PDB-6imi: Crystal structure of PDE4D complexed with a novel inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6imi

タイトル

Crystal structure of PDE4D complexed with a novel inhibitor

要素

cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PDE4D / Inhibitor / Complex / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

signaling receptor regulator activity / negative regulation of heart contraction / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-5 production / establishment of endothelial barrier / regulation of cardiac muscle cell contraction / heterocyclic compound binding / beta-2 adrenergic receptor binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.46 Å

データ登録者

Zhang, X. / Su, H. / Xu, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structure-Aided Identification and Optimization of Tetrahydro-isoquinolines as Novel PDE4 Inhibitors Leading to Discovery of an Effective Antipsoriasis Agent.
著者: Zhang, X. / Dong, G. / Li, H. / Chen, W. / Li, J. / Feng, C. / Gu, Z. / Zhu, F. / Zhang, R. / Li, M. / Tang, W. / Liu, H. / Xu, Y.

履歴

登録	2018年10月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6imi.cif.gz	282.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6imi.ent.gz	226.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6imi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6imi_validation.pdf.gz	468.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6imi_full_validation.pdf.gz	472.6 KB	表示
XML形式データ	6imi_validation.xml.gz	27.7 KB	表示
CIF形式データ	6imi_validation.cif.gz	40.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/6imi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/6imi	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6im6C 6imbC 6imdC 6imoC 6imrC 6imtC 6indC 6inkC 6inmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6imt-d 6f8r-d 6f8t-d 6ind-d 6f8x-d 6fdc-d 6f8u-d 6ink-d 6kk0-d 1xlx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (8) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D

B: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D

ヘテロ分子

81.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.414, 80.530, 163.844
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D / PDE4D / DPDE3 / PDE43 分子量: 40096.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE4D, DPDE3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q08499, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase

-
非ポリマー , 5種, 416分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-AH6 / 6-ethoxy-7-methoxy-3,4-dihydroisoquinoline-2(1H)-carbaldehyde 分子量: 235.279 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₇NO₃
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.81 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES, 0.2 M MgCl2, 10% Isopropanol, 30% EG, 18% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.46→28.579 Å / Num. obs: 133782 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 12.6 % / CC_1/2: 0.76 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 1.46→1.477 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.46→28.579 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.79

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2065	6306	4.94 %
R_work	0.1799	-	-
obs	0.1812	127524	94.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.46→28.579 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5134	0	83	398	5615

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5360
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.893	7280
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.077	1953
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	843
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	930

