PDB-6inm: Crystal structure of PDE4D complexed with a novel inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6inm

タイトル

Crystal structure of PDE4D complexed with a novel inhibitor

要素

cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PDE4D / Inhibitor / Complex / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

signaling receptor regulator activity / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of heart contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / establishment of endothelial barrier / regulation of cardiac muscle cell contraction / negative regulation of cAMP-mediated signaling / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.999 Å

データ登録者

Zhang, X.L. / Su, H.X. / Xu, Y.C.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structure-Aided Identification and Optimization of Tetrahydro-isoquinolines as Novel PDE4 Inhibitors Leading to Discovery of an Effective Antipsoriasis Agent.
著者: Zhang, X. / Dong, G. / Li, H. / Chen, W. / Li, J. / Feng, C. / Gu, Z. / Zhu, F. / Zhang, R. / Li, M. / Tang, W. / Liu, H. / Xu, Y.

履歴

登録	2018年10月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6inm.cif.gz	277.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6inm.ent.gz	223.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6inm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6inm_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6inm_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6inm_validation.xml.gz	26 KB	表示
CIF形式データ	6inm_validation.cif.gz	36.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/6inm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/6inm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6im6C 6imbC 6imdC 6imiC 6imoC 6imrC 6imtC 6indC 6inkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6imr-d 6f8v-d 4w1o-1 1xlz-d 5k32-d 6imd-d 6f8x-d 6imb-d 6f8w-d 1y2c-d 6imt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (8) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D

B: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D

ヘテロ分子

81.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.122, 80.104, 163.259
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D / PDE4D / DPDE3 / PDE43 分子量: 40096.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE4D, DPDE3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q08499, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase

-
非ポリマー , 5種, 252分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-AKU / (1S)-1-[2-(1H-indol-3-yl)ethyl]-6,7-dimethoxy-3,4-dihydroisoquinoline-2(1H)-carbaldehyde 分子量: 364.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂₂H₂₄N₂O₃
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.09 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES, 0.2 M MgCl2, 10% Isopropanol, 30% EG, 18% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.999→45.014 Å / Num. obs: 99243 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.827 % / B_iso Wilson estimate: 27.85 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_rim(I) all: 0.077 / Χ²: 1.006 / Net I/σ(I): 17.27 / Num. measured all: 293702 / Scaling rejects: 12

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.18-2.24	3.809	0.458	3.35	21808	5732	5725	0.854	0.533	99.9
2.24-2.3	3.815	0.389	3.96	21151	5549	5544	0.899	0.452	99.9
2.3-2.36	3.82	0.329	4.66	20455	5361	5355	0.931	0.383	99.9
2.36-2.44	3.82	0.272	5.51	20036	5248	5245	0.952	0.317	99.9
2.44-2.52	3.826	0.244	6.12	19442	5084	5081	0.96	0.284	99.9
2.52-2.61	3.822	0.211	7.03	18633	4882	4875	0.967	0.245	99.9
2.61-2.7	3.814	0.174	8.28	17899	4700	4693	0.976	0.203	99.9
2.7-2.81	3.835	0.141	10.08	17517	4576	4568	0.982	0.164	99.8
2.81-2.94	3.815	0.119	11.88	16704	4387	4379	0.989	0.139	99.8
2.94-3.08	3.84	0.091	14.71	16085	4199	4189	0.994	0.106	99.8
3.08-3.25	3.806	0.07	18.47	14973	3936	3934	0.995	0.082	99.9
3.25-3.45	3.786	0.053	23.53	14219	3759	3756	0.998	0.061	99.9
3.45-3.68	3.728	0.043	27.72	13128	3527	3521	0.998	0.051	99.8
3.68-3.98	3.71	0.034	34.66	12145	3288	3274	0.999	0.039	99.6
3.98-4.36	3.917	0.027	42.5	11822	3019	3018	0.999	0.031	100
4.36-4.87	3.929	0.023	46.65	10739	2733	2733	0.999	0.027	100
4.87-5.63	3.939	0.026	42.63	9502	2412	2412	0.999	0.03	100
5.63-6.89	3.944	0.025	42.45	7963	2019	2019	0.999	0.029	100
6.89-9.75	3.938	0.017	59.11	6234	1586	1583	0.999	0.02	99.8
9.75-45.014	3.884	0.015	67.94	3247	856	836	0.999	0.017	97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.999→45.014 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.16 / 位相誤差: 22.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2244	4967	5 %
R_work	0.1886	94276	-
obs	0.1905	99243	99.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.81 Å² / B_iso mean: 38.8338 Å² / B_iso min: 13.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.999→45.014 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5091	0	62	245	5398
B_iso mean	-	-	65.56	39.74	-
残基数	-	-	-	-	641

