PDB-6imt: Crystal structure of PDE4D complexed with a novel inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6imt

タイトル

Crystal structure of PDE4D complexed with a novel inhibitor

要素

cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PDE4D / Inhibitor / Complex / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

signaling receptor regulator activity / negative regulation of heart contraction / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / establishment of endothelial barrier / regulation of cardiac muscle cell contraction / beta-2 adrenergic receptor binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.483 Å

データ登録者

Zhang, X.L. / Su, H.X. / Xu, Y.C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structure-Aided Identification and Optimization of Tetrahydro-isoquinolines as Novel PDE4 Inhibitors Leading to Discovery of an Effective Antipsoriasis Agent.
著者: Zhang, X. / Dong, G. / Li, H. / Chen, W. / Li, J. / Feng, C. / Gu, Z. / Zhu, F. / Zhang, R. / Li, M. / Tang, W. / Liu, H. / Xu, Y.

履歴

登録	2018年10月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6imt.cif.gz	278.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6imt.ent.gz	224.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6imt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6imt_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6imt_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6imt_validation.xml.gz	27.8 KB	表示
CIF形式データ	6imt_validation.cif.gz	40.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/6imt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/6imt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6im6C 6imbC 6imdC 6imiC 6imoC 6imrC 6indC 6inkC 6inmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6imi-d 6f8u-d 6f8r-d 6fdc-d 6f8t-d 1xn0-d 6f8x-d 6ind-d 1xor-d 6imo-d 6kk0-d 7cbq-d 6imb-d 6inm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (8) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D

B: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D

ヘテロ分子

81.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.125, 80.599, 163.785
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D / PDE4D / DPDE3 / PDE43 分子量: 40096.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE4D, DPDE3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q08499, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase

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非ポリマー , 5種, 414分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-AK0 / (1S)-1-[2-(6-fluoro-1H-indol-3-yl)ethyl]-6,7-dimethoxy-3,4-dihydroisoquinoline-2(1H)-carbaldehyde 分子量: 382.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₃FN₂O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.58 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES, 0.2 M MgCl2, 10% Isopropanol, 30% EG, 18% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.483→30.914 Å / Num. obs: 127958 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 12.7 % / CC_1/2: 0.8 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 1.483→1.5 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.483→30.914 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1959	6234	5.02 %
R_work	0.1785	-	-
obs	0.1794	124216	97.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.483→30.914 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5111	0	100	398	5609

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5310
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.756	7207
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.122	1945
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	824
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	922

