PDB-6ia5: Crystal Structure Analysis of Bacillus subtilis 168 XepA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ia5

タイトル

Crystal Structure Analysis of Bacillus subtilis 168 XepA

要素

Phage-like element PBSX protein XepA

キーワード

VIRAL PROTEIN / lytic system / prophage / CM binding / pentamer

機能・相同性

ACETATE ION / Phage-like element PBSX protein XepA

機能・相同性情報

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Freitag-Pohl, S. / Pohl, E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of the Bacillus subtilis prophage lytic cassette proteins XepA and YomS.
著者: Freitag-Pohl, S. / Jasilionis, A. / Hakansson, M. / Svensson, L.A. / Kovacic, R. / Welin, M. / Watzlawick, H. / Wang, L. / Altenbuchner, J. / Plotka, M. / Kaczorowska, A.K. / Kaczorowski, T. ...

履歴

登録	2018年11月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ia5.cif.gz	303.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ia5.ent.gz	244.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ia5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/6ia5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/6ia5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6i56SC 6i5oC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6i56-d 5wdg-d 1ozf-d 1dhk-1 6nq3-2 5d6r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

D: Phage-like element PBSX protein XepA

A: Phage-like element PBSX protein XepA

C: Phage-like element PBSX protein XepA

B: Phage-like element PBSX protein XepA

E: Phage-like element PBSX protein XepA

ヘテロ分子

154 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.612, 126.028, 151.458
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	VAL	VAL	D	A	3 - 278	3 - 278
2	1	LYS	LYS	VAL	VAL	A	B	3 - 278	3 - 278
1	2	LYS	LYS	VAL	VAL	D	A	3 - 278	3 - 278
2	2	LYS	LYS	VAL	VAL	C	C	3 - 278	3 - 278
1	3	LYS	LYS	SER	SER	D	A	3 - 279	3 - 279
2	3	LYS	LYS	SER	SER	B	D	3 - 279	3 - 279
1	4	LYS	LYS	VAL	VAL	D	A	3 - 278	3 - 278
2	4	LYS	LYS	VAL	VAL	E	E	3 - 278	3 - 278
1	5	VAL	VAL	SER	SER	A	B	2 - 279	2 - 279
2	5	VAL	VAL	SER	SER	C	C	2 - 279	2 - 279
1	6	LYS	LYS	VAL	VAL	A	B	3 - 278	3 - 278
2	6	LYS	LYS	VAL	VAL	B	D	3 - 278	3 - 278
1	7	VAL	VAL	VAL	VAL	A	B	2 - 278	2 - 278
2	7	VAL	VAL	VAL	VAL	E	E	2 - 278	2 - 278
1	8	LYS	LYS	VAL	VAL	C	C	3 - 278	3 - 278
2	8	LYS	LYS	VAL	VAL	B	D	3 - 278	3 - 278
1	9	VAL	VAL	VAL	VAL	C	C	2 - 278	2 - 278
2	9	VAL	VAL	VAL	VAL	E	E	2 - 278	2 - 278
1	10	LYS	LYS	VAL	VAL	B	D	3 - 278	3 - 278
2	10	LYS	LYS	VAL	VAL	E	E	3 - 278	3 - 278

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

#1: タンパク質	Phage-like element PBSX protein XepA / Protein XkdY 分子量: 30378.119 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: xepA, xkdY, BSU12780 / プラスミド: pJOE5751 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P39797
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	... ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1026 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.79 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: Mg acetate, KCl, PEG Smear High, MES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97722 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97722 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→96.9 Å / Num. obs: 100269 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 11.2 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.088 / R_pim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 1.88→2.07 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 33451 / CC_1/2: 0.683 / R_pim(I) all: 0.319 / % possible all: 21.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6I56

6i56

解像度: 1.88→96.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 4.051 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21234	5050	5 %	RANDOM
R_work	0.17172	-	-	-
obs	0.17374	95526	70.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.938 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.17 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.06 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.88→96.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10601	0	154	1026	11781

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	11210
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.307	1.644	15209
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.662	5	1468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.705	22.815	540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.441	15	1866
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.455	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	1476
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	8442
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.42	4.009	5657
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.727	5.982	7056
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.513	4.207	5553
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.332	55.013	17388
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	D	8275	0.08
1	2	A	8275	0.08
2	1	D	8256	0.07
2	2	C	8256	0.07
3	1	D	8289	0.07
3	2	B	8289	0.07
4	1	D	8232	0.08
4	2	E	8232	0.08
5	1	A	8331	0.08
5	2	C	8331	0.08
6	1	A	8260	0.07
6	2	B	8260	0.07
7	1	A	8255	0.07
7	2	E	8255	0.07
8	1	C	8178	0.06
8	2	B	8178	0.06
9	1	C	8201	0.07
9	2	E	8201	0.07
10	1	B	8231	0.08
10	2	E	8231	0.08

LS精密化シェル

解像度: 1.877→1.926 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.312	10	-
R_work	0.312	219	-
obs	-	-	2.21 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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