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万見
- PDB-6ium: Crystal structure of enoyl-CoA hydratase (ECH) from Ralstonia eut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ium
タイトルCrystal structure of enoyl-CoA hydratase (ECH) from Ralstonia eutropha H16
要素Enoyl-CoA hydratase/Delta(3)-cis-delta(2)-trans-enoyl-CoA isomerase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Enoyl-CoA hydratase / Ralstonia eutropha H16
機能・相同性
機能・相同性情報


(3S)-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (NAD+) activity / fatty acid beta-oxidation / NAD+ binding / isomerase activity / lyase activity
類似検索 - 分子機能
N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 - #50 / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 ...N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 - #50 / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / ClpP/crotonase-like domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Cupriavidus necator (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Son, H.F. / Kim, K.J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of enoyl-CoA hydratase from Ralstonia eutropha H16
著者: Son, H.F. / Kim, K.J.
履歴
登録2018年11月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Enoyl-CoA hydratase/Delta(3)-cis-delta(2)-trans-enoyl-CoA isomerase
A: Enoyl-CoA hydratase/Delta(3)-cis-delta(2)-trans-enoyl-CoA isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,82214
ポリマ－151,7142
非ポリマー1,10812
水18,9341051
1
B: Enoyl-CoA hydratase/Delta(3)-cis-delta(2)-trans-enoyl-CoA isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0413
ポリマ－75,8571
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area270 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area30500 Å2
手法PISA
2
A: Enoyl-CoA hydratase/Delta(3)-cis-delta(2)-trans-enoyl-CoA isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,78111
ポリマ－75,8571
非ポリマー92410
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area280 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area30400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.260, 103.154, 97.693
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.020, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Enoyl-CoA hydratase/Delta(3)-cis-delta(2)-trans-enoyl-CoA isomerase / Enoyl-CoA hydratase


分子量: 75857.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cupriavidus necator (strain ATCC 17699 / H16 / DSM 428 / Stanier 337) (バクテリア)
株: ATCC 17699 / H16 / DSM 428 / Stanier 337 / 遺伝子: H16_A1526 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0KBG3
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1051 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% (w/v) PEG 8000, 100 mM HEPES/Sodium hydroxide pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→93.42 Å / Num. obs: 116041 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 20.45
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / Num. unique obs: 5392 / Rsym value: 0.294

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→93.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 4.334 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.156
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2286 5643 5 %RANDOM
Rwork0.1756 ---
obs0.1783 106387 96.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 148.15 Å2 / Biso mean: 30.179 Å2 / Biso min: 8.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å2-0 Å2-0.77 Å2
2--0.73 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→93.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10480 0 71 1051 11602
Biso mean--47.41 36.63 -
残基数----1384
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.01910717
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210386
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8841.9814431
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.062324082
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.73151382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.55624.338438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.339151894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9731568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.21621
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02111904
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022068
LS精密化 シェル解像度: 2.003→2.055 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 368 -
Rwork0.273 7446 -
all-7814 -
obs--91.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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