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4599-1.4765	0.3206	105	0.2533	2239	X-RAY DIFFRACTION	54
1.4765-1.4939	0.2537	148	0.2315	2795	X-RAY DIFFRACTION	66
1.4939-1.5121	0.2454	155	0.2263	3074	X-RAY DIFFRACTION	73
1.5121-1.5312	0.2334	166	0.2261	3312	X-RAY DIFFRACTION	78
1.5312-1.5514	0.2551	187	0.2168	3610	X-RAY DIFFRACTION	85
1.5514-1.5726	0.2355	210	0.2155	3773	X-RAY DIFFRACTION	90
1.5726-1.5951	0.2055	216	0.2081	4022	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5951-1.6189	0.208	213	0.2038	4196	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6189-1.6442	0.2153	227	0.2014	4225	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6442-1.6711	0.2361	235	0.1954	4213	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6711-1.6999	0.2096	208	0.2011	4216	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6999-1.7309	0.2283	209	0.1999	4264	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7309-1.7641	0.2222	214	0.1917	4245	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7641-1.8001	0.2283	217	0.1924	4220	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8001-1.8393	0.2295	237	0.1902	4278	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8393-1.8821	0.2026	223	0.1932	4241	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8821-1.9291	0.2114	240	0.191	4188	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9291-1.9813	0.2122	210	0.1884	4240	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9813-2.0395	0.206	222	0.1869	4275	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0395-2.1054	0.1974	239	0.1766	4235	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1054-2.1806	0.1873	222	0.1702	4279	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1806-2.2679	0.1677	233	0.168	4245	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2679-2.371	0.1783	232	0.17	4283	X-RAY DIFFRACTION	100
2.371-2.496	0.188	211	0.1727	4288	X-RAY DIFFRACTION	100
2.496-2.6522	0.2426	206	0.1762	4305	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6522-2.8568	0.2002	249	0.1781	4292	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8568-3.144	0.227	178	0.1782	4364	X-RAY DIFFRACTION	100
3.144-3.5982	0.1995	236	0.1673	4324	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5982-4.5304	0.2125	236	0.1568	4391	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5304-28.5846	0.1857	222	0.1733	4586	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9309	0.1291	-0.1343	3.0059	-2.2328	2.6846	0.0498	0.2966	0.1924	-0.4669	-0.0745	0.1421	-0.267	-0.1703	0.0211	0.23	0.0269	-0.0107	0.1706	0.0066	0.118	10.8494	12.1647	12.9629
2	1.2317	-0.1217	-0.3483	1.357	0.3899	1.7422	0.0364	0.0605	0.0539	-0.1367	-0.0455	0.1718	-0.2034	-0.2395	0.0076	0.0961	0.0109	-0.0119	0.1023	0.0136	0.0987	8.0722	11.4001	27.3863
3	1.0138	-0.3002	0.4399	1.0909	-0.3878	2.6247	-0.0349	-0.0782	-0.0288	0.0962	0.0585	-0.1535	-0.046	0.4324	-0.0442	0.0705	-0.0179	0.0033	0.1625	-0.0062	0.1029	28.9894	6.094	38.9437
4	2.4166	-1.0569	0.2846	1.6968	-0.6238	1.2823	-0.005	-0.0835	0.2143	0.1684	-0.0055	0.0477	-0.3047	-0.0561	0.0317	0.121	-0.0028	0.0229	0.0997	-0.0137	0.1009	13.0122	16.8853	38.2071
5	0.6492	0.2204	0.1147	1.4076	-0.1424	0.8717	-0.1282	-0.0586	-0.2434	0.1178	0.0517	0.2525	0.2721	-0.2182	0.019	0.14	-0.0561	0.0499	0.1729	0.0253	0.201	6.3501	-3.6545	37.8903
6	0.4107	-0.1774	0.1902	1.0721	0.4524	1.374	0.0594	-0.0863	-0.0854	-0.0561	-0.02	-0.0111	0.0258	0.2365	-0.0377	0.0923	-0.0184	0.0091	0.115	0.0096	0.1019	20.5338	-0.4672	25.1569
7	1.6698	1.6275	1.3957	2.4718	1.5524	1.8222	-0.015	-0.135	-0.087	0.054	0.1798	-0.3808	0.1987	0.6751	-0.1026	0.1684	0.0565	0.0222	0.3186	-0.0097	0.2398	32.4142	-7.0006	23.8797
8	1.2448	0.4142	-0.8044	1.0329	-0.3093	3.5244	-0.1446	0.1072	-0.2581	-0.0445	-0.1283	0.2127	0.5745	-0.2321	0.242	0.2167	-0.0498	0.0255	0.0855	-0.0263	0.1965	13.2998	-11.5821	19.0686
9	0.0822	0.4441	0.0394	2.4197	-0.0473	0.9756	-0.0593	-0.4164	0.024	0.479	0.0659	-0.4277	-0.0036	0.64	0.0597	0.4017	0.1796	-0.1646	0.6686	-0.1392	0.2199	36.2837	7.4154	79.1786
10	0.9201	0.0346	-0.4119	0.6176	-0.1006	0.8993	-0.1985	-0.3571	0.0298	0.2497	0.2885	-0.4	0.3874	0.9495	0.0153	0.2356	0.26	-0.045	0.4591	-0.0808	0.2007	36.2581	3.1868	66.0259
11	0.7213	-0.0655	0.6483	1.002	0.6656	4.5573	-0.0595	0.0835	0.0834	-0.0489	0.1033	0.0911	-0.3475	-0.4881	-0.0788	0.1028	0.0449	0.0106	0.1649	0.0235	0.1025	17.7094	12.9358	54.1165
12	3.4753	-0.2843	-0.6262	0.9721	-0.079	1.3966	-0.093	-0.0039	0.1057	-0.0858	0.2366	-0.4485	0.0208	0.5257	-0.0829	0.123	0.0135	0.0185	0.2751	-0.0972	0.2069	36.1387	8.0216	53.9928
13	4.0571	-1.0289	-0.9699	3.9627	2.0569	2.1516	-0.3874	0.2346	-0.4728	-0.0416	0.1861	-0.198	0.5323	0.3266	0.2009	0.2216	0.0682	0.0237	0.1911	-0.0253	0.128	32.7839	-2.2824	52.6903
14	1.7838	-1.7484	-0.7054	2.1665	0.7401	0.2834	-0.354	0.1248	-0.3993	0.3456	0.1248	0.2162	0.5306	0.1713	0.1247	0.5936	0.0685	0.1233	0.2761	-0.0204	0.3049	20.6619	-13.7947	62.0748
15	1.4508	-0.3116	-0.4273	1.0831	1.3789	2.3245	-0.2605	-0.0529	-0.1988	0.0262	0.0942	-0.0664	0.444	0.1626	0.0041	0.4894	0.2494	0.1728	0.0653	-0.0999	0.0167	24.5303	-5.4605	65.4502
16	1.9916	-0.419	-0.8419	2.0452	-0.5623	3.7522	0.1431	0.0285	0.2314	0.1419	0.0683	0.1251	-0.5015	-0.2064	-0.0855	0.3112	0.1413	0.0504	0.2011	-0.0233	0.1466	15.7743	14.0998	73.1153
17	0.1942	0.4173	-0.36	2.4088	-1.5049	3.4989	0.0513	0.3839	0.2301	-0.0173	0.071	0.2125	-0.1496	-0.7803	-0.0792	0.3192	0.1467	0.0577	0.4015	0.0356	0.2485	7.3803	10.704	70.675
18	0.1901	0.0183	-0.3804	0.4984	0.7589	1.9715	-0.2325	-0.0905	-0.2418	-0.0609	-0.0242	-0.1205	0.6764	0.2338	0.0396	0.6215	0.2239	0.2356	0.1012	-0.1042	-0.0538	17.0197	-6.3053	78.3405

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 87 through 116 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 117 through 199 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 227 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 228 through 253 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 254 through 302 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 303 through 349 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 350 through 375 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 376 through 411 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 89 through 116 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 117 through 199 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 200 through 227 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 228 through 253 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 254 through 271 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 272 through 302 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 303 through 325 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 326 through 349 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 350 through 375 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 376 through 411 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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