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- PDB-6iai: StoD is a novel Salmonella Typhi type III secretion system E3 ubi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iai
タイトルStoD is a novel Salmonella Typhi type III secretion system E3 ubiquitin ligase effector
要素Protein of uncharacterized function (DUF1076)
キーワードPROTEIN BINDING / salmonella T3SS effector ubiquitin ligase
機能・相同性Effector protein NleG / Effector protein NleG superfamily / Effector protein NleG / biological process involved in symbiotic interaction / ubiquitin-protein transferase activity / DUF1076 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Salmonella typhi (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者McDowell, M.A. / Lea, S.M.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust100298/Z/12/Z 英国
Wellcome Trust107057/Z/15/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K001515/1 英国
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2019
タイトル: The S . Typhi effector StoD is an E3/E4 ubiquitin ligase which binds K48- and K63-linked diubiquitin.
著者: McDowell, M.A. / Byrne, A.M. / Mylona, E. / Johnson, R. / Sagfors, A. / Crepin, V.F. / Lea, S. / Frankel, G.
履歴
登録2018年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Protein of uncharacterized function (DUF1076)
B: Protein of uncharacterized function (DUF1076)
C: Protein of uncharacterized function (DUF1076)
D: Protein of uncharacterized function (DUF1076)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5864
ポリマ－55,5864
非ポリマー00
水63135
1
A: Protein of uncharacterized function (DUF1076)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8971
ポリマ－13,8971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein of uncharacterized function (DUF1076)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8971
ポリマ－13,8971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Protein of uncharacterized function (DUF1076)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8971
ポリマ－13,8971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Protein of uncharacterized function (DUF1076)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8971
ポリマ－13,8971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.960, 92.960, 156.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質
Protein of uncharacterized function (DUF1076) / StoD


分子量: 13896.517 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhi (サルモネラ菌)
遺伝子: STY1076, STY1076, t1865, NCTC8385_01041 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Z7T2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.43 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 60% 0.9 M Na malonate, 0.5% Jeffamine, 0.1M HEPES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月23日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→34.65 Å / Num. obs: 23299 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 26.1 % / Biso Wilson estimate: 61.89 Å2 / Net I/σ(I): 30.8
反射 シェル解像度: 2.54→2.61 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
xia2データ削減
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.54→34.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9114 / SU R Cruickshank DPI: 0.341 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.343 / SU Rfree Blow DPI: 0.24 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.242
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2445 1196 5.14 %RANDOM
Rwork0.2158 ---
obs0.2173 23254 99.86 %-
原子変位パラメータBiso mean: 54.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.4995 Å20 Å20 Å2
2--6.4995 Å20 Å2
3----12.9989 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.365 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.54→34.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3495 0 0 35 3530
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013550HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.154779HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1317SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes111HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes520HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3550HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.28
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.01
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion459SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3876SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.54→2.65 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2997 149 5.35 %
Rwork0.2523 2637 -
all0.2548 2786 -
obs--99.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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