PDB-6iym: Fumarylacetoacetate hydrolase (EaFAH) from psychrophilic Exiguoba...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6iym

タイトル

Fumarylacetoacetate hydrolase (EaFAH) from psychrophilic Exiguobacterium antarcticum

要素

5-oxopent-3-ene-1,2,5-tricarboxylate decarboxylase

キーワード

HYDROLASE / fumarylacetoacetate hydrolase / Exiguobacterium antarctica

機能・相同性

Fumarylacetoacetate hydrolase; domain 2 / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain superfamily / Fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase C-terminal / catalytic activity / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / 5-oxopent-3-ene-1,2,5-tricarboxylate decarboxylase

機能・相同性情報

生物種

Exiguobacterium antarcticum B7 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Lee, J.H. / Lee, C.W.

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2019
タイトル: Structural and functional analysis of a dimeric fumarylacetoacetate hydrolase (EaFAH) from psychrophilic Exiguobacterium antarcticum.
著者: Yoo, W. / Lee, C.W. / Kim, B.Y. / Huong Luu Le, L.T. / Park, S.H. / Kim, H.W. / Shin, S.C. / Kim, K.K. / Lee, J.H. / Kim, T.D.

履歴

登録	2018年12月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6iym.cif.gz	121.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6iym.ent.gz	93.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6iym.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/6iym ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/6iym	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3peu-d 3pev-d 6era-2 6lzt-d 6lzs-2 4js4-2 4gad-d 5gue-1 1yt8-d 6lzs-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 5-oxopent-3-ene-1,2,5-tricarboxylate decarboxylase

B: 5-oxopent-3-ene-1,2,5-tricarboxylate decarboxylase

ヘテロ分子

63.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.437, 72.656, 63.374
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.68, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	5-oxopent-3-ene-1,2,5-tricarboxylate decarboxylase / fumarylacetoacetate hydrolase 分子量: 31595.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Exiguobacterium antarcticum B7 (バクテリア) 株: B7 / 遺伝子: Eab7_1027 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K0A9N9
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	This sequence is based on GenBank WP_026831132.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M magnesium chloride, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 20% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 30928 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.4 % / Net I/σ(I): 30.2
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC		精密化

精密化

解像度: 2.1→47.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 7.281 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.267 / ESU R Free: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26886	1527	4.9 %	RANDOM
R_work	0.20243	-	-	-
obs	0.20575	29395	98.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.744 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0.16 Å²
2-	-	0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→47.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4294	0	2	120	4416

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	4380
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4094
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.573	1.645	5948
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.245	1.578	9476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.752	5	552
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.871	22	240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.018	15	724
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.167	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	572
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4958
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	912
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.373	5.452	2214
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.369	5.451	2213
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.182	8.159	2764
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.182	8.16	2765
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.493	5.888	2166
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.492	5.89	2167
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.597	8.656	3185
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.158	64.229	4640
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.158	64.18	4626
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.102→2.156 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.321	108	-
R_work	0.282	2108	-
obs	-	-	97.02 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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