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- PDB-6ihh: Crystal structure of RasADH F12 from Ralstonia.sp in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ihh
タイトルCrystal structure of RasADH F12 from Ralstonia.sp in complex with NADPH and A6O
要素Alclohol dehydrogenase
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / OXIDOREDUCTASE / KRED / BIOCATALYST / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, oxygen as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
PKS_KR / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A6O / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zhang, H.L. / Chen, X. / Liu, W.D. / Wu, Q.Q. / Zhu, D.M.
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2019
タイトル: Efficient reductive desymmetrization of bulky 1,3-cyclodiketones enabled by structure-guided directed evolution of a carbonyl reductase.
著者: Chen, X. / Zhang, H. / Ma, M.S. / Liu, W. / Li, J. / Feng, J. / Liu, X. / Osuna, S. / Guo, R.T. / Wu, Q. / Zhu, D. / Ma, Y.
履歴
登録2018年9月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity_src_gen / struct / struct_keywords
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _struct.title / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alclohol dehydrogenase
B: Alclohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0645
ポリマ－53,2622
非ポリマー1,8013
水5,693316
1
A: Alclohol dehydrogenase
B: Alclohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Alclohol dehydrogenase
B: Alclohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,12710
ポリマ－106,5254
非ポリマー3,6026
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area17710 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area32990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.687, 118.687, 73.009
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Alclohol dehydrogenase


分子量: 26631.137 Da / 分子数: 2 / 変異: I91V,I187S,I188L,Q191N,F205A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ralstonia sp. (バクテリア) / プラスミド: pET46Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C0IR58
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-A6O / (2R,3S)-2-ethyl-2-[(2E)-2-(6-methoxy-3,4-dihydro-2H-naphthalen-1-ylidene)ethyl]-3-oxidanyl-cyclopentan-1-one / (2R)-2α-[(E)-2-(3,4-ジヒドロ-6-メトキシナフタレン)-1(2H)-イリデンエチル]-2β-エチル(以下略)


分子量: 314.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.27 % / Mosaicity: 1 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Ammonium Sulfate, Bis-Tris, PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月28日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→25 Å / Num. obs: 55225 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 1.279 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 565706
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.868.60.61351560.9470.2140.650.50193.6
1.86-1.9410.20.48554910.9770.1590.5110.573100
1.94-2.0310.40.37955350.9810.1230.3980.713100
2.03-2.1310.40.2954860.9870.0940.3050.839100
2.13-2.2710.40.2155350.9930.0680.2211.042100
2.27-2.4410.50.16955370.9940.0550.1781.177100
2.44-2.6910.50.13155450.9960.0420.1371.372100
2.69-3.0810.60.09855620.9970.0320.1031.722100
3.08-3.8710.50.07956020.9970.0260.0832.439100
3.87-2510.20.05657760.9980.0190.0592.151100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4bms

4bms


解像度: 1.8→24.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 2.416 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20393 2695 4.9 %RANDOM
Rwork0.16642 ---
obs0.16828 52388 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.053 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2 Å20.6 Å20 Å2
2--1.2 Å2-0 Å2
3----3.9 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→24.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3750 0 119 316 4185
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0123923
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5761.6855340
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4415496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.60220.8200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.97115642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9491538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2534
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0180.022941
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.53.0791990
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.7834.5882484
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.8663.5811933
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.54260.92319410
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 176 -
Rwork0.245 3814 -
obs--99.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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