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- PDB-6ij9: Crystal Structure of Arabidopsis thaliana UGT89C1 complexed with UDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ij9
タイトルCrystal Structure of Arabidopsis thaliana UGT89C1 complexed with UDP
要素UDP-glycosyltransferase 89C1
キーワードPLANT PROTEIN / Arabidopsis thaliana / rhamnoside / rhamnosyltransferases
機能・相同性
機能・相同性情報


flavonol biosynthetic process / UDP-glycosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Flavonol 7-O-rhamnosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zong, G.N. / Wang, X.Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China2017YFA0504801 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Arabidopsis thaliana UGT89C1 complexed with UDP
著者: Zong, G.N. / Wang, X.Q.
履歴
登録2018年10月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-glycosyltransferase 89C1
B: UDP-glycosyltransferase 89C1
C: UDP-glycosyltransferase 89C1
D: UDP-glycosyltransferase 89C1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,3298
ポリマ－192,7124
非ポリマー1,6174
水1,09961
1
A: UDP-glycosyltransferase 89C1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5822
ポリマ－48,1781
非ポリマー4041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area770 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area17180 Å2
手法PISA
2
B: UDP-glycosyltransferase 89C1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5822
ポリマ－48,1781
非ポリマー4041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area770 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area17330 Å2
手法PISA
3
C: UDP-glycosyltransferase 89C1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5822
ポリマ－48,1781
非ポリマー4041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area760 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area17690 Å2
手法PISA
4
D: UDP-glycosyltransferase 89C1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5822
ポリマ－48,1781
非ポリマー4041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area750 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area17800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.979, 84.141, 129.146
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 8 through 210 or (resid 211...
21(chain B and ((resid 8 and (name N or name...
31(chain C and ((resid 8 and (name N or name...
41(chain D and ((resid 8 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSLEULEU(chain A and (resid 8 through 210 or (resid 211...AA8 - 2108 - 210
12LEULEULEULEU(chain A and (resid 8 through 210 or (resid 211...AA211211
13LYSLYSLEULEU(chain A and (resid 8 through 210 or (resid 211...AA8 - 4358 - 435
21LYSLYSLYSLYS(chain B and ((resid 8 and (name N or name...BB88
22LYSLYSLEULEU(chain B and ((resid 8 and (name N or name...BB8 - 4358 - 435
23LYSLYSLEULEU(chain B and ((resid 8 and (name N or name...BB8 - 4358 - 435
24LYSLYSLEULEU(chain B and ((resid 8 and (name N or name...BB8 - 4358 - 435
25LYSLYSLEULEU(chain B and ((resid 8 and (name N or name...BB8 - 4358 - 435
31LYSLYSLYSLYS(chain C and ((resid 8 and (name N or name...CC88
32LYSLYSLEULEU(chain C and ((resid 8 and (name N or name...CC7 - 4357 - 435
33LYSLYSLEULEU(chain C and ((resid 8 and (name N or name...CC7 - 4357 - 435
34LYSLYSLEULEU(chain C and ((resid 8 and (name N or name...CC7 - 4357 - 435
35LYSLYSLEULEU(chain C and ((resid 8 and (name N or name...CC7 - 4357 - 435
41LYSLYSLYSLYS(chain D and ((resid 8 and (name N or name...DD88
42LYSLYSLEULEU(chain D and ((resid 8 and (name N or name...DD7 - 4357 - 435
43LYSLYSLEULEU(chain D and ((resid 8 and (name N or name...DD7 - 4357 - 435
44LYSLYSLEULEU(chain D and ((resid 8 and (name N or name...DD7 - 4357 - 435
45LYSLYSLEULEU(chain D and ((resid 8 and (name N or name...DD7 - 4357 - 435

-
要素

#1: タンパク質
UDP-glycosyltransferase 89C1


分子量: 48178.086 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9LNE6, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.5, 20%(w/v) PEG8000 and 10%(v/v) 2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月11日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 39311 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 0.956 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 134011
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3-3.113.40.61638770.8720.3870.730.997.4
3.11-3.233.40.45138500.9140.2840.5350.90998.2
3.23-3.383.40.31439550.9560.1970.3720.91499.3
3.38-3.563.40.23639230.9760.1490.280.95599.1
3.56-3.783.20.14738670.9880.0980.1781.02398.2
3.78-4.073.60.10439660.9940.0640.1220.96699.5
4.07-4.483.60.07639600.9960.0470.091.0499.4
4.48-5.133.40.06139430.9960.0380.0721.06599.1
5.13-6.463.30.05839470.9970.0370.0690.93598.6
6.46-103.30.03940230.9970.0250.0460.85198

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IJ7

6ij7


解像度: 3→29.931 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2738 1574 4.99 %
Rwork0.2171 --
obs0.22 31568 83.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 124.93 Å2 / Biso mean: 40.5494 Å2 / Biso min: 13.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→29.931 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12643 0 100 61 12804
Biso mean--40.47 31.02 -
残基数----1619
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A7065X-RAY DIFFRACTION12.674TORSIONAL
12B7065X-RAY DIFFRACTION12.674TORSIONAL
13C7065X-RAY DIFFRACTION12.674TORSIONAL
14D7065X-RAY DIFFRACTION12.674TORSIONAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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