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- PDB-6iak: The crystal structure of the chicken CREB3 bZIP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iak
タイトルThe crystal structure of the chicken CREB3 bZIP
要素Uncharacterized protein
キーワードTRANSCRIPTION / CREB3 / bZIP / crystallographic structure / homodimeric bZIP unbound to DNA.
機能・相同性
機能・相同性情報


: / CREB3 factors activate genes / cAMP response element binding / positive regulation of monocyte chemotaxis / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum ...: / CREB3 factors activate genes / cAMP response element binding / positive regulation of monocyte chemotaxis / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
cAMP-responsive element-binding protein 3 / bZIP transcription factor / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BZIP domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.95 Å
データ登録者Sabaratnam, K. / Renner, M.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2019
タイトル: Insights from the crystal structure of the chicken CREB3 bZIP suggest that members of the CREB3 subfamily transcription factors may be activated in response to oxidative stress.
著者: Sabaratnam, K. / Renner, M. / Paesen, G. / Harlos, K. / Nair, V. / Owens, R.J. / Grimes, J.M.
履歴
登録2018年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
E: Uncharacterized protein
F: Uncharacterized protein
G: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)341,5467
ポリマ－341,5467
非ポリマー00
水00
1
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,5852
ポリマ－97,5852
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area11320 Å2
手法PISA
2
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,5852
ポリマ－97,5852
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2140 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area10450 Å2
手法PISA
3
E: Uncharacterized protein
F: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,5852
ポリマ－97,5852
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area11860 Å2
手法PISA
4
G: Uncharacterized protein

G: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,5852
ポリマ－97,5852
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_755-x+2,y,-z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area6730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.900, 167.060, 115.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222

-
要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein


分子量: 48792.289 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: CREB3 / プラスミド: pOPINF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) pLysS / 参照: UniProt: F1P542
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶溶媒含有率: 85 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 50% v/v 2-Methyl-2,4- pentanediol (MPD), 100mM Tri-sodium citrate pH 5.6, 10mM Magnesium chloride (MORPHEUS screen)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.95→51.64 Å / Num. obs: 12046 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 114.77 Å2 / CC1/2: 0.93 / Rmerge(I) obs: 0.3 / Net I/σ(I): 3.3
反射 シェル解像度: 3.95→4.09 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.8 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 887 / CC1/2: 0.76 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.95→51.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.631
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3 605 5.03 %RANDOM
Rwork0.261 ---
obs0.263 12028 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 158.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.214 Å20 Å20 Å2
2---5.6372 Å20 Å2
3---9.8513 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.7 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.95→51.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3563 0 0 0 3563
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0153574HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.674729HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1512SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes611HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3574HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.55
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion27.65
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion442SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4296SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.95→4 Å / Total num. of bins used: 30
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3977 -3.49 %
Rwork0.2946 387 -
all0.2985 401 -
obs--99.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9044-5.82081.97848.2001-2.02392.822-0.2387-0.1649-0.2562-0.00020.357-0.1762-0.2391-0.2896-0.11840.60790.16090.03430.2051-0.0936-0.4434142.829193.21929.5424
21.9604-5.6002-1.294816.00233.54342.42370.2025-0.0077-0.0131-0.90020.1252-0.5238-0.26740.4771-0.32770.01620.20940.00090.29380.1454-0.5712146.87188.89435.086
35.92853.6812-3.78670-0.64411.829-0.39550.81880.6992-0.46820.44030.1716-1.0616-0.2851-0.04480.60790.2971-0.28310.46830.1258-0.6079126.373200.40813.6385
415.52592.5463.507800.6624.5088-0.0003-0.3671-0.1101-0.4836-0.17220.26610.27010.36720.17250.44750.22160.125-0.3733-0.0243-0.4996129.315197.74120.1343
59.49095.1464-0.5672.97361.00810.7102-0.12120.50660.5595-0.37640.16940.0083-0.29570.1368-0.04820.3744-0.1149-0.0120.1874-0.0242-0.5607144.62206.58753.8182
67.08315.82081.81087.37432.56691.71340.29530.68280.38310.20260.1171-0.4278-0.40450.6499-0.41240.49740.07810.15250.39010.1818-0.4867141.627206.65645.0905
72.28420.63640.185612.05692.337816.63090.0178-0.0953-0.2374-0.75820.12410.83-1.0885-1.0885-0.14180.60790.3040.06520.10540.0084-0.6079135.033201.7475.18
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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