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4833-1.5001	0.2204	130	0.2133	2338	X-RAY DIFFRACTION	59
1.5001-1.5178	0.2321	157	0.2076	3046	X-RAY DIFFRACTION	76
1.5178-1.5363	0.2543	190	0.2086	3495	X-RAY DIFFRACTION	87
1.5363-1.5557	0.2301	192	0.2035	3797	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5557-1.5762	0.2082	214	0.1984	3888	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5762-1.5978	0.2265	192	0.1873	3969	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5978-1.6206	0.1857	203	0.1826	4025	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6206-1.6448	0.1967	170	0.1824	4049	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6448-1.6705	0.1932	218	0.1789	3969	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6705-1.6979	0.1886	223	0.1821	4004	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6979-1.7272	0.2041	211	0.1834	4042	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7272-1.7586	0.2066	207	0.1739	4032	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7586-1.7924	0.1994	200	0.1763	4024	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7924-1.829	0.197	234	0.1776	4004	X-RAY DIFFRACTION	100
1.829-1.8687	0.2093	211	0.1835	4040	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8687-1.9122	0.1972	205	0.1811	4016	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9122-1.96	0.1893	209	0.1853	4024	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.013	0.2067	228	0.1745	4043	X-RAY DIFFRACTION	100
2.013-2.0722	0.1811	214	0.1692	4047	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0722-2.1391	0.1922	191	0.1716	4036	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1391-2.2155	0.1796	236	0.1668	4030	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2155-2.3042	0.1896	228	0.1677	4052	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3042-2.409	0.1841	228	0.1715	4037	X-RAY DIFFRACTION	100
2.409-2.536	0.1769	223	0.1746	4049	X-RAY DIFFRACTION	100
2.536-2.6948	0.2144	210	0.1784	4091	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6948-2.9027	0.1965	202	0.1832	4122	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9027-3.1945	0.1892	207	0.1857	4097	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1945-3.6561	0.197	225	0.1777	4130	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6561-4.6039	0.1888	227	0.1689	4143	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6039-30.9208	0.201	249	0.1826	4343	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.501	0.8522	0.0207	3.2836	-1.4087	3.1542	0.0018	0.3627	0.2014	-0.5115	-0.0678	0.1835	-0.3027	-0.1335	0.0363	0.2077	0.023	-0.0189	0.1605	0.0058	0.1079	69.0823	92.6092	13.3153
2	1.1459	-0.1232	-0.3657	1.3067	0.3315	1.5444	0.0334	0.085	0.0638	-0.1323	-0.0442	0.1686	-0.1914	-0.1956	0.0042	0.0907	0.0098	-0.0078	0.0796	0.0115	0.1011	66.2277	92.0279	27.4015
3	1.0541	-0.4506	0.4681	1.0126	-0.1268	3.0154	-0.0322	-0.0735	-0.0134	0.0589	0.0604	-0.1384	0.0092	0.4627	-0.0418	0.0696	-0.0176	0.0079	0.146	0.0003	0.104	87.0742	86.5715	38.8484
4	1.923	-0.9823	0.0665	1.4191	-0.4239	1.0331	-0.0174	-0.0963	0.1958	0.1957	0.0007	0.0349	-0.2732	-0.0182	0.0238	0.1227	-0.0056	0.0234	0.0904	-0.0127	0.1123	71.0904	97.4528	38.2485
5	4.989	-2.2096	-1.4851	3.7146	0.7692	2.4955	-0.1316	-0.1783	-0.1097	0.2298	0.0313	0.2167	0.0016	-0.1617	0.1162	0.0648	-0.0156	0.013	0.0911	0.0203	0.0818	65.8836	88.3753	41.682
6	0.5441	0.1852	-0.5776	0.8121	-0.1014	1.3782	-0.076	-0.0453	-0.2001	0.1199	-0.0184	0.2505	0.3019	-0.1981	0.0073	0.16	-0.0511	0.0536	0.1291	0.015	0.2206	65.3502	73.6498	33.4768
7	3.1373	0.4808	2.0328	1.2291	0.422	2.3895	-0.0238	0.0101	-0.0509	-0.1574	0.084	-0.2165	-0.1565	0.4902	-0.0266	0.1119	-0.0187	0.052	0.195	-0.0087	0.1207	88.1495	82.1676	20.7633
8	1.6395	1.2745	1.1867	2.0376	1.1333	1.251	0.0134	-0.0921	-0.1596	0.0292	0.1293	-0.3868	0.2154	0.5493	-0.102	0.139	0.0512	0.0302	0.2787	-0.0047	0.2231	91.0969	73.6401	24.0155
9	2.04	0.5801	-0.5332	1.0383	0.0966	2.3542	-0.1117	0.0902	-0.2848	0.0231	-0.143	0.2879	0.463	-0.4003	0.1446	0.203	-0.0935	0.0838	0.1192	-0.0429	0.2407	66.2015	69.5335	25.3023
10	1.3518	-0.5648	-0.1367	2.0755	0.0132	3.2062	-0.0586	0.1803	-0.3343	-0.1158	-0.2047	0.1412	0.4603	-0.0394	0.2169	0.2136	-0.0121	0.0247	0.0866	-0.0194	0.1646	75.8105	68.6691	13.7092
11	0.406	0.8934	0.0519	3.2175	-0.2734	1.2457	-0.0265	-0.4613	0.0351	0.4818	-0.001	-0.3845	-0.0004	0.6026	0.0501	0.3458	0.1391	-0.1091	0.5564	-0.1081	0.2113	93.5422	88.1053	79.2282
12	1.0228	0.1185	-0.4594	0.6758	-0.1573	1.0396	-0.2138	-0.3789	-0.0507	0.2136	0.2733	-0.3215	0.3748	0.771	0.0099	0.2293	0.2083	-0.0297	0.3659	-0.0603	0.1864	94.042	83.649	66.092
13	0.5165	0.2262	0.4088	0.7146	0.8376	4.0223	-0.0581	0.0805	0.1261	-0.0401	0.1006	0.0888	-0.3953	-0.6186	-0.0727	0.1154	0.0532	0.0128	0.186	0.0292	0.1072	75.5829	93.5451	54.356
14	3.4841	-0.2755	-0.5356	0.9294	-0.0488	1.4423	-0.0771	0.0371	0.1224	-0.0778	0.2043	-0.3578	0.0061	0.4173	-0.0745	0.1189	0.0106	0.0167	0.2132	-0.0735	0.1846	94.0855	88.5254	54.1252
15	5.9657	-0.1811	-0.47	2.9444	1.3258	1.9682	-0.3157	0.391	-0.5218	-0.0118	0.075	-0.1446	0.4637	0.2318	0.1817	0.2012	0.0619	0.0253	0.1516	-0.0139	0.1248	90.4146	78.43	52.9148
16	1.8425	-1.6807	-0.7735	2.365	0.768	0.3296	-0.3749	0.0632	-0.391	0.3866	0.1566	0.2474	0.4824	0.0655	0.1464	0.4962	0.044	0.1182	0.2291	-0.0073	0.2514	78.2002	67.2737	61.9257
17	1.1614	-0.3215	-0.3689	1.0474	0.9835	1.4424	-0.2519	-0.0261	-0.218	0.0182	0.097	-0.0559	0.3743	0.0903	0.0242	0.4569	0.1909	0.1289	0.0513	-0.0671	0.098	82.3503	75.0438	65.3982
18	2.0373	-0.316	-0.9585	1.7767	0.0192	2.5166	0.1431	0.0212	0.2835	0.107	0.0905	0.0955	-0.4828	-0.2475	-0.0183	0.3121	0.1878	0.071	0.1927	-0.0203	0.1428	73.6524	94.5032	73.1858
19	0.2192	-0.0505	0.2026	1.6691	-0.9989	2.723	0.0644	0.3629	0.2173	0.0595	0.0354	0.2082	-0.2056	-0.7179	-0.059	0.2957	0.1504	0.061	0.3758	0.0472	0.2257	65.0482	91.0086	71.3942
20	0.2765	-0.0144	-0.4417	0.2703	0.582	1.8051	-0.3178	-0.084	-0.3084	-0.0761	0.0259	-0.1044	0.8141	0.2273	0.097	0.6057	0.1778	0.196	0.1129	-0.043	0.0749	74.7042	74.165	78.3044

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 88 through 116 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 117 through 199 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 227 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 228 through 253 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 254 through 271 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 272 through 325 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 326 through 349 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 350 through 375 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 376 through 392 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 393 through 411 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 89 through 116 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 117 through 199 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 200 through 227 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 228 through 253 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 254 through 271 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 272 through 302 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 303 through 325 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 326 through 349 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 350 through 375 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 376 through 411 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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