PDB-6imh: Solution Structure of Bicyclic Peptide pb-18

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6imh

タイトル

Solution Structure of Bicyclic Peptide pb-18

要素

(ACE)-GLY-CYS-PRO-CYS-GLU-PRO-SER-TYR-LEU-CYS-PRO-TRP-LEU-PRO-GLY-CYS-(NH2)

キーワード

DE NOVO PROTEIN / bicyclic peptide / cystine bridge / proline rich

生物種

Enterobacteria phage M13 (ファージ)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

データ登録者

Yao, H. / Lin, P. / Zha, J. / Zha, M. / Zhao, Y. / Wu, C.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2019
タイトル: Ordered and Isomerically Stable Bicyclic Peptide Scaffolds Constrained through Cystine Bridges and Proline Turns.
著者: Lin, P. / Yao, H. / Zha, J. / Zhao, Y. / Wu, C.

履歴

登録	2018年10月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6imh.cif.gz	79.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6imh.ent.gz	53.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6imh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/6imh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/6imh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6imgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2h8s-d 1imi-d 2ak0-d 1vqx-d 5t6v-d 1nzs-d 7edk-d 2md6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)
その他のデータベース	BMRB: 36214Solution Structure of Bicyclic Peptide pb-18

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: (ACE)-GLY-CYS-PRO-CYS-GLU-PRO-SER-TYR-LEU-CYS-PRO-TRP-LEU-PRO-GLY-CYS-(NH2)

1.75 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	(ACE)-GLY-CYS-PRO-CYS-GLU-PRO-SER-TYR-LEU-CYS-PRO-TRP-LEU-PRO-GLY-CYS-(NH2) 分子量: 1749.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Enterobacteria phage M13 (ファージ)
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	4	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
2	5	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC
2	7	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
2	6	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細

タイプ: solution / 内容: 0.9 mM pb-18, acetonitrile/water
詳細: The peptide was dissolved in a mixture of 90% perdeuterated acetonitrile and 10% H2O (pH=1) or D2O (pD=1).
Label: NA_pb18 / 溶媒系: acetonitrile/water

試料

濃度: 0.9 mM / 構成要素: pb-18 / Isotopic labeling: natural abundance

試料状態

Conditions-ID	詳細	イオン強度	Label	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	The peptide was dissolved in a mixture of 90% perdeuterated acetonitrile and 10% H2O (pH=1).	0 Not defined	ACN-H2O	1	1 atm	278 K
2	The peptide was dissolved in a mixture of 90% perdeuterated acetonitrile and 10% D2O (pD=1).	0 Not defined	ACN-D2O	1.0 pD	1 atm	278 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 850 MHz / 詳細: TCI cryoprobe

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR NIH	2.48	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	精密化
X-PLOR NIH	2.48	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	chemical shift calculation
Sparky		Goddard	peak picking
Sparky		Goddard	chemical shift assignment

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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