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万見
- PDB-6io6: Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A at non-ca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6io6
タイトルSilver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A at non-catalytic site
要素Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / silver / dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SILVER ION / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Wang, H. / Sun, H. / Wang, M.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)17305415P 香港
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2019
タイトル: Antimicrobial silver targets glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase in glycolysis ofE. coli.
著者: Wang, H. / Wang, M. / Yang, X. / Xu, X. / Hao, Q. / Yan, A. / Hu, M. / Lobinski, R. / Li, H. / Sun, H.
履歴
登録2018年10月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5033
ポリマ－35,2871
非ポリマー2162
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area14680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.260, 122.260, 157.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A / GAPDH-A / NAD-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase


分子量: 35287.102 Da / 分子数: 1 / 変異: D79G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: gapA, b1779, JW1768 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0A9B2, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
#2: 化合物 ChemComp-AG / SILVER ION


分子量: 107.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ag
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M Malic acid, PEG3350 20% / Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Nitrogen flow / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月25日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→48.32 Å / Num. obs: 17924 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 26.8 % / CC1/2: 0.973 / Rmerge(I) obs: 0.251 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.256 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 480506 / Scaling rejects: 2808
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.64-2.7127.13.3543562813150.70.6893.432299.4
11.81-48.3221.30.14151742430.9780.0310.14414.898.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260:000)精密化
Aimless0.6.2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
PHASER2.7.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GAD

1gad


解像度: 2.64→48.321 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2428 867 4.85 %
Rwork0.2024 17022 -
obs0.2042 17889 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 153.15 Å2 / Biso mean: 83.4904 Å2 / Biso min: 39.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.64→48.321 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2411 0 2 2 2415
Biso mean--93.55 88.46 -
残基数----329
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.6401-2.80550.37261550.337127582913
2.8055-3.02210.2631560.258827992955
3.0221-3.32620.28841550.226927862941
3.3262-3.80730.28021210.229528262947
3.8073-4.79620.21091310.177228672998
4.7962-48.3290.21981490.180329863135
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.38651.84341.22862.80890.07323.4733-0.1653-0.13150.4067-0.2122-0.1720.5216-0.1805-0.20110.40120.42440.07070.02420.4678-0.06820.513640.7913113.197535.1328
24.85043.6250.62264.40870.91762.61980.0250.5956-0.6001-0.62810.1572-0.31690.54630.6357-0.06570.78670.01040.01670.4792-0.11920.456347.2525101.635120.0886
32.6081.2869-0.2023.2256-1.36413.7733-0.26290.23130.1495-0.3728-0.0233-0.09040.0345-0.04970.35840.56550.0423-0.05960.4792-0.07840.530445.3145111.236324.1905
43.09833.312-0.4273.5732-0.80392.5166-0.00150.05540.9268-0.20590.05861.2216-0.3542-0.412-0.12080.8020.1591-0.24720.59610.00291.058739.9082132.732918.5575
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 150 through 252 )A150 - 252
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 253 through 280 )A253 - 280
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 281 through 331 )A281 - 331
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 3 through 149 )A3 - 149

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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