PDB-6i9w: Crystal structure of the halohydrin dehalogenase HheG T123G mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6i9w

タイトル

Crystal structure of the halohydrin dehalogenase HheG T123G mutant

要素

Putative oxidoreductase

キーワード

LYASE / halohydrin dehalogenase

機能・相同性

: / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / oxidoreductase activity / NAD(P)-binding domain superfamily / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / Putative oxidoreductase / Putative oxidoreductase

機能・相同性情報

生物種

Ilumatobacter coccineus YM16-304 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Kluenemann, T. / Blankenfeldt, W. / Schallmey, A.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Position 123 of halohydrin dehalogenase HheG plays an important role in stability, activity, and enantioselectivity.
著者: Solarczek, J. / Klunemann, T. / Brandt, F. / Schrepfer, P. / Wolter, M. / Jacob, C.R. / Blankenfeldt, W. / Schallmey, A.

履歴

登録	2018年11月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6i9w.cif.gz	574.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6i9w.ent.gz	482.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6i9w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6i9w_validation.pdf.gz	455.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6i9w_full_validation.pdf.gz	460.6 KB	表示
XML形式データ	6i9w_validation.xml.gz	44.8 KB	表示
CIF形式データ	6i9w_validation.cif.gz	66.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/6i9w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/6i9w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6i9uC 6i9vC 5o30S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5o30-2 6i9u-1 6i9u-4 6i9v-2 6i9v-1 6i9u-3 6i9u-2 5o30-1 5o30-3 5o30-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative oxidoreductase

B: Putative oxidoreductase

C: Putative oxidoreductase

D: Putative oxidoreductase

ヘテロ分子

110 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.613, 107.422, 67.244
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.970, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Putative oxidoreductase 分子量: 27368.002 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ilumatobacter coccineus YM16-304 (バクテリア) 遺伝子: YM304_35350 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: M5A5Y8, UniProt: A0A6C7EF96*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル分子量: 90.121 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 835 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.9 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris/HCl pH 8.5 25% PEG8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, DESY

/ ビームライン: P11 / 波長: 0.953714 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.953714 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→107.42 Å / Num. obs: 135686 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 15.6 / Num. measured all: 907391 / Scaling rejects: 436

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.55-1.58	6.7	0.496	44690	6656	0.884	0.205	0.537	3.1	98.6
8.49-107.42	7.1	0.024	6214	871	1	0.01	0.026	53.7	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
Aimless	0.7.1	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
DIALS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5o30

5o30

解像度: 1.55→53.711 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 15.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.159	6863	5.06 %
R_work	0.138	128770	-
obs	0.1391	135633	99.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 130.24 Å² / B_iso mean: 25.4128 Å² / B_iso min: 8.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.55→53.711 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7622	0	84	835	8541
B_iso mean	-	-	38.48	31.18	-
残基数	-	-	-	-	1032

