PDB-6ifj: Structure of bispecific Fc

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ifj

タイトル

Structure of bispecific Fc

要素

(Immunoglobulin gamma-1 heavy ...) x 2
13-mer peptide

キーワード

IMMUNE SYSTEM

機能・相同性

機能・相同性情報

immunoglobulin complex / adaptive immune response / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Qian, X. / Lescar, J. / Sasisekahran, R.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of bsfc at 2.4 Angstroms resolution
著者: Qian, X. / Lescar, J.

履歴

登録	2018年9月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_mod_residue.auth_asym_id / _pdbx_struct_mod_residue.auth_seq_id / _pdbx_struct_mod_residue.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ifj.cif.gz	216.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ifj.ent.gz	170.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ifj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ifj_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ifj_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6ifj_validation.xml.gz	23.3 KB	表示
CIF形式データ	6ifj_validation.cif.gz	33.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/6ifj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/6ifj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4byhS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1dn2-d 6n9t-d 5dj8-d 5dj0-d 6iqg-d 5nsc-d 5djd-d 5djc-1 5dj2-d 5djy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (2) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

B: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

C: 13-mer peptide

D: 13-mer peptide

ヘテロ分子

58.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.660, 67.260, 78.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.23, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体	Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain NIE 分子量: 26154.666 Da / 分子数: 1 / 変異: E357K,K409R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOX5
#2: 抗体	Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain NIE 分子量: 26126.520 Da / 分子数: 1 / 変異: K370E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOX5

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 4分子 CD

#3: タンパク質・ペプチド

13-mer peptide

分子量: 1533.749 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

#4: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1260.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-1-4/a4-b1_a6-g1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e2-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 355分子

#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.91 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1M Hepes, pH7.5, 12%(w/v) polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.954 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→42.11 Å / Num. obs: 23965 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 5.6
反射シェル	解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.45 % / R_merge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 3485 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4byh

4byh

解像度: 2.4→37.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / R_factor R_free error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.305 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.335 / SU R_free Blow DPI: 0.233 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.23

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.231	1228	5.13 %	RANDOM
R_work	0.171	-	-	-
obs	0.174	23949	99.9 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.2438 Å²	0 Å²	-2.682 Å²
2-	-	-4.9463 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.1902 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.4→37.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3560	0	200	350	4110

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	3892	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.2	5327	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1344	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		95	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		526	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		3892	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.4
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.74
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		533	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		4331	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.51 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 12

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.281	152	5.22 %
R_work	0.213	2761	-
all	0.216	2913	-
obs	-	-	99.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0745	-0.3865	-0.2662	0.5648	0.5669	1.0681	0.0215	-0.1565	-0.0911	0.0697	0.0383	-0.1261	-0.017	-0.0184	-0.0598	-0.0685	-0.0072	-0.0161	-0.1705	0.0486	0.0817	26.1837	-0.3999	7.4067
2	0.7647	-0.2923	0.2958	0.4504	-0.6602	0.9658	-0.0029	-0.1974	0.098	0.1348	0.0132	0.1608	0.0113	-0.0297	-0.0103	-0.0899	0.0039	-0.0954	-0.1589	-0.0441	0.1421	3.9561	17.1821	6.6725
3	1.6158	-0.6528	-0.4011	1.8899	1.001	-0.3704	-0.0655	-0.2072	-0.0294	0.0661	0.0859	0.0068	0.1968	0.0507	-0.0204	-0.0415	0.06	0.0439	-0.0888	0.0845	0.1354	36.9711	-7.3208	20.8873
4	0.0971	-2.4583	1.5903	1.5377	-1.2078	0.9176	0.0031	-0.066	0.0732	0.0603	-0.0016	-0.053	-0.1696	-0.0686	-0.0015	-0.0843	0.0413	-0.2447	-0.1926	-0.1463	0.1944	-6.8361	24.0898	20.4359

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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