PDB-6igd: Crystal structure of HPV58/33 chimeric L1 pentamer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6igd

タイトル

Crystal structure of HPV58/33 chimeric L1 pentamer

要素

Major capsid protein L1

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / capsid protein

機能・相同性

機能・相同性情報

T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Human papillomavirus type 58 (パピローマウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Li, Z.H. / Song, S. / He, M.Z. / Gu, Y. / Li, S.W.

資金援助

中国, 6件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China	81701637	中国
National Science Foundation (China)	81701637	中国
National Natural Science Foundation of China	U1705283	中国
National Science Foundation (China)	U1705283	中国
National Natural Science Foundation of China	31670935	中国
National Science Foundation (China)	31670935	中国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Rational design of a triple-type human papillomavirus vaccine by compromising viral-type specificity.
著者: Zhihai Li / Shuo Song / Maozhou He / Daning Wang / Jingjie Shi / Xinlin Liu / Yunbing Li / Xin Chi / Shuangping Wei / Yurou Yang / Zhiping Wang / Jinjin Li / Huilian Qian / Hai Yu / Qingbing ...
要旨: Sequence variability in surface-antigenic sites of pathogenic proteins is an important obstacle in vaccine development. Over 200 distinct genomic sequences have been identified for human ...

履歴

登録	2018年9月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6igd.ent.gz	1.9 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6igd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6igd_validation.pdf.gz	524.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6igd_full_validation.pdf.gz	550.1 KB	表示
XML形式データ	6igd_validation.xml.gz	147.7 KB	表示
CIF形式データ	6igd_validation.cif.gz	203.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/6igd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/6igd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9665C 9666C 9667C 6igcC 6igeC 6igfC 5y9eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6igc-2 6igc-3 6igc-4 6igc-5 6igc-1 6igc-7 6igc-8 6igf-2 5y9e-d 6igc-6 6ige-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (4) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Major capsid protein L1

B: Major capsid protein L1

C: Major capsid protein L1

D: Major capsid protein L1

E: Major capsid protein L1

F: Major capsid protein L1

G: Major capsid protein L1

H: Major capsid protein L1

I: Major capsid protein L1

J: Major capsid protein L1

591 kDa, 10 ポリマー
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1

A: Major capsid protein L1

B: Major capsid protein L1

C: Major capsid protein L1

D: Major capsid protein L1

E: Major capsid protein L1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
296 kDa, 5 ポリマー
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2

F: Major capsid protein L1

G: Major capsid protein L1

H: Major capsid protein L1

I: Major capsid protein L1

J: Major capsid protein L1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
296 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	153.686, 105.833, 154.713
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.55, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Major capsid protein L1 分子量: 59102.191 Da / 分子数: 10 / 変異: S80N, N82T, N84A, V87L, C202S, G378S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human papillomavirus type 58 (パピローマウイルス) 遺伝子: L1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: P26535
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.48 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M potassium thiocyanate, 23% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 169844 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / R_sym value: 0.134 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / Num. unique obs: 8408 / R_sym value: 0.833

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5Y9E

5y9e

解像度: 2.5→40.8 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.25

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2157	8264	4.87 %
R_work	0.182	-	-
obs	0.1837	169768	99.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→40.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	33241	0	0	1420	34661

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	34103
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.669	46265
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.53	20205
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	4942
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	6038

