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万見
- PDB-6ikt: K1U complex structure of peptide deformylase from Xanthomonas ory... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ikt
タイトルK1U complex structure of peptide deformylase from Xanthomonas oryzae pv. oryzae
要素Peptide deformylase
キーワードHYDROLASE / peptide deformylase
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide deformylase / peptide deformylase activity / translation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptide Deformylase / Peptide deformylase / Peptide deformylase / Peptide deformylase superfamily / Polypeptide deformylase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-K1U / NICKEL (II) ION / Peptide deformylase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas oryzae pv. oryzae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Lee, I.H. / Kang, L.W.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: K1U complex structure of peptide deformylase from Xanthomonas oryzae pv. oryzae
著者: Lee, I.H. / Kang, L.W.
履歴
登録2018年10月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide deformylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5866
ポリマ－18,9011
非ポリマー6855
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area270 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area8100 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)58.880, 58.880, 265.292
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Peptide deformylase / PDF / Polypeptide deformylase


分子量: 18901.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas oryzae pv. oryzae (バクテリア)
株: KACC10331 / KXO85 / 遺伝子: def, XOO1075 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5H3Z2, peptide deformylase
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-K1U / (3R)-3-benzyl-4-oxo-4-[(2-oxo-2-phenylethyl)sulfanyl]butanoic acid


分子量: 342.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H18O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.07 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5
詳細: 0.05M cadmium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.5, 2.0M sodium acetate trihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 21949 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.169 / Χ2: 9.744 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.9340.5169820.0570.2690.5882.24991.6
1.93-1.974.50.47710270.290.2280.5332.27791.9
1.97-2.014.90.43110110.4330.1950.4762.34494.4
2.01-2.055.40.42110570.450.1810.4622.54495.1
2.05-2.095.90.39610560.6930.1630.4312.59995.9
2.09-2.146.20.34810640.8040.1360.3762.7896.1
2.14-2.196.50.32110620.8490.1220.3452.91296.4
2.19-2.256.80.28610780.9160.1040.3063.26196.5
2.25-2.327.40.26710670.910.0950.2853.43496.5
2.32-2.397.60.25910800.9310.0910.2763.38897.6
2.39-2.4880.23210970.9630.0790.2463.89797
2.48-2.588.70.21910740.970.0710.2314.49297
2.58-2.79.10.19311120.9780.0610.2035.28497.5
2.7-2.849.90.18311030.9790.0550.1916.5298.2
2.84-3.0210.60.17611120.9840.0510.1838.54998.1
3.02-3.2511.60.16111460.9910.0450.16710.18698.7
3.25-3.5812.80.16411380.9860.0440.1717.15699
3.58-4.0913.60.1511770.9930.0390.15520.75599.2
4.09-5.1613.40.11711960.9940.0310.12120.12899
5.16-5012.80.09913100.9960.0270.10316.61396.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5E5D

5e5d


解像度: 1.9→49.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 3.165 / SU ML: 0.088 / SU R Cruickshank DPI: 0.1148 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.117
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2392 1144 5.2 %RANDOM
Rwork0.2029 ---
obs0.2048 20787 97.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 77.71 Å2 / Biso mean: 22.041 Å2 / Biso min: 11.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→49.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1239 0 27 38 1304
Biso mean--45.4 22.72 -
残基数----160
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0191291
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021193
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1871.9861748
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.10532741
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2365157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.92922.62361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.30615199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6691513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2189
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211452
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02285
LS精密化 シェル解像度: 1.901→1.95 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 75 -
Rwork0.323 1382 -
all-1457 -
obs--91.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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