PDB-6ige: Crystal structure of Human Papillomavirus type 33 pentamer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ige

タイトル

Crystal structure of Human Papillomavirus type 33 pentamer

要素

Major capsid protein L1

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / capsid protein

機能・相同性

機能・相同性情報

T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Human papillomavirus type 33 (パピローマウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Li, Z.H. / Song, S. / He, M.Z. / Gu, Y. / Li, S.W.

資金援助

中国, 6件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China	81701637	中国
National Science Foundation (China)	81701637	中国
National Natural Science Foundation of China	U1705283	中国
National Science Foundation (China)	U1705283	中国
National Natural Science Foundation of China	31670935	中国
National Science Foundation (China)	31670935	中国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Rational design of a triple-type human papillomavirus vaccine by compromising viral-type specificity.
著者: Zhihai Li / Shuo Song / Maozhou He / Daning Wang / Jingjie Shi / Xinlin Liu / Yunbing Li / Xin Chi / Shuangping Wei / Yurou Yang / Zhiping Wang / Jinjin Li / Huilian Qian / Hai Yu / Qingbing ...
要旨: Sequence variability in surface-antigenic sites of pathogenic proteins is an important obstacle in vaccine development. Over 200 distinct genomic sequences have been identified for human ...

履歴

登録	2018年9月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6ige.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ige_validation.pdf.gz	532.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ige_full_validation.pdf.gz	588.1 KB	表示
XML形式データ	6ige_validation.xml.gz	133.5 KB	表示
CIF形式データ	6ige_validation.cif.gz	179.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/6ige ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/6ige	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9665C 9666C 9667C 6igcC 6igdC 6igfC 5y9eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6igf-1 6igc-7 5y9e-d 6igc-8 6igc-5 6igc-2 6igd-1 6igc-3 6igc-1 6igc-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (4) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Major capsid protein L1

B: Major capsid protein L1

C: Major capsid protein L1

D: Major capsid protein L1

E: Major capsid protein L1

F: Major capsid protein L1

G: Major capsid protein L1

H: Major capsid protein L1

I: Major capsid protein L1

J: Major capsid protein L1

560 kDa, 10 ポリマー
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1

A: Major capsid protein L1

B: Major capsid protein L1

C: Major capsid protein L1

D: Major capsid protein L1

E: Major capsid protein L1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
280 kDa, 5 ポリマー
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2

F: Major capsid protein L1

G: Major capsid protein L1

H: Major capsid protein L1

I: Major capsid protein L1

J: Major capsid protein L1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
280 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	98.827, 171.937, 145.692
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.04, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Major capsid protein L1 分子量: 55978.523 Da / 分子数: 10 / 変異: C176S, E268G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human papillomavirus type 33 (パピローマウイルス) 遺伝子: L1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: P06416*PLUS
配列の詳細	The authors state that the sample sequence is consistent with the Gene Bank Number AMY16565.1 and ...The authors state that the sample sequence is consistent with the Gene Bank Number AMY16565.1 and there are mutations C176S, E268G.

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.02 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M magnesium formate, 13.5% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 105277 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / R_sym value: 0.095 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 2.92→2.97 Å / Num. unique obs: 5220 / R_sym value: 0.751

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5Y9E

5y9e

解像度: 2.9→48.198 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.95

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2403	5243	4.99 %
R_work	0.2096	-	-
obs	0.2111	105166	98.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.198 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	33033	0	0	0	33033

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	33892
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.648	45969
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.552	20055
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	4924
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	5984