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4935-2.5219	0.3145	256	0.2808	5057	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5219-2.5515	0.2986	288	0.2668	5305	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5515-2.5827	0.3388	306	0.259	5346	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5827-2.6153	0.2856	277	0.2426	5378	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6153-2.6497	0.2786	269	0.2351	5351	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6497-2.686	0.278	296	0.2362	5323	X-RAY DIFFRACTION	100
2.686-2.7244	0.2574	279	0.2271	5377	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7244-2.7651	0.2518	270	0.217	5362	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7651-2.8083	0.2662	284	0.2203	5341	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8083-2.8543	0.2735	232	0.2166	5454	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8543-2.9035	0.266	268	0.2157	5385	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9035-2.9563	0.2486	262	0.2131	5378	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9563-3.0131	0.2673	305	0.2241	5391	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0131-3.0746	0.2738	284	0.2206	5343	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0746-3.1414	0.2476	264	0.1984	5357	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1414-3.2145	0.2321	299	0.2001	5398	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2145-3.2948	0.2369	260	0.193	5400	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2948-3.3839	0.2561	257	0.1949	5379	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3839-3.4834	0.2232	289	0.1802	5367	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4834-3.5958	0.1986	240	0.1687	5470	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5958-3.7242	0.1949	265	0.1645	5402	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7242-3.8732	0.1747	252	0.1574	5413	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8732-4.0493	0.1976	330	0.1538	5364	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0493-4.2626	0.1758	230	0.1395	5462	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2626-4.5294	0.1581	293	0.1371	5423	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5294-4.8785	0.1582	290	0.1277	5376	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8785-5.3685	0.1509	281	0.1358	5459	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3685-6.1431	0.1685	296	0.1604	5406	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1431-7.731	0.2229	247	0.1826	5483	X-RAY DIFFRACTION	99
7.731-40.7901	0.2019	295	0.1883	5562	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0021	-0.0793	-0.0694	0.2146	0.2082	0.1419	0.046	0.0115	0.0766	-0.0065	0.0064	0.014	0.0129	-0.0537	0	0.2684	0.0407	0.0064	0.2749	-0.0091	0.3111	-43.8942	55.3296	-67.3272
2	0.1871	0.0434	-0.0325	0.0558	0.2582	0.1148	0.0573	0.0603	0.0448	-0.0186	0.0343	0.0103	-0.0149	-0.0761	0	0.314	-0.0057	0.0015	0.2642	0.0069	0.3307	-21.8617	46.5073	-87.6994
3	0.0397	-0.1101	0.129	0.0221	0.0411	-0.0717	-0.0053	0.0474	0.0447	0.0181	0.0291	0.0041	-0.0238	0.0014	-0	0.3039	0.0065	0.0038	0.2915	0.0027	0.2933	-29.0533	44.4825	-81.4136
4	0.7351	-0.2702	-0.2225	0.1319	0.2914	0.1848	0.0741	0.0413	0.1853	0.0066	-0.0442	0.1157	0.0516	-0.0145	0.0007	0.3111	0.0568	0.0418	0.3266	-0.0249	0.4067	-43.4289	58.2305	-60.1444
5	0.3365	0.0655	0.1856	0.0473	0.1736	0.3109	-0.0183	0.0264	-0.0218	0.0014	0.0523	0.0708	0.0716	-0.0466	0	0.3076	-0.0117	-0.0027	0.3166	-0.0018	0.3206	-60.2107	16.6931	-77.6197
6	0.027	0.0377	0.0793	0.0755	0.0889	0.1268	-0.009	-0.1224	-0.0861	-0.2033	-0.0302	0.0619	0.0297	-0.0015	0.0005	0.2588	-0.0133	0.0396	0.4744	-0.0109	0.4052	-68.1712	16.6634	-65.9741
7	-0.0254	-0.1464	-0.0103	0.1035	0.0375	0.1177	-0.0769	-0.0139	0.0104	-0.0462	0.0423	0.0428	0.0973	-0.0009	0	0.2556	-0.0309	-0.0083	0.4089	-0.0145	0.2881	-51.0596	18.4327	-79.0414
8	-0.0031	0.2027	0.0543	0.2011	0.2289	0.0814	0.0074	-0.0239	-0.0801	-0.081	0.0747	-0.0204	-0.0242	0.0105	-0.0001	0.3158	0.007	-0.0097	0.3743	-0.0051	0.3155	-35.5743	29.0765	-97.4383
9	0.0612	0.0853	-0.0144	0.1776	-0.0286	0.0241	0.0521	0.2037	-0.019	0.0894	0.0032	-0.0195	0.0472	-0.2168	-0.0003	0.304	0.0642	0.0054	0.4412	-0.0092	0.4074	-53.4006	35.005	-87.0956
10	-0.0988	0.0851	-0.0606	0.0681	0.028	0.1316	-0.0087	0.0734	0.0223	0.0272	0.0208	0.0294	0.0019	-0.0614	-0	0.24	0.0091	0.0036	0.2943	-0.0117	0.2823	-45.8636	24.4873	-84.9813
11	0.2269	0.1437	-0.4945	0.2925	-0.2908	0.3771	-0.0547	0.0891	0.0209	0.0484	0.0404	0.0004	0.1905	-0.2579	0	0.258	0.0102	0.0104	0.39	0.001	0.3679	-66.6503	19.9426	-65.1725
12	0.0325	-0.0131	0.0972	0.0801	-0.0541	0.0682	0.0012	-0.0403	-0.0206	-0.0195	0.0231	-0.097	-0.0559	-0.0341	0	0.325	-0.0197	-0.0073	0.3239	-0.0348	0.3156	-2.4657	48.7056	-58.135
13	-0.0054	-0.2959	0.1005	0.2197	-0.107	0.0511	0.0038	-0.0113	0.0173	-0.0363	-0.0462	0.01	-0.0388	0.0102	0	0.2852	-0.0184	0.0029	0.3621	-0.0027	0.3022	-3.8522	29.6335	-86.147
14	0.0385	-0.1122	-0.0464	0.2482	0.2383	0.102	-0.0578	0.1672	0.0257	0.0718	0.0979	-0.0096	-0.1115	0.1357	-0.0001	0.2588	0.0003	0.014	0.3407	-0.0134	0.2846	6.6362	30.945	-80.0877
