ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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REFMAC | 5.8.0158精密化 | HKL-2000 | | データスケーリング | HKL-2000 | | データ収集 | HKL-2000 | | データ削減 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5E5D 解像度: 1.9→49.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 3.165 / SU ML: 0.088 / SU R Cruickshank DPI: 0.1148 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.117 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2392 | 1144 | 5.2 % | RANDOM |
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Rwork | 0.2029 | - | - | - |
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obs | 0.2048 | 20787 | 97.01 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å |
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原子変位パラメータ | Biso max: 77.71 Å2 / Biso mean: 22.041 Å2 / Biso min: 11.2 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 0 Å2 | -0 Å2 |
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3- | - | - | -0 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→49.9 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1239 | 0 | 27 | 38 | 1304 |
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Biso mean | - | - | 45.4 | 22.72 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 160 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.019 | 0.019 | 1291 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0.002 | 0.02 | 1193 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg2.187 | 1.986 | 1748 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg1.105 | 3 | 2741 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg7.236 | 5 | 157 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg30.929 | 22.623 | 61 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg13.306 | 15 | 199 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg17.669 | 15 | 13 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.142 | 0.2 | 189 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.011 | 0.021 | 1452 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.001 | 0.02 | 285 | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.901→1.95 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.366 | 75 | - |
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Rwork | 0.323 | 1382 | - |
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all | - | 1457 | - |
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obs | - | - | 91.41 % |
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