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9002-2.9331	0.3642	116	0.3147	2069	X-RAY DIFFRACTION	62
2.9331-2.9677	0.3623	176	0.2999	3380	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9677-3.0038	0.3312	167	0.2962	3382	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0038-3.0419	0.3619	172	0.3072	3354	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0419-3.0819	0.4014	161	0.3042	3401	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0819-3.1241	0.3376	172	0.2948	3343	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1241-3.1687	0.3075	173	0.2785	3401	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1687-3.216	0.3326	169	0.2669	3339	X-RAY DIFFRACTION	100
3.216-3.2662	0.3145	189	0.2649	3388	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2662-3.3198	0.3045	182	0.2619	3366	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3198-3.377	0.2913	202	0.2536	3333	X-RAY DIFFRACTION	100
3.377-3.4384	0.2551	154	0.2316	3358	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4384-3.5045	0.2484	160	0.2374	3405	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5045-3.576	0.2625	201	0.2438	3331	X-RAY DIFFRACTION	100
3.576-3.6538	0.2408	184	0.2217	3384	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6538-3.7387	0.2439	162	0.2192	3373	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7387-3.8322	0.2221	172	0.2149	3378	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8322-3.9357	0.2754	160	0.2209	3395	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9357-4.0515	0.2551	176	0.2129	3366	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0515-4.1822	0.2544	170	0.2033	3357	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1822-4.3316	0.2323	194	0.1917	3349	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3316-4.5049	0.222	176	0.1827	3412	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5049-4.7098	0.2077	167	0.1749	3382	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7098-4.9578	0.1907	186	0.1585	3353	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9578-5.2681	0.1934	194	0.1694	3344	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2681-5.6743	0.2026	168	0.1757	3373	X-RAY DIFFRACTION	99
5.6743-6.2442	0.2147	183	0.2014	3391	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2442-7.1452	0.2158	186	0.1912	3398	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1452-8.9927	0.1834	183	0.1701	3429	X-RAY DIFFRACTION	100
8.9927-48.2042	0.1987	188	0.1739	3389	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0812	0.0258	0.1056	0.1494	0.1193	0.1918	-0.2041	-0.0635	0.2373	-0.0061	-0.002	-0.0237	-0.1057	0.1284	-0.0027	0.2038	-0.0084	0.0265	0.7136	0.001	0.5225	0.7986	7.9125	-2.7519
2	0.0067	-0.0107	-0.0019	0.0108	0.011	0.0025	-0.0485	-0.0998	0.0003	0.1251	0.0294	0.0184	-0.0435	0.032	-0.0001	0.3387	-0.0145	-0.0558	0.6898	-0.1247	0.5012	4.0365	13.8724	15.9529
3	0.0748	-0.0634	-0.0177	0.3197	-0.0816	0.0337	0.0515	0.0011	0.1195	-0.1659	-0.2526	-0.1396	0.2503	0.3457	-0.1275	0.3165	0.1792	0.114	0.6326	0.0512	0.3499	-7.9479	-12.0215	-20.6373
4	0.0086	-0.0005	0.01	-0.0024	0.0002	0.0051	0.0311	0.0488	0.0101	-0.0415	0.0229	0.0212	-0.0532	0.0892	0	0.4565	0.2123	0.1473	0.9334	0.084	0.7771	5.8046	-12.4225	-14.9906
5	0.4322	0.1252	0.0555	0.621	0.0136	0.3111	-0.0314	0.183	0.211	-0.2481	-0.1204	-0.183	0.1517	0.5986	-0.2843	0.1387	0.1555	0.1217	0.5868	0.0191	0.3317	-6.5405	-6.3009	-11.8585
6	0.022	0.0364	-0.028	0.0835	0.0033	0.053	-0.0855	-0.0074	0.2092	0.0941	-0.0389	-0.0092	-0.1273	0.3242	-0.0053	0.225	-0.0227	0.0075	0.7529	0.0332	0.5898	5.1922	9.5317	9.5042
7	0.0985	0.0322	-0.097	0.0556	-0.0464	0.205	0.0274	0.0026	0.2502	0.0299	0.1254	-0.1112	-0.1221	-0.0765	0.0656	0.307	0.0541	-0.0401	0.1956	-0.0585	0.4363	-39.5895	16.5356	-0.932
8	0.2673	0.0273	0.0254	0.0497	-0.0663	0.093	-0.1739	0.0581	0.2156	-0.0185	0.0025	0.0358	0.0566	0.1055	-0.0083	0.245	0.0162	-0.0166	0.2285	0.0192	0.3819	-32.6693	6.8579	-9.4139
9	0.0046	-0.0058	0.0017	0.0027	-0.0021	0.003	-0.058	0.0518	0.0453	-0.0389	0.0148	0.0058	-0.0632	0.0218	0	0.395	-0.1058	-0.0326	0.527	0.1154	0.7729	-19.164	17.8097	-14.5784
10	0.0485	0.0339	0.0875	0.127	0.0636	0.1074	0.0494	0.0505	0.3398	0.0636	-0.041	-0.1881	0.0711	0.328	-0.0101	0.2766	0.0392	0.0452	0.3765	0.0829	0.3619	-22.3936	4.261	-16.4797
11	0.3132	0.0272	-0.2067	0.0321	-0.0233	0.1345	0.0228	0.0782	0.2185	-0.0033	0.0971	-0.139	0.0713	-0.0416	0.0854	0.2951	0.0111	-0.0586	0.1727	-0.0129	0.4458	-41.9092	7.2934	-6.0913
