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万見
- PDB-6ieh: Crystal structures of the hMTR4-NRDE2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ieh
タイトルCrystal structures of the hMTR4-NRDE2 complex
要素
  • Exosome RNA helicase MTR4
  • Protein NRDE2 homolog
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA helicase / MTR4 / NRDE2 / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of RNA catabolic process / snRNA catabolic process / TRAMP complex / positive regulation of RNA export from nucleus / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / mRNA stabilization / RNA catabolic process / maturation of 5.8S rRNA / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / catalytic step 2 spliceosome ...negative regulation of RNA catabolic process / snRNA catabolic process / TRAMP complex / positive regulation of RNA export from nucleus / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / mRNA stabilization / RNA catabolic process / maturation of 5.8S rRNA / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / RNA splicing / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / rRNA processing / mitotic cell cycle / RNA helicase activity / nuclear speck / RNA helicase / cell division / DNA damage response / nucleolus / ATP hydrolysis activity / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
siRNA-mediated silencing protein NRDE-2 / NRDE-2, necessary for RNA interference / rRNA-processing arch domain / Mtr4-like, beta-barrel domain / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / ATP-dependent RNA helicase Ski2-like / : / DSHCT (NUC185) domain / Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk / DSHCT ...siRNA-mediated silencing protein NRDE-2 / NRDE-2, necessary for RNA interference / rRNA-processing arch domain / Mtr4-like, beta-barrel domain / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / ATP-dependent RNA helicase Ski2-like / : / DSHCT (NUC185) domain / Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk / DSHCT / : / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Exosome RNA helicase MTR4 / Nuclear exosome regulator NRDE2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.892 Å
データ登録者Chen, J.Y. / Yun, C.H.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2019
タイトル: NRDE2 negatively regulates exosome functions by inhibiting MTR4 recruitment and exosome interaction.
著者: Wang, J. / Chen, J. / Wu, G. / Zhang, H. / Du, X. / Chen, S. / Zhang, L. / Wang, K. / Fan, J. / Gao, S. / Wu, X. / Zhang, S. / Kuai, B. / Zhao, P. / Chi, B. / Wang, L. / Li, G. / Wong, C.C.L. ...著者: Wang, J. / Chen, J. / Wu, G. / Zhang, H. / Du, X. / Chen, S. / Zhang, L. / Wang, K. / Fan, J. / Gao, S. / Wu, X. / Zhang, S. / Kuai, B. / Zhao, P. / Chi, B. / Wang, L. / Li, G. / Wong, C.C.L. / Zhou, Y. / Li, J. / Yun, C. / Cheng, H.
履歴
登録2018年9月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Exosome RNA helicase MTR4
A: Protein NRDE2 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,6184
ポリマ－123,0752
非ポリマー5432
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8500 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area43180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.305, 113.728, 80.717
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.49, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Exosome RNA helicase MTR4 / ATP-dependent RNA helicase DOB1 / ATP-dependent RNA helicase SKIV2L2 / Superkiller viralicidic ...ATP-dependent RNA helicase DOB1 / ATP-dependent RNA helicase SKIV2L2 / Superkiller viralicidic activity 2-like 2 / TRAMP-like complex helicase


分子量: 111188.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTREX, DOB1, KIAA0052, MTR4, SKIV2L2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P42285, RNA helicase
#2: タンパク質 Protein NRDE2 homolog


分子量: 11886.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NRDE2, C14orf102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H7Z3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.91 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50 mM Glycine pH 9.0, 100 mM NaCl, 33% (w/v) polyethylene glycol 300 (PEG 300)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97893 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97893 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→50 Å / Num. obs: 29469 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.2 % / Rpim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.9→3.05 Å / Num. unique obs: 4141 / Rpim(I) all: 0.369

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U4C

4u4c


解像度: 2.892→40.1 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2522 1496 5.09 %
Rwork0.2355 --
obs0.2364 29379 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.892→40.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7583 0 32 32 7647
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0367763
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.38210549
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.4642771
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.2021228
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0141356
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8917-2.9850.35681250.34282518X-RAY DIFFRACTION98
2.985-3.09170.36551410.33692520X-RAY DIFFRACTION98
3.0917-3.21540.32171480.31632515X-RAY DIFFRACTION99
3.2154-3.36170.29261380.27322506X-RAY DIFFRACTION99
3.3617-3.53880.27411410.24592521X-RAY DIFFRACTION99
3.5388-3.76040.26691280.24722545X-RAY DIFFRACTION99
3.7604-4.05050.23771300.21992564X-RAY DIFFRACTION99
4.0505-4.45760.21651400.19452546X-RAY DIFFRACTION99
4.4576-5.10150.20051320.1922552X-RAY DIFFRACTION99
5.1015-6.42310.25931340.23232571X-RAY DIFFRACTION99
6.4231-40.10350.20161390.20662525X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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