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.55-1.5676	0.2194	242	0.2144	4281	99
1.5676-1.5861	0.1985	210	0.207	4213	97
1.5861-1.6054	0.1949	220	0.1985	4272	99
1.6054-1.6257	0.2241	250	0.1953	4188	98
1.6257-1.6471	0.2154	236	0.1906	4266	99
1.6471-1.6697	0.1994	202	0.1834	4257	98
1.6697-1.6935	0.1991	234	0.1739	4257	99
1.6935-1.7188	0.2148	224	0.175	4237	98
1.7188-1.7457	0.2016	213	0.168	4273	99
1.7457-1.7743	0.1908	216	0.1621	4306	99
1.7743-1.8049	0.1566	275	0.1519	4206	98
1.8049-1.8377	0.1573	226	0.1474	4272	99
1.8377-1.8731	0.1634	198	0.1411	4323	99
1.8731-1.9113	0.1554	251	0.1382	4259	99
1.9113-1.9529	0.1647	241	0.1411	4271	99
1.9529-1.9983	0.1591	196	0.138	4299	99
1.9983-2.0483	0.16	241	0.1406	4267	99
2.0483-2.1037	0.1769	221	0.1363	4311	99
2.1037-2.1656	0.1416	237	0.1311	4271	99
2.1656-2.2355	0.1545	188	0.125	4347	99
2.2355-2.3154	0.1345	233	0.1202	4314	100
2.3154-2.4081	0.14	244	0.1231	4291	100
2.4081-2.5177	0.1637	228	0.1254	4331	100
2.5177-2.6504	0.1692	188	0.1218	4371	100
2.6504-2.8164	0.1367	256	0.1307	4313	100
2.8164-3.0339	0.161	235	0.1343	4330	100
3.0339-3.3391	0.1553	197	0.135	4381	100
3.3391-3.8222	0.1404	248	0.1234	4321	100
3.8222-4.8151	0.1353	258	0.113	4335	100
4.8151-53.711	0.1722	255	0.1536	4407	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2156	-0.3178	0.4267	1.1897	0.9901	2.4166	0.1244	0.2424	0.1477	-0.2677	0.0053	-0.4394	-0.131	0.1871	-0.0543	0.123	0.0225	0.0715	0.1398	-0.0184	0.2205	8.0732	-24.4219	-5.8543
2	0.8576	-0.6241	-0.0724	1.4344	0.1879	0.3389	0.1247	0.1428	0.0302	-0.2326	-0.0996	-0.1452	-0.0428	0.0236	-0.0235	0.1242	0.017	0.0223	0.1303	0.0046	0.1036	-6.8047	-16.7993	-5.386
3	1.5204	0.3265	0.1047	1.5861	0.7422	1.0598	-0.0018	0.0438	0.1994	-0.1599	0.0954	-0.3319	-0.1924	0.2159	-0.0499	0.1098	-0.0337	0.0163	0.1358	0.0043	0.1717	2.184	-11.4441	8.0234
4	1.701	0.5578	-0.0775	2.1449	0.03	1.6614	0.0499	0.0452	0.1245	-0.145	-0.0318	0.3228	0.0042	-0.0603	-0.0047	0.1181	0.0217	-0.0478	0.1395	0.0129	0.2047	-38.1873	8.4599	-2.0572
5	5.2827	0.4356	-0.4957	1.5893	-2.4287	3.7186	0.2219	0.7348	-0.5099	-0.7663	-0.0928	0.5862	0.5901	-0.3735	-0.052	0.2967	0.0006	-0.1659	0.2897	-0.0159	0.3677	-46.4151	1.6719	-9.5845
6	2.956	-1.6551	-0.6846	2.561	0.0724	1.2118	0.2004	0.471	0.0789	-0.554	-0.2007	0.1367	0.1655	-0.0541	0.0062	0.2702	0.05	-0.0541	0.2012	0.0299	0.1629	-32.5795	9.309	-12.8088
7	0.6685	-0.5015	-0.011	1.2654	0.0511	0.1908	0.0783	0.0917	0.0009	-0.2015	-0.0903	0.1015	-0.007	-0.0164	0.0155	0.1282	0.0183	-0.0184	0.1269	0.0024	0.1091	-23.3948	-4.9042	-3.9796
8	1.4165	-0.2939	-0.8205	1.5376	-1.0218	1.4358	-0.1054	0.1076	-0.0506	-0.4105	0.0726	0.2097	0.1477	-0.1095	0.0264	0.1129	0.0119	-0.029	0.1098	-0.0047	0.0942	-29.7593	-2.816	2.5678
9	7.6267	4.0987	3.9494	3.673	0.8693	4.0611	0.06	0.6005	-0.4507	-0.9344	0.3556	0.248	0.6715	-0.3073	-0.325	0.4569	-0.1262	-0.1041	0.358	0.0106	0.5639	-42.3801	-21.5855	3.8233
10	0.8818	0.0489	0.252	1.9738	-0.0915	0.648	0.0202	-0.0563	-0.0408	0.0167	0.0206	0.3211	0.0152	-0.123	-0.0408	0.0926	-0.0065	0.0049	0.1343	-0.0001	0.1477	-32.763	-2.5575	9.8075
11	1.7783	-0.5639	0.3295	2.4052	0.2875	2.0841	0.0206	-0.3178	-0.239	0.3235	-0.0155	-0.1092	0.2363	0.0401	0.0035	0.2161	-0.0031	-0.0833	0.2069	0.0667	0.1676	3.0391	-30.5898	31.3207
12	0.6063	-0.2653	-0.0878	0.9536	-0.0798	0.7538	0.0036	-0.1081	-0.0537	0.2257	-0.0162	-0.0405	0.0584	0.004	0.0098	0.1505	-0.0241	-0.0315	0.1312	0.0207	0.0974	-9.174	-20.7343	25.7132
13	2.4242	-0.7372	0.113	1.219	-0.5277	2.1908	-0.0633	-0.3478	0.2051	0.5546	0.0777	0.2843	-0.3236	-0.1197	-0.0156	0.3612	0.0086	0.1488	0.2412	-0.0741	0.2307	-35.7795	10.0678	33.018
14	0.466	-0.3029	0.1758	1.1749	-0.0106	0.5356	-0.0119	-0.1329	0.055	0.2881	-0.0137	0.0982	-0.0398	-0.0414	0.0168	0.1633	-0.0228	0.0355	0.1499	-0.024	0.1023	-24.1894	0.758	26.2295

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 61 )	A	4 - 61
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 62 through 207 )	A	62 - 207
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 208 through 262 )	A	208 - 262
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 4 through 38 )	B	4 - 38
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 39 through 61 )	B	39 - 61
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 62 through 91 )	B	62 - 91
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 92 through 182 )	B	92 - 182
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 183 through 206 )	B	183 - 206
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 207 through 222 )	B	207 - 222
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 223 through 262 )	B	223 - 262
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 6 through 76 )	C	6 - 76
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 77 through 262 )	C	77 - 262
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 6 through 76 )	D	6 - 76
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 77 through 262 )	D	77 - 262

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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