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5260
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.728	7163
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	829
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	919
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.997	3164

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9989-2.0216	0.3008	150	0.2987	2928	3078	93
2.0216-2.0454	0.2739	169	0.2678	3138	3307	100
2.0454-2.0703	0.2968	167	0.26	3154	3321	100
2.0703-2.0965	0.2333	168	0.2484	3136	3304	100
2.0965-2.1241	0.2893	158	0.2413	3116	3274	100
2.1241-2.1532	0.273	171	0.2224	3261	3432	100
2.1532-2.184	0.2361	163	0.2246	3061	3224	100
2.184-2.2166	0.2637	169	0.2162	3180	3349	100
2.2166-2.2512	0.2751	168	0.2149	3166	3334	100
2.2512-2.2881	0.2492	162	0.2093	3108	3270	100
2.2881-2.3276	0.2441	170	0.2105	3163	3333	100
2.3276-2.3699	0.2406	167	0.2054	3158	3325	100
2.3699-2.4155	0.2686	166	0.1994	3185	3351	100
2.4155-2.4648	0.2382	157	0.2015	3089	3246	100
2.4648-2.5184	0.2052	170	0.2038	3212	3382	100
2.5184-2.5769	0.2537	160	0.1842	3117	3277	100
2.5769-2.6414	0.2468	167	0.1847	3150	3317	100
2.6414-2.7128	0.2165	160	0.1779	3168	3328	100
2.7128-2.7926	0.2228	166	0.1739	3137	3303	100
2.7926-2.8827	0.2026	166	0.1843	3170	3336	100
2.8827-2.9857	0.2574	170	0.19	3161	3331	100
2.9857-3.1052	0.2579	167	0.188	3116	3283	100
3.1052-3.2465	0.2455	168	0.1807	3150	3318	100
3.2465-3.4176	0.2003	170	0.1753	3185	3355	100
3.4176-3.6317	0.1994	162	0.1787	3157	3319	100
3.6317-3.9119	0.2086	164	0.1735	3101	3265	100
3.9119-4.3053	0.194	164	0.158	3159	3323	100
4.3053-4.9276	0.1865	166	0.1588	3171	3337	100
4.9276-6.2057	0.2305	172	0.2008	3147	3319	100
6.2057-45.0258	0.1966	170	0.174	3132	3302	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6056	-0.4265	-0.2137	1.869	0.2867	2.4254	0.0548	0.1663	0.1071	-0.2165	-0.0258	0.2173	-0.2507	-0.2123	-0.0375	0.1898	0.0237	-0.0058	0.1594	0.0347	0.1949	8.7121	91.5059	23.8362
2	3.3146	-0.6979	-0.6357	2.2788	-1.1049	4.736	-0.117	-0.1663	0.1143	0.2	0.0099	-0.3319	0.0224	0.7359	0.0943	0.2014	-0.0114	-0.0006	0.2708	-0.0044	0.2515	28.8458	86.0363	38.7343
3	2.9408	-1.1686	-0.0655	2.7097	-0.2798	2.0511	0.0045	-0.2651	0.0623	0.2134	0.0174	0.0945	-0.2046	-0.1524	-0.0247	0.2089	-0.0085	0.0368	0.2375	0.0041	0.1876	10.5514	93.1924	39.5327
4	1.1155	-0.123	-0.3918	1.36	0.2139	2.2923	-0.0896	-0.1236	-0.2348	0.1516	0.0879	0.4574	0.4681	-0.3391	-0.007	0.2352	-0.0562	0.0447	0.2064	0.0536	0.3263	7.2709	73.0343	33.4032
5	5.5952	-0.5131	2.1802	2.432	-0.1266	3.4306	0.0192	-0.1805	0.159	-0.1753	-0.05	-0.3745	-0.1259	0.8734	0.0272	0.22	-0.0272	0.0933	0.3908	0.0131	0.2646	30.6392	82.0069	21.3954
6	2.6547	0.735	2.4227	2.3826	2.1155	4.2687	-0.087	0.1412	-0.2017	0.2136	0.3198	-0.3317	0.3238	1.0731	-0.2906	0.315	0.1049	0.0244	0.4542	-0.0119	0.3558	32.3914	72.5691	23.2264
7	2.2759	-0.4839	-1.2349	2.1794	-0.6387	4.9964	-0.0435	0.1463	-0.3806	-0.1193	-0.1977	0.2316	0.7966	-0.1524	0.2816	0.3936	-0.0374	0.0127	0.1758	-0.0036	0.3131	12.9059	68.5782	19.3951
8	1.1387	0.9839	0.1451	3.7627	-1.4265	2.2542	-0.0213	-0.7718	0.0738	0.2717	-0.0632	-0.5321	0.3164	1.6351	0.1073	0.5665	0.269	-0.0975	1.0825	-0.1929	0.4041	35.2234	87.3176	78.7541