12	0.054	0.0245	0.04	0.0885	0.0128	0.0977	-0.1146	-0.124	0.3475	-0.0134	0.0531	-0.0313	-0.1392	-0.0922	-0.0011	0.3669	0.0276	-0.0623	0.2334	-0.0598	0.5421	-37.9227	22.4087	9.9722
13	0.0508	0.0884	0.0026	0.2248	0.0228	0.0026	0.2568	0.0985	-0.2837	0.097	0.0073	-0.1605	0.1493	0.0253	0.0088	0.4159	0.216	-0.0077	0.6236	0.0762	0.5584	3.5073	-32.3075	6.2566
14	0.0566	0.0722	0.0022	0.1128	0.0116	0.0377	0.0605	-0.0903	-0.1671	0.0512	-0.16	-0.2481	0.0553	0.0226	-0.0531	0.4493	0.323	-0.053	0.6841	0.0588	0.5751	8.1606	-32.693	11.1983
15	0.0991	-0.0053	0.0473	0.0801	0.0039	0.0328	0.0109	0.1136	-0.0852	-0.2157	0.0028	-0.1321	0.2517	0.1272	0.0788	0.5881	0.3422	0.041	0.4236	-0.0892	0.4719	-14.8893	-33.9863	-17.2242
16	0.0573	-0.014	0.0375	0.1494	0.0217	0.0341	0.1173	0.0501	-0.1273	-0.1257	-0.0894	-0.1879	0.0222	0.0209	-0.0183	0.7721	0.3802	-0.0012	0.4142	-0.0868	0.6113	-10.1891	-43.4395	-6.8308
17	0.0977	0.0325	-0.0352	0.044	0.0125	0.09	0.032	-0.0062	-0.1602	-0.3256	-0.1314	-0.0756	0.3024	0.1631	-0.1619	0.713	0.2128	-0.0489	0.2234	-0.1715	0.4042	-23.3096	-34.5935	-15.357
18	0.0073	0.0115	-0.0034	0.0283	0.004	0.0246	0.075	-0.0461	-0.1064	-0.027	0.0355	-0.0385	0.0334	0.0278	0.047	0.3899	0.2173	-0.0678	0.534	0.0688	0.5466	-2.7604	-32.7693	13.4747
19	0.1579	0.1841	0.095	0.1954	0.1064	0.0541	0.0815	0.1283	-0.1084	-0.0168	-0.0408	-0.2557	0.0625	-0.0355	0.1168	0.3819	0.3256	0.1692	0.8236	0.041	0.4869	2.8036	-22.0174	-13.1875
20	0.1408	0.0271	-0.035	0.0446	0.0101	0.0387	0.1273	-0.0968	-0.0412	0.0484	-0.058	-0.1774	0.1826	0.2146	-0.0166	0.4342	0.2441	-0.0462	0.7118	0.1094	0.7099	6.7765	-34.8832	15.7832
21	0.2575	0.0723	-0.0253	0.1805	-0.0211	-0.0006	0.2557	-0.158	-0.299	-0.2291	-0.085	-0.0288	0.2129	-0.0229	0.1419	0.8929	0.0902	-0.2627	0.135	0.1333	0.5364	-32.7366	-50.0383	12.6797
22	0.0099	0.0021	-0.0153	0.0006	-0.0072	0.0137	0.0415	0.1048	-0.0669	-0.1742	0.0121	-0.0186	0.1649	-0.0209	0.0001	0.9086	0.0971	-0.118	0.3482	-0.1049	0.5057	-37.1042	-31.3605	-25.7425
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24	0.1817	-0.0793	0.0782	0.2091	0.0286	0.0649	0.3353	-0.1058	-0.4509	-0.2356	-0.1217	-0.0465	0.4715	-0.0751	0.462	0.78	0.1914	-0.2649	-0.1988	0.1365	0.3524	-30.5257	-46.7622	9.0799
25	0.3267	-0.0796	0.1554	0.3051	-0.0731	0.1743	0.0299	-0.0152	0.1147	-0.0942	0.1239	0.0711	0.189	-0.2302	0.0133	0.2461	-0.0736	-0.0693	0.2263	0.0593	0.3177	-55.6006	-13.8548	-2.89
26	0.3869	-0.0283	0.3822	0.1843	-0.0904	0.3019	-0.0127	0.005	0.0815	-0.0582	0.1311	0.0112	0.1454	-0.1759	0.0491	0.2744	-0.0457	-0.0464	0.2316	0.0375	0.2793	-52.8187	-13.3865	-2.4494
27	0.1365	-0.0069	-0.0197	0.2331	0.0286	0.0065	-0.0458	0.2467	-0.4231	-0.1385	0.0757	-0.509	0.0972	0.068	0.1207	0.5765	0.2311	0.3428	0.9507	-0.0951	1.0911	4.3645	-7.2228	71.9575
28	0.0471	0.0078	-0.0046	-0.0016	-0.0023	0.0059	-0.0074	0.2682	-0.219	-0.3852	0.259	-0.1634	0.1491	0.1032	0.5353	1.1057	0.0671	0.527	1.0748	-0.5814	1.0073	-15.4495	-11.6663	53.0467
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43	0.2181	-0.3348	-0.3188	0.7268	0.233	0.8019	0.0239	0.1611	0.3211	-0.3322	0.1115	0.0433	-0.4467	-0.0041	0.0357	0.5271	-0.1658	-0.1463	0.7192	0.2697	0.6746	-57.3878	32.4628	60.4084
44	0.4114	0.0441	0.2315	0.4775	0.0256	0.311	-0.2832	0.159	0.083	-0.2419	0.4265	0.486	0.1899	-0.1737	0.1394	0.4621	-0.2585	-0.1843	0.4506	0.1197	0.0997	-52.5639	12.4087	67.8811
45	0.0153	-0.0172	-0.0277	0.062	-0.0009	0.0256	-0.0051	0.0184	0.4555	0.0727	0.2508	0.1933	-0.072	-0.0159	0.0096	0.4453	-0.0513	-0.0368	0.4605	0.052	0.5774	-39.8541	42.0734	74.6519
46	0.0954	0.0453	0.0335	0.0651	-0.0191	0.0246	-0.109	-0.0522	0.4566	-0.0865	0.2375	0.2115	-0.0837	-0.0055	-0.0181	0.4546	-0.0355	-0.0554	0.4483	-0.0292	0.435	-39.2154	38.6524	80.4868
47	0.4129	-0.2195	0.0631	0.1442	-0.0262	0.151	-0.2555	0.1527	0.3166	-0.3153	0.2762	-0.0305	-0.1802	-0.0155	-0.0717	0.5798	-0.33	0.007	0.5672	0.0973	0.3522	-24.1997	37.1371	58.4663
48	0.0493	-0.0438	0.012	0.0285	-0.0082	0.004	-0.189	-0.0057	0.1068	-0.1297	0.1271	-0.0707	-0.0755	0.0211	-0.0189	0.5525	-0.2058	0.1701	0.6877	-0.0611	0.3293	-15.7219	28.3044	51.456
49	0.0635	-0.0258	0.0359	0.1124	-0.015	0.0256	-0.1973	0.1883	0.2702	-0.3026	0.165	-0.0204	-0.1036	0.0375	-0.002	0.6962	-0.1629	0.0283	0.6387	-0.0745	0.4187	-26.3354	27.9268	67.4718
50	0.3321	-0.1759	-0.2457	0.1458	0.1153	0.168	0.0054	0.179	0.4402	-0.1673	0.3709	0.2243	0.0253	-0.1318	0.4072	0.588	-0.216	-0.1312	0.4644	0.2175	0.4181	-44.8533	33.1939	63.5517
51	0.0736	0.014	0.0346	0.0702	0.023	0.055	0.0006	-0.1586	0.3384	-0.0426	0.0625	0.1221	-0.1136	-0.1379	-0.0016	0.4011	0.0045	-0.001	0.2383	-0.0238	0.5939	-38.0275	44.5638	87.7659

