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万見
- PDB-6itm: Crystal structure of FXR in complex with agonist XJ034 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6itm
タイトルCrystal structure of FXR in complex with agonist XJ034
要素
  • Bile acid receptor
  • HD3 Peptide from Nuclear receptor coactivator 1
キーワードTRANSCRIPTION / FXR / agonist / non-alcoholic liver disease / docking screening
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of urea metabolic process / chenodeoxycholic acid binding / positive regulation of phosphatidic acid biosynthetic process / positive regulation of glutamate metabolic process / positive regulation of ammonia assimilation cycle / regulation of low-density lipoprotein particle clearance / intracellular triglyceride homeostasis / cellular response to bile acid / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle remodeling / negative regulation of interleukin-1 production ...regulation of urea metabolic process / chenodeoxycholic acid binding / positive regulation of phosphatidic acid biosynthetic process / positive regulation of glutamate metabolic process / positive regulation of ammonia assimilation cycle / regulation of low-density lipoprotein particle clearance / intracellular triglyceride homeostasis / cellular response to bile acid / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle remodeling / negative regulation of interleukin-1 production / regulation of bile acid biosynthetic process / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / toll-like receptor 9 signaling pathway / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / bile acid nuclear receptor activity / bile acid metabolic process / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / cell-cell junction assembly / positive regulation of female receptivity / bile acid binding / regulation of cholesterol metabolic process / cellular response to fatty acid / negative regulation of interleukin-2 production / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / bile acid and bile salt transport / hypothalamus development / male mating behavior / positive regulation of interleukin-17 production / intracellular glucose homeostasis / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of type II interferon production / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / fatty acid homeostasis / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / nuclear retinoid X receptor binding / response to retinoic acid / progesterone receptor signaling pathway / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity / histone H3K4 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / histone H3K36 acetyltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K9 acetyltransferase activity / histone H3K14 acetyltransferase activity / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / histone H4K12 acetyltransferase activity / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / estrous cycle / intracellular receptor signaling pathway / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / : / Notch signaling pathway / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / cerebellum development / positive regulation of neuron differentiation / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / cholesterol homeostasis / transcription coregulator binding / response to progesterone / hippocampus development / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / nuclear estrogen receptor binding / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / euchromatin / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / cerebral cortex development
類似検索 - 分子機能
Bile acid receptor, ligand binding domain / Thyroid hormone receptor / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain ...Bile acid receptor, ligand binding domain / Thyroid hormone receptor / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / : / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AWL / Nuclear receptor coactivator 1 / Bile acid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zhang, H. / Wang, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81603027 中国
引用ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2020
タイトル: Pose Filter-Based Ensemble Learning Enables Discovery of Orally Active, Nonsteroidal Farnesoid X Receptor Agonists.
著者: Xia, J. / Wang, Z. / Huan, Y. / Xue, W. / Wang, X. / Wang, Y. / Liu, Z. / Hsieh, J.H. / Zhang, L. / Wu, S. / Shen, Z. / Zhang, H. / Wang, X.S.
履歴
登録2018年11月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bile acid receptor
B: HD3 Peptide from Nuclear receptor coactivator 1
C: Bile acid receptor
D: HD3 Peptide from Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2246
ポリマ－59,4784
非ポリマー7462
水59433
1
A: Bile acid receptor
B: HD3 Peptide from Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1123
ポリマ－29,7392
非ポリマー3731
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area11810 Å2
手法PISA
2
C: Bile acid receptor
D: HD3 Peptide from Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1123
ポリマ－29,7392
非ポリマー3731
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area12060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.484, 130.192, 37.654
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21(chain C and (resid 258 through 469 or resid 473 through 485 or resid 501))
12chain B
22chain D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLUGLUVALVALchain AAA258 - 48512 - 239
211GLUGLUARGARG(chain C and (resid 258 through 469 or resid 473 through 485 or resid 501))CC258 - 46912 - 223
221HISHISVALVAL(chain C and (resid 258 through 469 or resid 473 through 485 or resid 501))CC473 - 485227 - 239
231AWLAWLAWLAWL(chain C and (resid 258 through 469 or resid 473 through 485 or resid 501))CF501
112ASPASPASPASPchain BBB2 - 132 - 13
212ASPASPASPASPchain DDD2 - 132 - 13

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Bile acid receptor / Farnesoid X-activated receptor / Farnesol receptor HRR-1 / Nuclear receptor subfamily 1 group H ...Farnesoid X-activated receptor / Farnesol receptor HRR-1 / Nuclear receptor subfamily 1 group H member 4 / Retinoid X receptor-interacting protein 14 / RXR-interacting protein 14


分子量: 27949.084 Da / 分子数: 2 / 変異: E281A, E354A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1H4, BAR, FXR, HRR1, RIP14 / プラスミド: pRHisMBP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96RI1
#2: タンパク質・ペプチド HD3 Peptide from Nuclear receptor coactivator 1 / SRC-1 HD3


分子量: 1790.026 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15788, histone acetyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-AWL / 1-adamantyl-[4-(5-chloranyl-2-methyl-phenyl)piperazin-1-yl]methanone


分子量: 372.931 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H29ClN2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.18 % / Mosaicity: 0.442 ° / Mosaicity esd: 0.006 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97894 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月11日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97894 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 18007 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.064 / Χ2: 0.937 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 159545
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.598.80.8317410.770.2970.8830.94399.8
2.59-2.699.30.60317920.8960.210.6390.9799.9
2.69-2.829.40.41917360.9430.1460.4450.93799.9
2.82-2.969.20.28917640.9730.1010.3070.96899.8
2.96-3.1590.18317980.9850.0650.1950.95499.9
3.15-3.398.80.10617830.9930.0380.1130.96599.9
3.39-3.737.90.06617840.9960.0240.070.97199.3
3.73-4.279.30.04218000.9980.0140.0440.938100
4.27-5.3890.03418560.9980.0120.0360.9499.9
5.38-507.90.02819530.9990.010.030.77499.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QE6

4qe6
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.5→47.278 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2418 870 5 %RANDOM
Rwork0.1918 16524 --
obs0.1943 17394 96.58 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 140.89 Å2 / Biso mean: 45.246 Å2 / Biso min: 11.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→47.278 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3919 0 52 33 4004
Biso mean--66.18 34.47 -
残基数----477
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2168X-RAY DIFFRACTION9.663TORSIONAL
12C2168X-RAY DIFFRACTION9.663TORSIONAL
21B122X-RAY DIFFRACTION9.663TORSIONAL
22D122X-RAY DIFFRACTION9.663TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5005-2.65710.31431260.236224381
2.6571-2.86230.29361310.2235278499
2.8623-3.15020.2831560.21762804100
3.1502-3.6060.24521630.19952795100
3.606-4.54250.22391410.17062876100
4.5425-47.2780.20121530.1743022100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 35.0296 Å / Origin y: 16.1117 Å / Origin z: 9.5404 Å
111213212223313233
T0.1772 Å20.0373 Å2-0.0018 Å2-0.1535 Å2-0.0351 Å2--0.1156 Å2
L1.9026 °20.6075 °20.1515 °2-0.4046 °2-0.0333 °2--0.0653 °2
S-0.0199 Å °-0.0379 Å °-0.1011 Å °0.0258 Å °0.0358 Å °-0.0991 Å °0.0071 Å °-0.0038 Å °-0.0099 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA258 - 485
2X-RAY DIFFRACTION1allA501
3X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 13
4X-RAY DIFFRACTION1allC258 - 485
5X-RAY DIFFRACTION1allC501
6X-RAY DIFFRACTION1allD2 - 13
7X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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