/HoxX type / : / Formyl transferase, C-terminal / Formyl transferase, C-terminal domain / Formyl transferase-like, C-terminal domain superfamily / Formyl transferase, N-terminal / Formyl transferase / Formyl transferase, N-terminal domain superfamily / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / (6S)-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLATE / Hydrogenase regulation HoxX
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Muraki, N. / Aono, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science17H03093 日本
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019
タイトル: Structural characterization of HypX responsible for CO biosynthesis in the maturation of NiFe-hydrogenase.
著者: Muraki, N. / Ishii, K. / Uchiyama, S. / Itoh, S.G. / Okumura, H. / Aono, S.
履歴
登録2018年12月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydrogenase regulation HoxX
B: Hydrogenase regulation HoxX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,9517
ポリマ－134,7862
非ポリマー2,1655
水3,531196
1
A: Hydrogenase regulation HoxX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,0724
ポリマ－67,7661
非ポリマー1,3053
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area24240 Å2
手法PISA
2
B: Hydrogenase regulation HoxX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8793
ポリマ－67,0201
非ポリマー8602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area22760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.020, 123.735, 290.004
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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Hydrogenase regulation ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hydrogenase regulation HoxX


分子量: 67766.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5 / 遺伝子: hoxX, aq_1156 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O67224
#2: タンパク質 Hydrogenase regulation HoxX


分子量: 67019.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5 / 遺伝子: hoxX, aq_1156 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O67224

-
非ポリマー , 4種, 201分子

#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 化合物 ChemComp-THG / (6S)-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLATE / (6S)-テトラヒドロ葉酸


分子量: 445.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23N7O6
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, HEPES-NaOH, Glycerol / PH範囲: 7.0-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 84116 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 45.9 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 15.24
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.861 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 8275 / CC1/2: 0.713 / Rpim(I) all: 0.36 / Rrim(I) all: 0.934 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6J0P

6j0p


解像度: 2.1→42.314 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.26
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2127 4205 5 %Random selection
Rwork0.1774 ---
obs0.1792 84107 99.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→42.314 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9045 0 140 196 9381
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089444
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85212792
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1995601
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521339
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051641
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.12390.2971330.26572559X-RAY DIFFRACTION99
2.1239-2.14890.28371460.23852657X-RAY DIFFRACTION100
2.1489-2.17510.26181340.22392647X-RAY DIFFRACTION100
2.1751-2.20260.26041360.21352603X-RAY DIFFRACTION100
2.2026-2.23160.26971410.20882693X-RAY DIFFRACTION100
2.2316-2.26220.27281360.20292591X-RAY DIFFRACTION100
2.2622-2.29450.23671430.20292688X-RAY DIFFRACTION100
2.2945-2.32870.25691400.18982603X-RAY DIFFRACTION100
2.3287-2.36510.24481370.19142659X-RAY DIFFRACTION100
2.3651-2.40390.22741440.18642627X-RAY DIFFRACTION100
2.4039-2.44530.24961370.18752646X-RAY DIFFRACTION100
2.4453-2.48980.24081390.1952639X-RAY DIFFRACTION100
2.4898-2.53770.26161380.18682679X-RAY DIFFRACTION100
2.5377-2.58950.23661400.19352618X-RAY DIFFRACTION100
2.5895-2.64570.26481410.19192677X-RAY DIFFRACTION100
2.6457-2.70730.22321360.19012641X-RAY DIFFRACTION100
2.7073-2.7750.24071380.19322631X-RAY DIFFRACTION100
2.775-2.850.22721460.19772681X-RAY DIFFRACTION100
2.85-2.93380.24681350.20092678X-RAY DIFFRACTION100
2.9338-3.02850.23481420.20152604X-RAY DIFFRACTION100
3.0285-3.13670.26341390.2022683X-RAY DIFFRACTION100
3.1367-3.26230.2421410.19532673X-RAY DIFFRACTION100
3.2623-3.41070.20531400.18352660X-RAY DIFFRACTION100
3.4107-3.59040.21951400.17672674X-RAY DIFFRACTION100
3.5904-3.81520.20541450.16692699X-RAY DIFFRACTION100
3.8152-4.10960.19571380.15762708X-RAY DIFFRACTION100
4.1096-4.52270.14331440.13912687X-RAY DIFFRACTION100
4.5227-5.17610.17341420.14772723X-RAY DIFFRACTION100
5.1761-6.51760.22461450.17672728X-RAY DIFFRACTION100
6.5176-42.3140.19041490.17462846X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4155-0.0512-0.08871.10610.06920.8173-0.06550.10910.0455-0.09470.03780.0146-0.0906-0.00250.02860.3197-0.0132-0.01750.3158-0.03830.3387-14.8129-18.569120.5751
22.14950.2704-0.12462.69150.35871.05270.0445-0.5378-0.09230.612-0.206-0.068-0.00380.05680.13150.4826-0.0624-0.05820.52960.06240.32321.4232-11.018256.3385
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid -1 through 562)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 0 through 556)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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