15	-0.0814	0.0773	0.0426	0.1138	0.0312	0.0419	0.0099	0.0141	0.0106	0.0058	0.0088	-0.0409	-0.0188	0.0112	-0	0.2919	-0.0004	-0.0008	0.3097	-0.0091	0.2938	-4.7518	38.238	-68.0739
16	-0.0468	-0.1037	0.2055	0.1258	-0.3291	0.2512	-0.0204	0.1234	-0.0054	0.107	0.0305	-0.0004	-0.1028	-0.161	-0	0.3651	0.0328	-0.0031	0.3652	-0.0274	0.2576	2.3449	7.4038	-59.3252
17	0.1029	-0.019	-0.2174	-0.0221	0.0961	0.0977	0.01	0.0259	-0.0307	0.0132	0.0112	0.0415	-0.0396	0.1339	-0	0.3177	0.0412	-0.0215	0.3233	0.019	0.3114	6.099	5.7399	-54.9902
18	-0.0119	0.0529	0.0494	0.0579	0.0585	0.033	-0.1343	0.113	0.0873	-0.0416	0.1082	0.1116	-0.0791	0.2208	-0.0002	0.2931	0.0012	0.0208	0.3429	-0.0689	0.2844	-11.1323	9.7944	-96.9269
19	0.1837	-0.0281	0.1398	0.0868	-0.0104	0.0843	0.0348	0.0473	-0.0399	0.0876	-0.0342	0.022	-0.0185	0.0703	0	0.3054	0.0358	0.0091	0.2683	-0.0281	0.3524	-7.8182	4.2224	-74.2024
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
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5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 20 through 66 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 67 through 96 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 97 through 126 )
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9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 162 through 209 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 210 through 381 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 382 through 473 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 20 through 111 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 112 through 172 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 173 through 228 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 229 through 473 )
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17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 57 through 110 )
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19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 147 through 172 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 173 through 209 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 210 through 312 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 313 through 338 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 339 through 381 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 382 through 442 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 443 through 473 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 20 through 126 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 127 through 187 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 188 through 381 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 382 through 473 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 20 through 110 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 111 through 146 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 147 through 262 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 263 through 473 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'G' and (resid 20 through 126 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 127 through 161 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'G' and (resid 162 through 194 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'G' and (resid 195 through 272 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'G' and (resid 273 through 312 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'G' and (resid 313 through 338 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'G' and (resid 339 through 381 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'G' and (resid 382 through 442 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'G' and (resid 443 through 473 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'H' and (resid 20 through 111 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'H' and (resid 112 through 172 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'H' and (resid 173 through 209 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'H' and (resid 210 through 381 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'H' and (resid 382 through 442 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'H' and (resid 443 through 473 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'I' and (resid 20 through 83 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'I' and (resid 84 through 146 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'I' and (resid 147 through 209 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'I' and (resid 210 through 381 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'I' and (resid 382 through 473 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'J' and (resid 20 through 126 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'J' and (resid 127 through 187 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'J' and (resid 188 through 473 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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