PDB-6ink: Crystal structure of PDE4D complexed with a novel inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ink

タイトル

Crystal structure of PDE4D complexed with a novel inhibitor

要素

cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PDE4D / Inhibitor / Complex / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

signaling receptor regulator activity / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of heart contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / establishment of endothelial barrier / regulation of cardiac muscle cell contraction / negative regulation of cAMP-mediated signaling / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Zhang, X.L. / Su, H.X. / Xu, Y.C.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structure-Aided Identification and Optimization of Tetrahydro-isoquinolines as Novel PDE4 Inhibitors Leading to Discovery of an Effective Antipsoriasis Agent.
著者: Zhang, X. / Dong, G. / Li, H. / Chen, W. / Li, J. / Feng, C. / Gu, Z. / Zhu, F. / Zhang, R. / Li, M. / Tang, W. / Liu, H. / Xu, Y.

履歴

登録	2018年10月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ink.cif.gz	279.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ink.ent.gz	225.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ink.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ink_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ink_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6ink_validation.xml.gz	26.4 KB	表示
CIF形式データ	6ink_validation.cif.gz	37.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/6ink ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/6ink	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6im6C 6imbC 6imdC 6imiC 6imoC 6imrC 6imtC 6indC 6inmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6f6u-d 7cbq-d 6im6-d 1xm4-d 6f8t-d 6ind-d 6imi-d 6f8r-d 6kk0-d 1xlx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (8) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D

B: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D

ヘテロ分子

81.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.817, 80.276, 163.321
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D / PDE4D / DPDE3 / PDE43 分子量: 40096.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE4D, DPDE3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q08499, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase

-
非ポリマー , 5種, 268分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-AKU / (1S)-1-[2-(1H-indol-3-yl)ethyl]-6,7-dimethoxy-3,4-dihydroisoquinoline-2(1H)-carbaldehyde 分子量: 364.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₄N₂O₃
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.95 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M HEPES, 0.2 M MgCl2, 10% Isopropanol, 30% EG, 18% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→46.915 Å / Num. obs: 160357 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.506 % / B_iso Wilson estimate: 24.99 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.045 / R_rim(I) all: 0.053 / Χ²: 1.037 / Net I/σ(I): 18.61 / Num. measured all: 404568

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.9-1.95	3.594	0.443	3.13	30790	8577	8566	0.871	0.522	99.9
1.95-2	3.567	0.351	3.94	29712	8341	8330	0.902	0.414	99.9
2-2.06	3.556	0.268	5.06	29043	8178	8168	0.938	0.316	99.9
2.06-2.12	3.544	0.208	6.37	27666	7819	7806	0.962	0.245	99.8
2.12-2.19	3.53	0.158	8.27	27019	7664	7655	0.977	0.187	99.9
2.19-2.27	3.496	0.131	9.68	25685	7363	7348	0.981	0.156	99.8
2.27-2.36	3.3	0.102	11.54	23654	7189	7167	0.988	0.122	99.7
2.36-2.45	3.259	0.082	13.81	22009	6789	6754	0.992	0.098	99.5
2.45-2.56	3.673	0.073	16.34	24242	6604	6600	0.995	0.085	99.9
2.56-2.69	3.665	0.062	19.14	23063	6295	6292	0.996	0.073	100
2.69-2.83	3.613	0.05	22.53	21526	5968	5958	0.997	0.058	99.8
2.83-3	3.57	0.043	25.72	20126	5646	5637	0.998	0.05	99.8
3-3.21	3.473	0.036	29.88	18545	5362	5339	0.998	0.043	99.6
3.21-3.47	3.086	0.029	33.63	14985	4924	4856	0.999	0.035	98.6
3.47-3.8	3.538	0.026	40.79	16076	4573	4544	0.999	0.031	99.4
3.8-4.25	3.605	0.023	45.49	14686	4084	4074	0.999	0.027	99.8
4.25-4.91	3.573	0.022	48.01	12947	3632	3624	0.999	0.026	99.8
4.91-6.01	3.396	0.023	43.3	10315	3058	3037	0.999	0.028	99.3
6.01-8.5	3.29	0.022	46.37	7683	2370	2335	0.999	0.026	98.5
8.5-46.915	3.712	0.02	55.22	4796	1301	1292	0.999	0.024	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
PHENIX	精密化
HKL-3000	データ削減
HKL-3000	データスケーリング
PHASER	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→46.915 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.15 / 位相誤差: 22.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2115	8026	5.01 %
R_work	0.1847	152331	-
obs	0.186	160357	99.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 106.61 Å² / B_iso mean: 39.1268 Å² / B_iso min: 14.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→46.915 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5084	0	74	258	5416
B_iso mean	-	-	46.55	40.94	-
残基数	-	-	-	-	641

