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- PDB-6ie4: Crystal structure of ADCP1 tandem Agenet domain 1-2 in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ie4
タイトルCrystal structure of ADCP1 tandem Agenet domain 1-2 in complex with H3K9me1
要素
  • Agenet domain-containing protein
  • H3K9me1 peptide
キーワードTRANSLATION / Agenet domain
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / : / histone reader activity / chromosome, centromeric region / heterochromatin / histone binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Agenet domain, plant type / Tudor-like domain present in plant sequences. / Agenet-like domain / Agenet domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein AGENET DOMAIN (AGD)-CONTAINING P1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.696 Å
データ登録者Zhao, S. / Zhang, B. / Li, H.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2019
タイトル: ADCP1-tandem Agenet domain 1-2 in complex wit h H3K9me2
著者: Zhao, S. / Zhang, B. / Li, H.
履歴
登録2018年9月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Agenet domain-containing protein
B: H3K9me1 peptide
C: Agenet domain-containing protein
D: H3K9me1 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4984
ポリマ－37,4984
非ポリマー00
水64936
1
A: Agenet domain-containing protein
B: H3K9me1 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7492
ポリマ－18,7492
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1430 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area8690 Å2
手法PISA
2
C: Agenet domain-containing protein
D: H3K9me1 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7492
ポリマ－18,7492
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area8660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.515, 67.529, 116.679
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Agenet domain-containing protein / At1g09320


分子量: 17484.787 Da / 分子数: 2 / 断片: Agenet domain, UNP residues 31-177 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ADCP1 / プラスミド: pGEX6p / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q500V5
#2: タンパク質・ペプチド H3K9me1 peptide


分子量: 1264.455 Da / 分子数: 2 / 断片: H3 peptide 1-15, K9 dimethylation / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized H3K9me1 peptide
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.13 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M Ammonium acetate, 30% PEG 4000, 0.1M Sodium acetate pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.696→50 Å / Num. obs: 9743 / % possible obs: 89.1 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 0.907 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.7-2.752.50.2958080.8950.2090.3630.48291.9
2.75-2.82.60.267420.9250.1830.320.45892.1
2.8-2.852.50.2437940.9060.1730.30.52692.1
2.85-2.912.50.2097830.9320.1480.2580.52492.2
2.91-2.972.50.1767870.950.1250.2170.52491.2
2.97-3.042.60.1497490.9720.1060.1830.5491.5
3.04-3.122.50.127690.9830.0850.1480.52691.2
3.12-3.22.50.1137660.9770.0820.1410.67788.5
3.2-3.32.50.0957470.9840.0670.1170.82390.1
3.3-3.42.50.0757520.9910.0520.0910.78388
3.4-3.522.50.0767420.9920.0550.0940.94987.1
3.52-3.662.30.0666700.9940.050.0831.06680.7
3.66-3.832.50.0687750.9920.0480.0841.04588.8
3.83-4.032.60.067670.9940.0410.0731.11992.4
4.03-4.292.60.0527920.9940.0360.0631.3291.6
4.29-4.622.60.0497720.9950.0340.061.50390.1
4.62-5.082.60.0497660.9920.0340.061.30290.9
5.08-5.812.60.057540.9930.0350.0621.06488.3
5.81-7.322.50.0456820.9950.0340.0571.22879
7.32-502.70.047560.9960.0280.0491.61785.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14rc3_3206: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.696→44.147 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 26.36
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2689 991 10.17 %
Rwork0.2015 --
obs0.2084 9743 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.696→44.147 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2395 0 0 36 2431
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092452
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1363295
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1571472
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066341
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01417
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6957-2.83780.37181380.27641213X-RAY DIFFRACTION99
2.8378-3.01550.33051300.24491215X-RAY DIFFRACTION99
3.0155-3.24830.31751640.22651207X-RAY DIFFRACTION100
3.2483-3.57510.29411370.20691241X-RAY DIFFRACTION100
3.5751-4.09210.25191260.18861255X-RAY DIFFRACTION100
4.0921-5.15430.23191380.16571285X-RAY DIFFRACTION100
5.1543-44.15240.2351580.20341336X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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