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万見
- PDB-6idl: Cryo-EM structure of Immature Dengue virus serotype 3 in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6idl
タイトルCryo-EM structure of Immature Dengue virus serotype 3 in complex with human antibody 1H10 Fab at pH 5.0 (Class II particle)
要素
  • Envelope protein
  • Fab 1H10 heavy chain (V-region)
  • Fab 1H10 light chain (V-region)
  • Premembrane protein
キーワードVIRUS / immature dengue virus / human antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated activation of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Dengue virus 3 (デング熱ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25 Å
データ登録者Wirawan, M. / Fibriansah, G. / Ng, T.S. / Zhang, Q. / Kostyuchenko, V.A. / Shi, J. / Lok, S.M.
資金援助 シンガポール, 米国, 4件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF-NRFI2016-01 シンガポール
Ministry of Education (MoE, Singapore)MOE2012-T3-008 シンガポール
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U54 AI057157 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)K08 AI103038 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Mechanism of Enhanced Immature Dengue Virus Attachment to Endosomal Membrane Induced by prM Antibody.
著者: Melissa Wirawan / Guntur Fibriansah / Jan K Marzinek / Xin Xiang Lim / Thiam-Seng Ng / Adelene Y L Sim / Qian Zhang / Victor A Kostyuchenko / Jian Shi / Scott A Smith / Chandra S Verma / ...著者: Melissa Wirawan / Guntur Fibriansah / Jan K Marzinek / Xin Xiang Lim / Thiam-Seng Ng / Adelene Y L Sim / Qian Zhang / Victor A Kostyuchenko / Jian Shi / Scott A Smith / Chandra S Verma / Ganesh Anand / James E Crowe / Peter J Bond / Shee-Mei Lok /
要旨: Dengue virus (DENV) particles are released from cells in different maturation states. Fully immature DENV (immDENV) is generally non-infectious, but can become infectious when complexed with anti- ...Dengue virus (DENV) particles are released from cells in different maturation states. Fully immature DENV (immDENV) is generally non-infectious, but can become infectious when complexed with anti-precursor membrane (prM) protein antibodies. It is unknown how anti-prM antibody-coated particles can undergo membrane fusion since the prM caps the envelope (E) protein fusion loop. Here, we determined cryoelectron microscopy (cryo-EM) maps of the immDENV:anti-prM complex at different pH values, mimicking the extracellular (pH 8.0) or endosomal (pH 5.0) environments. At pH 5.0, there are two structural classes with fewer antibodies bound than at pH 8.0. These classes may represent different maturation states. Molecular simulations, together with the measured high-affinity pr:antibody interaction (versus the weak pr:E interaction) and also the low pH cryo-EM structures, suggest how antibody:pr complex can dislodge from the E protein at low pH. This exposes the E protein fusion loop enhancing virus interaction with endosomes.
履歴
登録2018年9月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 2.02020年6月3日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / em_entity_assembly ...atom_site / em_entity_assembly / em_entity_assembly_naturalsource / em_entity_assembly_recombinant / em_software / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / struct_ref_seq
Item: _em_entity_assembly.entity_id_list / _em_entity_assembly.name ..._em_entity_assembly.entity_id_list / _em_entity_assembly.name / _em_entity_assembly_naturalsource.id / _em_entity_assembly_naturalsource.strain / _em_entity_assembly_recombinant.id / _em_software.category / _em_software.fitting_id / _em_software.imaging_id / _em_software.name / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 2.12024年3月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9651
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9651
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope protein
B: Envelope protein
C: Envelope protein
E: Premembrane protein
F: Premembrane protein
I: Fab 1H10 heavy chain (V-region)
J: Fab 1H10 light chain (V-region)
M: Fab 1H10 heavy chain (V-region)
N: Fab 1H10 light chain (V-region)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)253,3239
ポリマ－253,3239
非ポリマー00
水00
1
A: Envelope protein
B: Envelope protein
C: Envelope protein
E: Premembrane protein
F: Premembrane protein
I: Fab 1H10 heavy chain (V-region)
J: Fab 1H10 light chain (V-region)
M: Fab 1H10 heavy chain (V-region)
N: Fab 1H10 light chain (V-region)
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,199,409540
ポリマ－15,199,409540
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Envelope protein
B: Envelope protein
C: Envelope protein
E: Premembrane protein
F: Premembrane protein
I: Fab 1H10 heavy chain (V-region)
J: Fab 1H10 light chain (V-region)
M: Fab 1H10 heavy chain (V-region)
N: Fab 1H10 light chain (V-region)
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.27 MDa, 45 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,266,61745
ポリマ－1,266,61745
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Envelope protein
B: Envelope protein
C: Envelope protein
E: Premembrane protein
F: Premembrane protein
I: Fab 1H10 heavy chain (V-region)
J: Fab 1H10 light chain (V-region)
M: Fab 1H10 heavy chain (V-region)
N: Fab 1H10 light chain (V-region)
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.52 MDa, 54 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,519,94154
ポリマ－1,519,94154
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 Envelope protein / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 53682.484 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dengue virus 3 (デング熱ウイルス)
細胞株 (発現宿主): C6/36 / 発現宿主: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) / 参照: UniProt: A9LID6
#2: タンパク質 Premembrane protein / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 18686.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dengue virus 3 (デング熱ウイルス)
細胞株: D3/SG/05K863DK1/2005 / 細胞株 (発現宿主): C6/36 / 発現宿主: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) / 参照: UniProt: A9LID6
#3: 抗体 Fab 1H10 heavy chain (V-region) / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 15319.042 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス)
#4: 抗体 Fab 1H10 light chain (V-region) / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 12132.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Dengue virus 3 in complex with human antibodiesCOMPLEXThe virus was isolated from dengue patient. The immature dengue 3 virus was grown in Aedes Albopictus clone C6/36 cell. The anti-prM antibody 1H10 was generated from EBV-immortalized PBMC that was obtained from dengue patient.all0RECOMBINANT
2envelope protein dengue 3 virusVIRUS#11RECOMBINANT
3precursor membrane protein dengue 3 virusVIRUS#21RECOMBINANT
4Fab of antibody 1H10COMPLEX#3-#41RECOMBINANT
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Dengue virus 3 (デング熱ウイルス)11069
23Dengue virus 3 (デング熱ウイルス)11069
34Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Aedes albopictus (ヒトスジシマカ)7160
23Aedes albopictus (ヒトスジシマカ)7160
34Human herpesvirus 4 (strain B95-8) (ヘルペスウイルス)10377
ウイルスについての詳細
IDEntity assembly-ID中空かエンベロープを持つか単離タイプ
12NOYESSTRAINVIRION
23NOYESSTRAINVIRION
緩衝液pH: 5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 47000 X / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 18 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
4CTFFINDCTF補正
7Oモデルフィッティング
9RELION初期オイラー角割当
10MPSA最終オイラー角割当
11MPSA分類
12MPSA３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 6311
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 3106 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築PDB-ID: 3IYA

3iya


Accession code: 3IYA / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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