9	1.0631	-0.2416	-0.9642	0.6018	0.4153	0.9178	-0.0316	-0.4493	-0.2224	0.3935	-0.0152	-0.5194	0.9396	1.2935	-0.2884	0.3479	0.4931	-0.2635	1.3189	-0.1743	0.4345	42.8333	81.6131	66.9827
10	1.9845	0.1371	-1.1229	1.1199	-0.0385	1.8585	-0.3914	-0.5647	0.0139	0.2372	0.5002	-0.3532	0.5555	1.2957	-0.0822	0.4246	0.2426	-0.0282	0.5868	-0.1056	0.2845	33.1356	83.7478	65.5416
11	3.0218	-1.0095	1.3627	2.4177	0.7832	5.0768	-0.1261	0.0933	0.1907	-0.1092	0.0945	0.1272	-0.5355	-0.5346	0.0535	0.2226	0.0304	0.0342	0.2445	0.0223	0.1964	17.3721	92.9579	54.1358
12	4.3218	-1.0489	-1.2456	2.2052	-0.2269	0.8253	-0.2871	0.2531	0.0999	-0.2527	0.4476	-0.5686	-0.0888	0.9048	-0.205	0.2471	0.0099	0.0417	0.5578	-0.1525	0.3353	35.8807	88.0118	53.898
13	2.2097	-1.9238	-2.2894	4.3904	0.5781	3.3998	-0.747	0.1292	-0.2342	-0.0559	0.2524	-0.3359	1.0001	0.5257	0.4627	0.3436	0.0977	0.02	0.3551	-0.0541	0.2517	32.2613	78.0039	52.7824
14	1.5647	-1.0974	0.2704	1.7497	-0.4495	0.1567	-0.6481	0.113	-0.4836	0.2765	0.4155	0.0589	1.2287	-0.019	0.0909	0.9251	0.1832	0.1992	0.2911	-0.0262	0.4086	20.1817	66.6358	61.7986
15	3.0747	-0.1898	-1.4053	1.036	-0.2824	3.0177	0.0466	-0.1828	0.1999	-0.102	0.0083	-0.022	-0.0409	0.0121	-0.0518	0.501	0.1368	0.0077	0.2971	-0.0183	0.215	19.3533	85.3468	69.3069
16	1.0173	0.1888	0.6646	2.9958	-2.579	2.9171	0.2075	0.4548	0.374	-0.1614	-0.072	0.3115	-0.5156	-1.1325	-0.168	0.6566	0.2348	0.0293	0.543	0.0753	0.3699	6.7714	90.459	71.0763
17	0.108	-0.1417	-0.1969	1.6596	0.8505	0.6141	-0.4657	-0.4929	-0.3345	0.2597	0.1753	-0.0553	1.7718	0.2936	0.1796	0.9842	0.3032	0.1014	0.2668	0.0442	0.29	16.488	73.734	78.0783

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 88 through 199 )	A	88 - 199
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 200 through 227 )	A	200 - 227
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 228 through 271 )	A	228 - 271
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 272 through 325 )	A	272 - 325
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 326 through 350 )	A	326 - 350
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 351 through 375 )	A	351 - 375
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 376 through 410 )	A	376 - 410
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 91 through 116 )	B	91 - 116
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 117 through 138 )	B	117 - 138
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 139 through 199 )	B	139 - 199
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 200 through 227 )	B	200 - 227
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 228 through 253 )	B	228 - 253
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 254 through 271 )	B	254 - 271
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 272 through 302 )	B	272 - 302
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 303 through 349 )	B	303 - 349
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 350 through 375 )	B	350 - 375
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 376 through 411 )	B	376 - 411

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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