[日本語] English
万見
- PDB-6ibh: Copper binding protein from Laetisaria arvalis (LaX325) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ibh
タイトルCopper binding protein from Laetisaria arvalis (LaX325)
要素Auxiliary activity CAZyme
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Auxiliary activity CAZyme
機能・相同性Copper acquisition factor BIM1-like domain / Copper acquisition factor BIM1-like / Copper acquisition factor BIM1-like / side of membrane / extracellular region / plasma membrane / COPPER (II) ION / IMIDAZOLE / Lytic polysaccharide monooxygenase-like protein X325
機能・相同性情報
生物種Laetisaria arvalis (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Frandsen, K.E.H. / Tandrup, T. / Labourel, A. / Haon, M. / Berrin, J.-G. / Lo Leggio, L.
資金援助 デンマーク, フランス, 3件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNF17SA0027704 デンマーク
The Carlsberg FoundationCF16-0673 & CF17-0533 デンマーク
European Communitys Seventh Framework Programmegrant agreement 609398 フランス
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: A fungal family of lytic polysaccharide monooxygenase-like copper proteins.
著者: Labourel, A. / Frandsen, K.E.H. / Zhang, F. / Brouilly, N. / Grisel, S. / Haon, M. / Ciano, L. / Ropartz, D. / Fanuel, M. / Martin, F. / Navarro, D. / Rosso, M.N. / Tandrup, T. / Bissaro, B. ...著者: Labourel, A. / Frandsen, K.E.H. / Zhang, F. / Brouilly, N. / Grisel, S. / Haon, M. / Ciano, L. / Ropartz, D. / Fanuel, M. / Martin, F. / Navarro, D. / Rosso, M.N. / Tandrup, T. / Bissaro, B. / Johansen, K.S. / Zerva, A. / Walton, P.H. / Henrissat, B. / Leggio, L.L. / Berrin, J.G.
履歴
登録2018年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.22020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年3月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_volume ..._chem_comp.type / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Auxiliary activity CAZyme
B: Auxiliary activity CAZyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,95816
ポリマ－33,3282
非ポリマー2,62914
水3,369187
1
A: Auxiliary activity CAZyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9038
ポリマ－16,6641
非ポリマー1,2397
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Auxiliary activity CAZyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0558
ポリマ－16,6641
非ポリマー1,3917
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.940, 67.590, 68.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 148 / Label seq-ID: 1 - 148

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Auxiliary activity CAZyme


分子量: 16664.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Laetisaria arvalis (菌類) / プラスミド: pPICZalphaA / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: A0A4P9I8G4*PLUS
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1:1 ratio of protein:reservoir solution in MRC plates using an Oryx-8 robot. Protein concentration: 13.3 mg/ml Reservoir solution (Morpheus screen #40): 12.5 (w/v)MPD, 12.5 (w/v)PEG1000, 12.5 ...詳細: 1:1 ratio of protein:reservoir solution in MRC plates using an Oryx-8 robot. Protein concentration: 13.3 mg/ml Reservoir solution (Morpheus screen #40): 12.5 (w/v)MPD, 12.5 (w/v)PEG1000, 12.5 (w/v)PEG3350. 20mM 1,6-hexanediol, 20mM 1-butanol, 20mM (RS)1,2-propandiol, 20mM 2-propanol, 20mM 1,4-butandiol, 20mM 1,3-propandiol. 50 mM MES monohydrate pH 6.5, 50 mM imidazole pH 6.5.
PH範囲: 6.5 / Temp details: room

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9799 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月20日
放射モノクロメーター: Si (111), double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9799 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→68.25 Å / Num. obs: 25629 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 11.79
反射 シェル解像度: 1.82→1.87 Å / 冗長度: 6.3 % / Num. unique obs: 1351 / CC1/2: 0.816 / Rrim(I) all: 0.911 / % possible all: 68.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0230精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.82→68.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 3.325 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.128 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20753 1287 5 %RANDOM
Rwork0.16711 ---
obs0.1691 24384 94.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 37.953 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å2-0 Å2-2.69 Å2
2--2.11 Å2-0 Å2
3----1.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.82→68.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2240 0 161 187 2588
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0142533
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0182045
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3861.6233472
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9391.614803
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg15.8445.19316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.80824.524126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.97715310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.939158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023151
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02504
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.933.6741222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9283.6711221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9115.5051529
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.915.5081530
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7984.1291311
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7974.1311312
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.5556.0871941
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.5745.572678
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.56945.5722679
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4602 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.817→1.864 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 72 -
Rwork0.339 1262 -
obs--68.17 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る