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- PDB-6iw7: structural insights into Mycobacterium tuberculosis ClpP1P2 inhib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iw7
タイトルstructural insights into Mycobacterium tuberculosis ClpP1P2 inhibition by Cediranib: implications for developing antimicrobial agents targeting Clp protease
要素(ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ...) x 2
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AV3 / LEUCINE / (2S)-2-benzamido-4-methyl-pentanoic acid / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2 / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis CDC1551 (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69212103413 Å
データ登録者Bao, R. / Luo, Y.F. / Zhu, Y.B. / Yang, Y. / Zhou, Y.Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81473253 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: structural insights into Mycobacterium tuberculosis ClpP1P2 inhibition by Cediranib: implications for developing antimicrobial agents targeting Clp protease
著者: Bao, R. / Luo, Y.F. / Zhu, Y.B. / Yang, Y. / Yang, T.
履歴
登録2018年12月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年4月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / audit_author ...atom_site / audit_author / cell / citation_author / computing / entity / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / software / struct_conf / struct_conn / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen / symmetry
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _audit_author.name / _cell.angle_beta / _cell.volume / _citation_author.name / _entity.src_method / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.d_res_low / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_restr.type / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _software.version / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues / _symmetry.space_group_name_Hall
解説: Ligand geometry / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 3.02023年4月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / chem_comp / database_2 / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_peptide_omega / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _cell.Z_PDB / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id
改定 3.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 4.02024年10月2日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_peptide_omega / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _cell.Z_PDB / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id
改定 5.02024年10月30日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details / Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 5.12024年11月6日Group: Structure summary / カテゴリ: struct_keywords / Item: _struct_keywords.text

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,39349
ポリマ－303,10914
非ポリマー8,28435
水3,369187
1
A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9358
ポリマ－43,3012
非ポリマー1,6346
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area19210 Å2
手法PISA
2
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4857
ポリマ－43,3012
非ポリマー1,1835
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area18980 Å2
手法PISA
3
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0346
ポリマ－43,3012
非ポリマー7334
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area18500 Å2
手法PISA
4
H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4857
ポリマ－43,3012
非ポリマー1,1835
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area18850 Å2
手法PISA
5
J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4857
ポリマ－43,3012
非ポリマー1,1835
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area18940 Å2
手法PISA
6
L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4857
ポリマ－43,3012
非ポリマー1,1835
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area18500 Å2
手法PISA
7
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4857
ポリマ－43,3012
非ポリマー1,1835
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area18460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)210.634, 180.78, 95.926
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 95.716, 90.0
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y

-
要素

-
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ... , 2種, 14分子 ACFHJLEBDIKMNG

#1: タンパク質
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2 / Endopeptidase Clp 2


分子量: 22235.328 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis CDC1551 (結核菌)
株: CDC 1551 / 遺伝子: clpP2, MT2535 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WPC2, endopeptidase Clp
#2: タンパク質
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1 / Endopeptidase Clp 1


分子量: 21065.934 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis CDC1551 (結核菌)
株: CDC 1551 / 遺伝子: clpP1, clpP, MT2536 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WPC4, endopeptidase Clp

-
非ポリマー , 4種, 222分子

#3: 化合物
ChemComp-S0R / (2S)-2-benzamido-4-methyl-pentanoic acid


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 235.279 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H17NO3
#4: 化合物
ChemComp-LEU / LEUCINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2
#5: 化合物
ChemComp-AV3 / 4-[(4-fluoro-2-methyl-3H-indol-5-yl)oxy]-6-methoxy-7-[3-(pyrrolidin-1-yl)propoxy]quinazoline / Cediranib


分子量: 450.505 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: C25H27FN4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.33 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.5 M Ammonium sulphate and 0.1 M MES pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.692→30 Å / Num. obs: 96900 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 51.2743040041 Å2 / CC1/2: 0.376 / Net I/σ(I): 8.04
反射 シェル解像度: 2.692→3.025 Å / Num. unique obs: 9595 / CC1/2: 0.986

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692+SVN精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DZK

5dzk


解像度: 2.69212103413→29.6991144947 Å / SU ML: 0.341053734419 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.33652883212 / 位相誤差: 25.9770708982
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248702480182 1997 2.06514994829 %
Rwork0.191866282274 94703 -
obs0.193049314558 96700 98.1028710561 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.4690821112 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69212103413→29.6991144947 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19747 0 581 187 20515
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011549785437820658
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0786653543927960
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05021609813693217
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004469501232933600
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.10054519537608
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.693-2.75940.3285845181391350.2474246822416363X-RAY DIFFRACTION92.6564950806
2.7594-2.83390.3370020047261440.2605003895216792X-RAY DIFFRACTION98.3969357356
2.8339-2.91730.3208550782761420.2620360469196756X-RAY DIFFRACTION98.7827581269
2.9173-3.01130.3296438294581450.2649602445486866X-RAY DIFFRACTION99.0954063604
3.0113-3.11890.3224393744351430.2653952042866794X-RAY DIFFRACTION99.227578315
3.1189-3.24360.303849949711430.2330584217656810X-RAY DIFFRACTION99.3001999429
3.2436-3.3910.2823632692851440.2130090756146830X-RAY DIFFRACTION99.1893045086
3.391-3.56950.2563854438461440.1995990130596830X-RAY DIFFRACTION99.0484306207
3.5695-3.79270.2466559860541430.1688124772586775X-RAY DIFFRACTION98.729841587
3.7927-4.08490.19569697221440.1537353982186812X-RAY DIFFRACTION98.554831397
4.0849-4.49470.1818831025431430.1369948478186803X-RAY DIFFRACTION98.6227459889
4.4947-5.14220.2036348333641430.1505718146486799X-RAY DIFFRACTION98.2729331823
5.1422-6.46760.2765067089121430.2097930704326764X-RAY DIFFRACTION97.7636234961
6.4676-29.690.21850258911410.18260045386709X-RAY DIFFRACTION95.8444102421

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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