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5262
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.881	7160
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	829
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	917
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.424	3162

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7002-1.7195	0.3863	232	0.347	4509	4741	90
1.7195-1.7397	0.3626	271	0.3145	5134	5405	100
1.7397-1.7609	0.3414	270	0.3088	5120	5390	100
1.7609-1.7832	0.3067	271	0.2892	5069	5340	100
1.7832-1.8067	0.3014	265	0.2801	5125	5390	99
1.8067-1.8314	0.2905	271	0.2739	5071	5342	100
1.8314-1.8576	0.3034	268	0.2634	5068	5336	99
1.8576-1.8853	0.2925	266	0.2484	5005	5271	99
1.8853-1.9148	0.2633	270	0.2429	5156	5426	100
1.9148-1.9462	0.2659	268	0.2343	5088	5356	100
1.9462-1.9797	0.254	274	0.2293	5173	5447	100
1.9797-2.0157	0.2348	264	0.2174	5083	5347	100
2.0157-2.0545	0.2157	268	0.1905	5116	5384	100
2.0545-2.0964	0.2312	270	0.1894	5064	5334	100
2.0964-2.142	0.2296	267	0.1843	5144	5411	100
2.142-2.1919	0.2019	265	0.178	5082	5347	100
2.1919-2.2467	0.2104	276	0.175	5177	5453	100
2.2467-2.3074	0.2151	269	0.1804	5089	5358	100
2.3074-2.3753	0.2053	267	0.1758	5007	5274	100
2.3753-2.452	0.2247	269	0.1716	5092	5361	100
2.452-2.5396	0.2087	272	0.1717	5147	5419	100
2.5396-2.6413	0.2129	266	0.1708	5077	5343	100
2.6413-2.7615	0.1923	271	0.1682	5186	5457	100
2.7615-2.907	0.2265	267	0.1727	5057	5324	100
2.907-3.0891	0.1999	271	0.1721	5112	5383	100
3.0891-3.3276	0.1908	265	0.1696	5065	5330	99
3.3276-3.6624	0.1905	269	0.1708	5058	5327	99
3.6624-4.192	0.194	265	0.1661	5078	5343	100
4.192-5.2804	0.1784	271	0.1607	5118	5389	100
5.2804-46.9333	0.18	268	0.1799	5061	5329	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7156	1.0365	0.3724	5.0351	-2.4473	3.8031	0.2647	0.4122	0.3895	-0.688	-0.201	0.2832	-0.532	-0.3309	-0.0622	0.4406	0.1246	0.0026	0.3455	0.0226	0.2194	10.7171	92.2794	13.5606
2	1.372	-0.7216	-0.5253	2.519	1.0727	2.8097	0.1426	0.1361	0.1253	-0.3026	-0.1586	0.2387	-0.4745	-0.4642	0.0023	0.2102	0.079	0.0047	0.2125	0.021	0.188	8.1764	91.5807	27.3764
3	3.6009	-0.8366	0.4214	1.3679	-0.9899	6.5881	-0.0907	-0.0992	-0.0434	0.0903	0.0824	-0.2545	-0.0925	0.6745	0.021	0.1719	-0.0294	0.0216	0.2099	-0.0285	0.2402	28.9391	86.1499	38.9526
4	4.3679	-1.9173	0.1076	3.2201	-0.0086	2.3723	0.1715	-0.0318	0.3504	-0.0119	-0.1189	-0.0476	-0.5081	-0.1861	-0.037	0.2444	0.012	0.0647	0.1754	-0.023	0.1842	12.9041	97.0956	38.1956
5	8.5484	-5.3129	-2.1112	3.6359	1.9086	5.2182	-0.2331	-0.0876	-0.0982	0.3299	0.0083	0.2348	-0.1065	-0.498	0.2532	0.1793	-0.0122	0.0483	0.2465	0.0227	0.2227	7.4215	88.1214	41.8842
6	4.4137	1.2112	-0.3586	2.7176	0.0484	1.3606	-0.0965	-0.0237	-0.1366	0.3244	-0.0201	0.5602	0.4549	-0.5778	0.0895	0.3299	-0.1221	0.1176	0.372	-0.005	0.3794	5.3379	69.8884	35.4406
7	1.2356	-0.5635	0.0977	1.6335	0.464	2.5265	0.0434	-0.0686	-0.0421	-0.1609	-0.0354	-0.0971	0.0702	0.2629	-0.0178	0.1483	-0.013	0.0284	0.1435	0.0086	0.1792	21.1136	79.9648	25.2716
8	3.9094	1.1502	2.2206	2.1451	1.6626	3.5819	-0.0517	0.1049	-0.0857	-0.0119	0.2726	-0.465	0.3347	0.9589	-0.2091	0.2576	0.0823	0.0565	0.414	-0.0182	0.347	33.0853	73.3034	23.9314
