PDB-6ix2: Structure of the A214C/A250I mutant of an epoxide hydrolase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ix2

タイトル

Structure of the A214C/A250I mutant of an epoxide hydrolase from Aspergillus usamii E001 (AuEH2) at 1.48 Angstroms resolution

要素

Microsomal epoxide hyddrolase

キーワード

HYDROLASE / Alpha and beta proteins / alpha/beta-Hydrolases / Styrene Oxide

機能・相同性

機能・相同性情報

microsomal epoxide hydrolase / cis-stilbene-oxide hydrolase activity / epoxide metabolic process / epoxide hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus usamii (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.478 Å

データ登録者

Hu, D. / Hu, B.C. / Hou, X.D. / Rao, Y.J. / Wu, M.C.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Org.Lett. / 年: 2022
タイトル: Structure-Guided Regulation in the Enantioselectivity of an Epoxide Hydrolase to Produce Enantiomeric Monosubstituted Epoxides and Vicinal Diols via Kinetic Resolution.
著者: Hu, D. / Hu, B.C. / Hou, X.D. / Zhang, D. / Lei, Y.Q. / Rao, Y.J. / Wu, M.C.

履歴

登録	2018年12月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ix2.cif.gz	192.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ix2.ent.gz	147.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ix2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ix2_validation.pdf.gz	456 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ix2_full_validation.pdf.gz	460.5 KB	表示
XML形式データ	6ix2_validation.xml.gz	38.1 KB	表示
CIF形式データ	6ix2_validation.cif.gz	60.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/6ix2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/6ix2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1qo7S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6af2-d 3g0i-d 4fqu-3 6gdy-d 6pd0-d 1usx-2 3nf4-d 6p3m-1 5kpc-d 6v5p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Microsomal epoxide hyddrolase

B: Microsomal epoxide hyddrolase

ヘテロ分子

97.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis, Dimeric

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.365, 51.922, 133.488
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.970, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Microsomal epoxide hyddrolase 分子量: 48570.805 Da / 分子数: 2 / 変異: A214C, A250I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus usamii (カビ) / 遺伝子: EH2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: T2B4K5, microsomal epoxide hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1041 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / Density meas: 0.008 Mg/m³ / 溶媒含有率: 39.89 % / 解説: Tetragonal crystal
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.5, 18%(w/v) Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.48→50 Å / Num. obs: 131152 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 12.41 Å² / R_merge(I) obs: 0.051 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.055 / Χ²: 0.954 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 874695

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.48-1.51	6.7	0.206	6481	0.976	0.086	0.224	0.935	99.8
1.51-1.53	6.6	0.19	6517	0.978	0.079	0.206	0.937	99.8
1.53-1.56	6.4	0.17	6514	0.981	0.072	0.185	0.974	99.8
1.56-1.59	6	0.155	6486	0.982	0.068	0.17	1.011	98.9
1.59-1.63	6.9	0.142	6550	0.987	0.058	0.154	1.008	100
1.63-1.67	6.9	0.13	6497	0.988	0.053	0.14	0.98	99.8
1.67-1.71	6.8	0.119	6515	0.991	0.049	0.129	0.962	99.9
1.71-1.75	6.7	0.107	6534	0.991	0.044	0.116	0.964	99.9
1.75-1.81	6.6	0.096	6556	0.992	0.04	0.104	0.968	99.9
1.81-1.86	6.3	0.083	6531	0.993	0.036	0.091	0.971	99.7
1.86-1.93	6.5	0.073	6574	0.996	0.031	0.079	0.976	99.8
1.93-2.01	6.9	0.067	6517	0.996	0.027	0.073	0.963	100
2.01-2.1	6.9	0.061	6576	0.996	0.025	0.066	0.979	100
2.1-2.21	6.8	0.055	6584	0.997	0.023	0.06	0.966	100
2.21-2.35	6.5	0.05	6539	0.997	0.021	0.055	0.947	99.7
2.35-2.53	6.6	0.048	6521	0.997	0.02	0.052	0.923	99.2
2.53-2.79	7.1	0.045	6603	0.998	0.018	0.049	0.887	100
2.79-3.19	6.9	0.041	6639	0.998	0.017	0.044	0.887	99.8
3.19-4.02	6.5	0.037	6622	0.998	0.015	0.04	0.943	99.8
4.02-50	6.6	0.037	6796	0.998	0.015	0.04	0.92	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
AMPLE		位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1qo7

1qo7

解像度: 1.478→43.867 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1783	6591	5.03 %
R_work	0.1593	124517	-
obs	0.1603	131108	99.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 65.78 Å² / B_iso mean: 16.6843 Å² / B_iso min: 6.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.478→43.867 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6146	0	6	1041	7193
B_iso mean	-	-	21.68	27.53	-
残基数	-	-	-	-	765

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4782-1.495	0.1874	210	0.1655	3916	4126	95
1.495-1.5126	0.1864	184	0.1608	4160	4344	100
1.5126-1.531	0.183	222	0.1637	4105	4327	100
1.531-1.5504	0.1769	201	0.161	4204	4405	100
1.5504-1.5708	0.1931	210	0.1578	4099	4309	99
1.5708-1.5923	0.18	198	0.1601	4120	4318	99
1.5923-1.6151	0.1965	233	0.1584	4136	4369	100
1.6151-1.6392	0.19	227	0.1568	4128	4355	100
1.6392-1.6648	0.1862	249	0.1633	4073	4322	100
1.6648-1.6921	0.2002	224	0.1678	4152	4376	100
1.6921-1.7213	0.185	230	0.1667	4161	4391	100
1.7213-1.7526	0.1853	198	0.1644	4110	4308	100
1.7526-1.7863	0.2005	271	0.1649	4133	4404	100
1.7863-1.8227	0.181	225	0.1592	4110	4335	100
1.8227-1.8624	0.1722	228	0.1606	4156	4384	100
1.8624-1.9057	0.179	195	0.1517	4153	4348	100
1.9057-1.9534	0.1828	230	0.1564	4123	4353	100
1.9534-2.0062	0.1745	203	0.1579	4180	4383	100
2.0062-2.0652	0.1902	208	0.1605	4183	4391	100
2.0652-2.1319	0.1944	214	0.1586	4168	4382	100
2.1319-2.2081	0.161	256	0.1558	4160	4416	100
2.2081-2.2965	0.1649	206	0.1557	4145	4351	100
2.2965-2.401	0.1742	198	0.1601	4134	4332	99
2.401-2.5275	0.177	218	0.1647	4172	4390	100
2.5275-2.6859	0.192	225	0.1692	4211	4436	100
2.6859-2.8932	0.1805	227	0.1616	4184	4411	100
2.8932-3.1843	0.1709	235	0.1615	4173	4408	100
3.1843-3.6449	0.1675	238	0.151	4169	4407	100
3.6449-4.5914	0.173	234	0.1446	4226	4460	100
4.5914-43.8859	0.1742	194	0.1712	4373	4567	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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