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- PDB-6inr: The crystal structure of phytoplasmal effector causing phyllody s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6inr
タイトルThe crystal structure of phytoplasmal effector causing phyllody symptoms 1 (PHYL1)
要素Putative effector, AYWB SAP54-like protein
キーワードGENE REGULATION / Phytoplasma / Phytoplasmal effector causing phyllody 1
機能・相同性Sequence-variable mosaic (SVM), signal sequence / SVM protein signal sequence / : / Putative effector, AYWB SAP54-like protein
機能・相同性情報
生物種'Echinacea purpurea' witches'-broom phytoplasma (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Liao, Y.T. / Lin, S.S. / Ko, T.P. / Wang, H.C.
資金援助 台湾, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (Taiwan)107-2313-B-038-001 台湾
Ministry of Science and Technology (Taiwan)MOST106-2311-B-038-002 台湾
Ministry of Science and Technology (Taiwan)NSC103-2311-B-038-005-MY3 台湾
引用ジャーナル: Plant J. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into the interaction between phytoplasmal effector causing phyllody 1 and MADS transcription factors.
著者: Liao, Y.T. / Lin, S.S. / Lin, S.J. / Sun, W.T. / Shen, B.N. / Cheng, H.P. / Lin, C.P. / Ko, T.P. / Chen, Y.F. / Wang, H.C.
履歴
登録2018年10月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative effector, AYWB SAP54-like protein
B: Putative effector, AYWB SAP54-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0505
ポリマ－21,7122
非ポリマー3373
水3,081171
1
A: Putative effector, AYWB SAP54-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0813
ポリマ－10,8561
非ポリマー2252
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative effector, AYWB SAP54-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9692
ポリマ－10,8561
非ポリマー1121
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.006, 65.006, 193.432
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-282-

HOH

21A-285-

HOH

31B-646-

HOH

41B-677-

HOH

51B-679-

HOH

61B-682-

HOH

71B-686-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 17 - 82 / Label seq-ID: 20 - 85

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Putative effector, AYWB SAP54-like protein


分子量: 10856.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) 'Echinacea purpurea' witches'-broom phytoplasma (バクテリア)
遺伝子: EPWB_v1c1980 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0P7KHL3
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.05 M cadmium sulfate hydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 1.0 M sodium acetate trihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→20 Å / Num. obs: 10840 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 44.6
反射 シェル解像度: 2.34→2.42 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 1.012 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1034 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データスケーリング
Blu-Iceデータ収集
BUCCANEERモデル構築
HKL-2000データ削減
SHELXCDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.34→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.424 / ESU R Free: 0.272 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27042 456 5 %RANDOM
Rwork0.25631 ---
obs0.25704 8698 83.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 47.451 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å20.2 Å20 Å2
2--0.41 Å20 Å2
3----1.32 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.34→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1188 0 3 182 1373
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.021195
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2521.9861603
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.47532809
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2065142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.28128.41363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.85615265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg4.932151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2188
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021344
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02243
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8854.536574
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8774.533573
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.8666.781714
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.8636.783715
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3294.871619
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3264.871620
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.8957.104890
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.04234.6411448
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.97534.4711435
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3698 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.24 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.34→2.401 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.485 17 -
Rwork0.351 262 -
obs--35.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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