9	2.0667	-0.0645	-0.8541	2.1972	-0.6415	5.0359	-0.1236	0.243	-0.3082	-0.1617	-0.2264	0.2912	0.8216	-0.5903	0.3377	0.3197	-0.0786	0.0387	0.1967	-0.0587	0.2737	12.9721	68.8674	19.2271
10	1.3969	-0.0269	-0.9477	0.7535	-0.2715	1.4622	-0.4637	-0.9951	0.0992	0.3977	0.5043	-0.449	0.5452	1.6469	0.0318	0.444	0.4005	-0.0977	0.9041	-0.1184	0.3641	35.3444	84.1634	69.3913
11	3.9592	-0.7639	0.62	3.3153	1.4365	7.6631	-0.0294	0.0618	0.2435	-0.135	0.0766	0.0943	-0.3528	-0.5823	-0.0263	0.1785	0.0347	0.0188	0.1916	0.0168	0.2047	17.2632	93.0363	54.3638
12	6.7249	-0.8103	-0.7619	2.2868	-0.652	1.2674	-0.1709	-0.1754	0.4545	-0.1097	0.2881	-0.6261	0.1553	0.8268	-0.0742	0.2395	0.0595	0.0246	0.461	-0.1308	0.3388	35.8614	88.1311	54.371
13	2.8851	-3.8776	-1.5199	6.045	2.2399	1.4101	-0.4737	0.279	-0.3366	-0.0172	0.1442	-0.3375	1.0553	0.5673	0.316	0.4215	0.1619	0.0463	0.3583	-0.028	0.2633	32.2522	78.0263	53.1071
14	0.0939	0.1894	-0.0605	0.4628	-0.0958	0.0041	-0.5868	0.15	-0.5366	0.2602	0.2739	0.1111	1.1167	-0.0026	0.1344	1.088	0.1421	0.2736	0.3013	-0.0275	0.4651	19.9136	66.7179	61.7857
15	2.8026	-0.786	-2.247	0.809	0.605	2.941	-0.0383	-0.0861	0.1796	-0.1997	0.0229	-0.1778	0.4093	-0.0708	0.0103	0.5423	0.171	0.024	0.286	-0.024	0.2319	18.5386	85.7419	68.9789
16	1.6599	-1.8585	2.1357	5.8913	-2.9403	3.9201	0.0262	0.5162	0.309	0.3402	0.0412	0.1816	-0.0486	-1.0178	-0.094	0.4389	0.1793	0.0875	0.5321	0.0659	0.3049	6.1914	89.5101	71.8635
17	0.9805	-0.5547	0.4925	1.5835	0.6553	1.1635	-0.5996	-0.6585	-0.4801	0.0104	0.157	0.0432	1.8424	0.3253	0.246	1.1284	0.3257	0.2277	0.1802	0.1297	0.3243	15.9873	73.588	78.1154

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 88 through 116 )	A	88 - 116
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 117 through 199 )	A	117 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 227 )	A	200 - 227
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 228 through 253 )	A	228 - 253
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 254 through 271 )	A	254 - 271
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 272 through 302 )	A	272 - 302
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 303 through 349 )	A	303 - 349
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 350 through 375 )	A	350 - 375
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 376 through 410 )	A	376 - 410
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 91 through 199 )	B	91 - 199
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 200 through 227 )	B	200 - 227
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 228 through 253 )	B	228 - 253
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 254 through 271 )	B	254 - 271
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 272 through 302 )	B	272 - 302
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 303 through 350 )	B	303 - 350
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 351 through 375 )	B	351 - 375
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 376 through 411 )	B	376 - 411

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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