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 19 through 83 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 84 through 110 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 111 through 172 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 173 through 209 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 210 through 381 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 382 through 473 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 19 through 83 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 84 through 161 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 162 through 194 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 195 through 309 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 310 through 381 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 382 through 473 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 19 through 56 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 60 through 110 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 111 through 172 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 173 through 247 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 248 through 309 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 310 through 335 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 336 through 381 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 382 through 473 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 19 through 110 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 111 through 146 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 147 through 309 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 310 through 473 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 19 through 187 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 188 through 473 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 19 through 126 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 127 through 280 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 281 through 473 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'G' and (resid 19 through 126 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'G' and (resid 127 through 262 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'G' and (resid 263 through 324 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'G' and (resid 325 through 473 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'H' and (resid 19 through 56 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'H' and (resid 57 through 110 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'H' and (resid 111 through 172 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'H' and (resid 173 through 209 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'H' and (resid 210 through 280 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'H' and (resid 281 through 324 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'H' and (resid 325 through 381 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'H' and (resid 382 through 473 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'I' and (resid 19 through 161 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'I' and (resid 162 through 187 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'I' and (resid 188 through 473 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'J' and (resid 19 through 83 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'J' and (resid 84 through 126 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'J' and (resid 127 through 247 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'J' and (resid 248 through 280 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'J' and (resid 281 through 324 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'J' and (resid 325 through 381 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'J' and (resid 382 through 473 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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