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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6iym | ||||||
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タイトル | Fumarylacetoacetate hydrolase (EaFAH) from psychrophilic Exiguobacterium antarcticum | ||||||
要素 | 5-oxopent-3-ene-1,2,5-tricarboxylate decarboxylase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / fumarylacetoacetate hydrolase / Exiguobacterium antarctica | ||||||
機能・相同性 | Fumarylacetoacetate hydrolase; domain 2 / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain superfamily / Fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase family / catalytic activity / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / 5-oxopent-3-ene-1,2,5-tricarboxylate decarboxylase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Exiguobacterium antarcticum B7 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Lee, J.H. / Lee, C.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2019 タイトル: Structural and functional analysis of a dimeric fumarylacetoacetate hydrolase (EaFAH) from psychrophilic Exiguobacterium antarcticum. 著者: Yoo, W. / Lee, C.W. / Kim, B.Y. / Huong Luu Le, L.T. / Park, S.H. / Kim, H.W. / Shin, S.C. / Kim, K.K. / Lee, J.H. / Kim, T.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6iym.cif.gz | 121.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6iym.ent.gz | 93.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6iym.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6iym_validation.pdf.gz | 437.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6iym_full_validation.pdf.gz | 442.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6iym_validation.xml.gz | 21.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6iym_validation.cif.gz | 30.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/6iym ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/6iym | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31595.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Exiguobacterium antarcticum B7 (バクテリア) 株: B7 / 遺伝子: Eab7_1027 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K0A9N9 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | This sequence is based on GenBank WP_026831132. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.67 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2M magnesium chloride, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 20% (w/v) PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 30928 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.4 % / Net I/σ(I): 30.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.16 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.1→47.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 7.281 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.267 / ESU R Free: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.744 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.1→47.91 Å
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拘束条件 |
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