PDB-6imd: Crystal structure of PDE4D complexed with a novel inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6imd

タイトル

Crystal structure of PDE4D complexed with a novel inhibitor

要素

cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PDE4D / Inhibitor / Complex / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

signaling receptor regulator activity / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of heart contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / establishment of endothelial barrier / regulation of cardiac muscle cell contraction / negative regulation of cAMP-mediated signaling / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.499 Å

データ登録者

Zhang, X. / Su, H. / Xu, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structure-Aided Identification and Optimization of Tetrahydro-isoquinolines as Novel PDE4 Inhibitors Leading to Discovery of an Effective Antipsoriasis Agent.
著者: Zhang, X. / Dong, G. / Li, H. / Chen, W. / Li, J. / Feng, C. / Gu, Z. / Zhu, F. / Zhang, R. / Li, M. / Tang, W. / Liu, H. / Xu, Y.

履歴

登録	2018年10月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6imd.cif.gz	285.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6imd.ent.gz	229.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6imd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6imd_validation.pdf.gz	471.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6imd_full_validation.pdf.gz	475.8 KB	表示
XML形式データ	6imd_validation.xml.gz	28.5 KB	表示
CIF形式データ	6imd_validation.cif.gz	43.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/6imd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/6imd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6im6C 6imbC 6imiC 6imoC 6imrC 6imtC 6indC 6inkC 6inmC C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (8) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D

B: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D

ヘテロ分子

81.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.400, 80.357, 163.441
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D / PDE4D / DPDE3 / PDE43 分子量: 40096.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE4D, DPDE3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q08499, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase

-
非ポリマー , 5種, 473分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-AH9 / 6,7-dimethoxy-3,4-dihydroisoquinoline-2(1H)-carbaldehyde / 6,7-ジメトキシ-3,4-ジヒドロイソキノリン-2(1H)-カルボアルデヒド分子量: 221.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₅NO₃
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.56 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES, 0.2 M MaCl2, 10% Isopropanol, 30% EG, 18% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.499→39.017 Å / Num. obs: 123931 / % possible obs: 92.73 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 0.82 / Net I/σ(I): 7.9
反射シェル	解像度: 1.499→1.516 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.499→39.017 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.37

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1903	5684	4.95 %
R_work	0.1676	-	-
obs	0.1688	114867	92.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.499→39.017 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5178	0	82	454	5714

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	5371
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.338	7291
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.742	1962
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.105	843
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	934

