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- PDB-6is6: Crystal structure of Thermoplasmatales archaeon heliorhodopsin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6is6
タイトルCrystal structure of Thermoplasmatales archaeon heliorhodopsin
要素heliorhodopsin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / alpha-helical
機能・相同性Heliorhodopsin / Heliorhodopsin / identical protein binding / membrane / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / RETINAL / Heliorhodopsin HeR
機能・相同性情報
生物種Thermoplasmatales archaeon SG8-52-1 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Shihoya, W. / Yamashita, K. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of heliorhodopsin.
著者: Shihoya, W. / Inoue, K. / Singh, M. / Konno, M. / Hososhima, S. / Yamashita, K. / Ikeda, K. / Higuchi, A. / Izume, T. / Okazaki, S. / Hashimoto, M. / Mizutori, R. / Tomida, S. / Yamauchi, Y. ...著者: Shihoya, W. / Inoue, K. / Singh, M. / Konno, M. / Hososhima, S. / Yamashita, K. / Ikeda, K. / Higuchi, A. / Izume, T. / Okazaki, S. / Hashimoto, M. / Mizutori, R. / Tomida, S. / Yamauchi, Y. / Abe-Yoshizumi, R. / Katayama, K. / Tsunoda, S.P. / Shibata, M. / Furutani, Y. / Pushkarev, A. / Beja, O. / Uchihashi, T. / Kandori, H. / Nureki, O.
履歴
登録2018年11月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年11月20日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_entry_details
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_entry_details.sequence_details
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: heliorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,16216
ポリマ－29,8861
非ポリマー5,27615
水55831
1
A: heliorhodopsin
ヘテロ分子

A: heliorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,32532
ポリマ－59,7732
非ポリマー10,55230
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area6270 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area22460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.980, 109.350, 107.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 heliorhodopsin


分子量: 29886.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoplasmatales archaeon SG8-52-1 (古細菌)
プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41(Rosetta) / 参照: UniProt: A0A151EDA9
#2: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C20H28O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8
詳細: 30% PEG 350MME, 100mM Tris-HCl, pH 8.0, 100mM potassium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月18日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.773 Å / Num. obs: 12404 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 35.302 % / Biso Wilson estimate: 32.63 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.324 / Rrim(I) all: 0.328 / Χ2: 1.218 / Net I/σ(I): 13.68 / Num. measured all: 437886 / Scaling rejects: 318
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.4-2.5535.5752.4722.1620100.5082.506100
2.55-2.7236.3081.3873.518020.7081.406100
2.72-2.9436.3730.8525.5717430.9270.86399.9
2.94-3.2235.820.5677.9315970.9680.574100
3.22-3.634.9670.33913.1414590.9820.344100
3.6-4.1632.4960.20421.5713000.9930.207100
4.16-5.0933.5360.14232.2610970.9940.14499.3
5.09-7.236.9820.10532.318760.9980.10699.9
7.2-48.77334.4270.06249.6752010.06399

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AX0

5ax0


解像度: 2.4→48.773 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2254 618 5 %
Rwork0.189 --
obs0.1908 12361 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 102.23 Å2 / Biso mean: 39.1079 Å2 / Biso min: 18.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→48.773 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2014 0 352 31 2397
Biso mean--53.51 36.38 -
残基数----250
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4002-2.64170.28441530.19492887100
2.6417-3.0240.26731540.18582894100
3.024-3.80960.21321520.1892922100
3.8096-48.7730.20661590.1884304099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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