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- PDB-6iz2: Crystal structure of DinB/YfiT protein DR0053 from D. radiodurans R1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iz2
タイトルCrystal structure of DinB/YfiT protein DR0053 from D. radiodurans R1
要素DinB/YfiT family protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / damage response / four helix bundle
機能・相同性DNA damage-inducible protein DinB / DinB family / DinB/YfiT-like putative metalloenzymes / metal ion binding / ACETATE ION / Damage-inducible protein DinB
機能・相同性情報
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.069 Å
データ登録者Kim, M.-K. / Zhang, J. / Zhao, L.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea) 韓国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the highly radiation-inducible DinB/YfiT superfamily protein DR0053 from Deinococcus radiodurans R1.
著者: Zhang, J. / Zhao, L. / Seo, H.S. / Jung, J.H. / Choi, J.I. / Kim, M.K. / Lim, S.
履歴
登録2018年12月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DinB/YfiT family protein
B: DinB/YfiT family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,07414
ポリマ－39,3092
非ポリマー76612
水3,639202
1
A: DinB/YfiT family protein
ヘテロ分子

A: DinB/YfiT family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,06814
ポリマ－39,3092
非ポリマー75912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-237 kcal/mol
Surface area12790 Å2
手法PISA
2
B: DinB/YfiT family protein
ヘテロ分子

B: DinB/YfiT family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,08114
ポリマ－39,3092
非ポリマー77212
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area4360 Å2
ΔGint-270 kcal/mol
Surface area12630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.843, 109.012, 55.894
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.990, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

HOH

21B-402-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 DinB/YfiT family protein


分子量: 19654.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422) (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
遺伝子: DR_0053 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RY97
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.57 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: Bis-Tris pH 6.5, zinc acetate, PEG 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1.2827 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2827 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.069→50 Å / Num. obs: 18501 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 37.533
反射 シェル解像度: 2.07→2.11 Å / Num. unique obs: 914 / CC1/2: 0.973 / Rrim(I) all: 0.172

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.069→39.023 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.55 / 位相誤差: 21.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2237 947 5.12 %
Rwork0.1824 --
obs0.1846 18490 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 117.85 Å2 / Biso mean: 35.0868 Å2 / Biso min: 10.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.069→39.023 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2266 0 21 202 2489
Biso mean--61.57 39.88 -
残基数----289
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.069-2.17810.27671280.18342458258699
2.1781-2.31450.23251330.182525262659100
2.3145-2.49320.2171530.185424742627100
2.4932-2.7440.24461650.197324892654100
2.744-3.1410.2917980.193225442642100
3.141-3.95670.22361240.173625252649100
3.9567-39.030.18621460.17752527267399
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 35.7393 Å / Origin y: 45.0444 Å / Origin z: 13.9118 Å
111213212223313233
T0.0747 Å20.0007 Å2-0.0017 Å2-0.1452 Å2-0.0037 Å2--0.1238 Å2
L0.1472 °20.0003 °2-0.0187 °2-0.1471 °20.3008 °2--0.5313 °2
S0.0283 Å °-0.003 Å °-0.0012 Å °0.008 Å °-0.0417 Å °-0.0194 Å °-0.0164 Å °0.2769 Å °0.002 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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