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4993-1.5164	0.2471	86	0.2036	1673	X-RAY DIFFRACTION	43
1.5164-1.5342	0.2635	118	0.2053	1971	X-RAY DIFFRACTION	52
1.5342-1.5529	0.2195	111	0.2073	2389	X-RAY DIFFRACTION	61
1.5529-1.5726	0.2105	155	0.197	2511	X-RAY DIFFRACTION	65
1.5726-1.5933	0.2185	155	0.1935	3094	X-RAY DIFFRACTION	79
1.5933-1.6151	0.233	188	0.19	3584	X-RAY DIFFRACTION	93
1.6151-1.6382	0.2244	185	0.1941	3823	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6382-1.6626	0.2264	191	0.1859	3857	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6626-1.6886	0.2157	204	0.1872	3868	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6886-1.7163	0.2022	198	0.1778	3901	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7163-1.7459	0.2275	204	0.1745	3861	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7459-1.7776	0.1954	214	0.169	3865	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7776-1.8118	0.2011	191	0.1707	3899	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8118-1.8488	0.2081	194	0.1709	3882	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8488-1.889	0.2065	179	0.1721	3889	X-RAY DIFFRACTION	99
1.889-1.9329	0.1961	217	0.1721	3885	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9329-1.9813	0.2048	200	0.1673	3892	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9813-2.0348	0.1825	169	0.1667	3950	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0348-2.0947	0.1786	233	0.1634	3891	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0947-2.1623	0.1818	190	0.1576	3952	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1623-2.2396	0.1843	237	0.1555	3855	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2396-2.3292	0.1761	218	0.1533	3893	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3292-2.4352	0.1601	221	0.1568	3897	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4352-2.5636	0.1787	210	0.1627	3895	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5636-2.7242	0.1839	207	0.1663	3955	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7242-2.9344	0.2046	203	0.1679	3978	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9344-3.2296	0.2051	195	0.1685	3996	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2296-3.6966	0.1405	192	0.1637	3900	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6966-4.6562	0.2085	193	0.1561	4035	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6562-39.0301	0.1821	226	0.1737	4142	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1547	-0.1923	-0.3889	2.8559	-1.6684	2.0349	0.0648	0.3137	0.1974	-0.4946	-0.0647	0.186	-0.2884	-0.2048	-0.0115	0.2319	0.0246	-0.0273	0.1706	0.0203	0.1207	10.6858	12.7301	12.6163
2	1.2656	-0.119	-0.3503	1.3339	0.2393	1.7641	0.0399	0.0431	0.0447	-0.1267	-0.0335	0.1599	-0.1877	-0.2183	-0.0105	0.0867	0.0099	-0.0147	0.0837	0.0187	0.0981	8.0439	11.4119	27.2745
3	0.8928	-0.1036	0.4589	1.0468	-0.5488	2.8734	-0.0429	-0.037	-0.0315	0.1111	0.0163	-0.1558	-0.0367	0.5079	-0.0348	0.0716	-0.0154	0.0007	0.1712	0.0034	0.1031	28.9309	6.0633	38.6415
4	2.3459	-1.3461	0.1714	1.737	-0.5765	1.3366	0.0055	-0.0983	0.1897	0.2094	-0.003	0.0473	-0.3237	-0.0364	0.035	0.1167	-0.006	0.0248	0.096	-0.0104	0.1038	12.9143	16.9221	38.0679
5	1.0201	0.2198	-0.0549	1.5242	-0.114	0.9418	-0.1408	-0.081	-0.2361	0.1461	0.0762	0.2601	0.2728	-0.2062	0.014	0.1353	-0.0498	0.0455	0.1537	0.0398	0.1889	6.4382	-3.3032	37.8709
6	0.3479	-0.1863	0.07	0.9905	0.3712	1.7851	0.0578	-0.091	-0.0725	-0.055	-0.0085	-0.0241	0.0309	0.2992	-0.0519	0.0901	-0.0124	0.0071	0.1132	0.0129	0.0999	20.7791	-0.2569	25.1582
7	0.7391	1.1568	1.1138	2.0811	1.8542	2.0995	0.02	-0.1534	-0.0704	0.1777	0.214	-0.3663	0.2583	0.8521	-0.137	0.1985	0.0823	0.0071	0.3871	-0.0076	0.2704	33.0206	-6.7921	23.9446
8	1.3856	-0.1951	-0.5413	1.2565	-0.1624	3.0652	-0.1099	0.1402	-0.3067	-0.0421	-0.1539	0.2309	0.5898	-0.1622	0.1878	0.2195	-0.0434	0.0167	0.079	-0.013	0.1909	13.5171	-11.4885	19.2865
9	0.6798	-0.2127	-0.3776	1.1459	-0.386	1.2413	-0.1575	-0.5103	0.0807	0.3309	0.2184	-0.3918	0.3221	0.9658	0.049	0.2169	0.2016	-0.0791	0.472	-0.0741	0.1744	36.2591	4.0961	68.9767
10	0.7699	0.1037	0.2649	1.0345	0.9039	4.8666	-0.0576	0.1278	0.1422	-0.0745	0.0529	0.1288	-0.4343	-0.5232	-0.058	0.1107	0.0408	0.0058	0.1517	0.0247	0.1027	17.4948	13.0245	54.168
11	4.0493	-0.3882	-0.7025	1.1786	0.0185	1.6105	-0.1066	0.0411	0.0964	-0.1202	0.2131	-0.3763	-0.0365	0.4578	-0.077	0.1251	-0.0007	0.0237	0.2301	-0.0727	0.1742	36.0414	8.0846	53.7693
12	6.2727	-0.5908	-1.054	4.3667	1.5889	2.2238	-0.4126	0.3296	-0.4346	-0.0907	0.1246	-0.2081	0.489	0.2898	0.1943	0.1934	0.0608	0.0214	0.165	-0.0019	0.0997	32.3848	-1.9481	52.6698
13	2.4314	-2.1074	-0.7634	3.3103	0.7662	0.2478	-0.3863	0.0127	-0.4236	0.3963	0.1802	0.2405	0.5632	0.1527	0.0134	0.5348	0.0809	0.1185	0.2391	-0.0173	0.2675	21.3478	-14.4687	62.5593
14	1.101	0.1272	-0.511	0.2262	0.3323	2.1841	-0.0697	-0.051	0.1066	-0.0243	0.0892	0.0315	0.019	-0.1351	0.0231	0.2908	0.1876	0.0825	0.1302	-0.0506	0.0487	19.7012	5.1362	69.2258
15	0.2396	0.2786	0.3345	3.925	-2.7759	3.2766	0.0317	0.3238	0.2861	-0.0133	0.0541	0.2052	-0.2579	-0.7765	-0.021	0.3095	0.1535	0.06	0.3804	0.0485	0.2684	6.917	10.6013	70.927
16	0.2447	-0.0355	-0.4339	0.4482	0.7275	1.7322	-0.2517	-0.1024	-0.2205	-0.0171	0.0077	-0.0784	0.7022	0.24	0.041	0.5363	0.1919	0.1912	0.1242	-0.0617	-0.0049	16.9408	-6.2548	78.0803

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 87 through 116 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 117 through 199 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 227 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 228 through 253 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 254 through 302 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 303 through 349 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 350 through 375 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 376 through 411 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 89 through 199 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 200 through 227 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 228 through 253 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 254 through 271 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 272 through 302 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 303 through 349 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 350 through 375 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 376 through 411 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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