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万見
- PDB-6ig4: Structure of mitochondrial CDP-DAG synthase Tam41, delta 74 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ig4
タイトルStructure of mitochondrial CDP-DAG synthase Tam41, delta 74
要素Phosphatidate cytidylyltransferase, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / mitochondrial inner membrane / CDP-Diacylglycerol synthase / NTase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidate cytidylyltransferase / phosphatidate cytidylyltransferase activity / extrinsic component of mitochondrial inner membrane / CDP-diacylglycerol biosynthetic process / cardiolipin biosynthetic process / cardiolipin binding / phosphatidic acid binding / mitochondrial membrane organization / mitochondrial matrix / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Phosphatidate cytidylyltransferase, mitochondrial / Phosphatidate cytidylyltransferase, mitochondrial
類似検索 - ドメイン・相同性
tetracyanoplatinate(II) / : / Phosphatidate cytidylyltransferase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.261 Å
データ登録者Jiao, H.Z. / Yin, Y. / Liu, Z.F.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31670749 中国
Chinese Academy of SciencesXDB08020302 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Structures of the Mitochondrial CDP-DAG Synthase Tam41 Suggest a Potential Lipid Substrate Pathway from Membrane to the Active Site.
著者: Jiao, H. / Yin, Y. / Liu, Z.
履歴
登録2018年9月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidate cytidylyltransferase, mitochondrial
B: Phosphatidate cytidylyltransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,12912
ポリマ－71,8662
非ポリマー2,26310
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3200 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area25190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.069, 116.538, 108.548
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-402-

PT

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidate cytidylyltransferase, mitochondrial / CDP-diacylglycerol synthase / CDP-DAG synthase / Mitochondrial translocator assembly and ...CDP-diacylglycerol synthase / CDP-DAG synthase / Mitochondrial translocator assembly and maintenance protein 41 homolog / TAM41


分子量: 35932.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: tam41, SPBC1A4.06c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O74339, phosphatidate cytidylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-3G0 / tetracyanoplatinate(II) / [Pt(CN)4]2-


分子量: 299.148 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4N4Pt
#3: 化合物
ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION


分子量: 195.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.75 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 15% Tacsimate, pH 7.0, 20 mM CdCl2, 10 mM K2Pt(CN)4

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データ収集

回折平均測定温度: 173.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→50 Å / Num. obs: 32658 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 2.26→2.3 Å / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.468 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique obs: 1605 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.261→34.677 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.43
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2201 1649 5.06 %Random selection
Rwork0.1813 ---
obs0.1833 32582 99.67 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.261→34.677 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4477 0 34 266 4777
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114605
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1266229
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1551696
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067681
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009795
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2605-2.3270.29091320.21332495X-RAY DIFFRACTION98
2.327-2.40210.26441440.20382539X-RAY DIFFRACTION100
2.4021-2.4880.28051270.19172587X-RAY DIFFRACTION100
2.488-2.58750.29951430.19762541X-RAY DIFFRACTION100
2.5875-2.70530.27471460.1972538X-RAY DIFFRACTION100
2.7053-2.84780.2471390.19462578X-RAY DIFFRACTION100
2.8478-3.02620.2321230.18532569X-RAY DIFFRACTION100
3.0262-3.25970.24521340.18052583X-RAY DIFFRACTION100
3.2597-3.58740.20441230.17092603X-RAY DIFFRACTION100
3.5874-4.10580.20841440.16352597X-RAY DIFFRACTION100
4.1058-5.17010.17481530.15292620X-RAY DIFFRACTION100
5.1701-34.68080.17851410.20092683X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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