PDB-6i9u: Crystal structure of the halohydrin dehalogenase HheG T123W mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6i9u

タイトル

Crystal structure of the halohydrin dehalogenase HheG T123W mutant

要素

Putative oxidoreductase

キーワード

LYASE / halohydrin dehalogenase

機能・相同性

: / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / oxidoreductase activity / NAD(P)-binding domain superfamily / Putative oxidoreductase / Putative oxidoreductase

機能・相同性情報

生物種

Ilumatobacter coccineus YM16-304 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Kluenemann, T. / Blankenfeldt, W. / Schallmey, A.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Position 123 of halohydrin dehalogenase HheG plays an important role in stability, activity, and enantioselectivity.
著者: Solarczek, J. / Klunemann, T. / Brandt, F. / Schrepfer, P. / Wolter, M. / Jacob, C.R. / Blankenfeldt, W. / Schallmey, A.

履歴

登録	2018年11月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6i9u.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6i9u.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6i9u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6i9u_validation.pdf.gz	479.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6i9u_full_validation.pdf.gz	496.2 KB	表示
XML形式データ	6i9u_validation.xml.gz	86 KB	表示
CIF形式データ	6i9u_validation.cif.gz	117.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/6i9u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/6i9u	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6i9vC 6i9wC 5o30S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6i9w-d 5o30-4 6i9v-1 6i9v-2 5o30-3 5o30-2 5o30-1 6jha-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative oxidoreductase

B: Putative oxidoreductase

C: Putative oxidoreductase

D: Putative oxidoreductase

E: Putative oxidoreductase

F: Putative oxidoreductase

G: Putative oxidoreductase

H: Putative oxidoreductase

I: Putative oxidoreductase

J: Putative oxidoreductase

274 kDa, 10 ポリマー
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1

A: Putative oxidoreductase

B: Putative oxidoreductase

C: Putative oxidoreductase

D: Putative oxidoreductase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Putative oxidoreductase

F: Putative oxidoreductase

E: Putative oxidoreductase

F: Putative oxidoreductase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 4 ポリマー
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3

G: Putative oxidoreductase

H: Putative oxidoreductase

G: Putative oxidoreductase

H: Putative oxidoreductase

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4

I: Putative oxidoreductase

J: Putative oxidoreductase

I: Putative oxidoreductase

J: Putative oxidoreductase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	197.250, 197.250, 197.722
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-376- HOH

#1: タンパク質	Putative oxidoreductase 分子量: 27426.084 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ilumatobacter coccineus YM16-304 (バクテリア) 遺伝子: YM304_35350 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: M5A5Y8, UniProt: A0A6C7EF96*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.77 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 18.3% Glycerol 11.1% PEG4000 0.1M Imidazol pH7.24

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, DESY

/ ビームライン: P11 / 波長: 1.000025 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.000025 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→49.43 Å / Num. obs: 172835 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.1 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 16.4 / Num. measured all: 1980138 / Scaling rejects: 2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.4-2.44	11.2	2.259	95653	8520	0.574	0.702	2.366	1.3	100
13.15-49.43	10.5	0.046	12070	1145	0.998	0.015	0.048	53.8	98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
Aimless	0.7.1	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5O30

5o30

解像度: 2.4→49.342 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2289	8501	4.92 %
R_work	0.2078	164182	-
obs	0.2089	172683	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 250.25 Å² / B_iso mean: 92.1317 Å² / B_iso min: 25.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→49.342 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18938	0	0	428	19366
B_iso mean	-	-	-	75.28	-
残基数	-	-	-	-	2572

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
2.4001-2.4273	0.3164	275	0.3303	5453
2.4273-2.4559	0.3247	247	0.3263	5429
2.4559-2.4858	0.3507	262	0.3269	5455
2.4858-2.5173	0.3261	251	0.3096	5456
2.5173-2.5504	0.285	267	0.2807	5439
2.5504-2.5854	0.2911	264	0.2668	5431
2.5854-2.6223	0.2979	306	0.2657	5370
2.6223-2.6614	0.2791	295	0.2462	5473
2.6614-2.703	0.2523	284	0.258	5428
2.703-2.7473	0.2776	273	0.2651	5445
2.7473-2.7947	0.2812	298	0.2594	5422
2.7947-2.8455	0.2897	311	0.2597	5411
2.8455-2.9002	0.3078	249	0.2574	5488
2.9002-2.9594	0.2799	321	0.254	5357
2.9594-3.0238	0.3061	285	0.2475	5472
3.0238-3.0941	0.2722	254	0.2396	5496
3.0941-3.1715	0.2508	284	0.2214	5448
3.1715-3.2572	0.2257	280	0.2225	5439
3.2572-3.353	0.2496	265	0.2431	5512
3.353-3.4612	0.2497	286	0.2227	5471
3.4612-3.5849	0.2358	293	0.2134	5467
3.5849-3.7284	0.2148	278	0.1993	5491
3.7284-3.898	0.2097	276	0.189	5455
3.898-4.1034	0.1876	270	0.1754	5531
4.1034-4.3604	0.1992	293	0.1736	5482
4.3604-4.6968	0.2024	278	0.1657	5540
4.6968-5.169	0.1917	270	0.1699	5535
5.169-5.9159	0.2201	327	0.1981	5497
5.9159-7.4493	0.2172	314	0.1945	5575
7.4493-49.342	0.1952	345	0.1795	5714

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3667	-0.2223	0.7126	2.3212	-0.7415	2.5652	0.0672	0.1781	0.0412	-0.4706	-0.0919	-0.4565	-0.4011	0.7558	-0.0154	0.7045	-0.1883	0.0394	1.1609	-0.0423	0.3623	125.8054	50.2288	46.6669
2	2.2365	0.4622	1.0534	0.7181	0.5984	1.349	-0.0016	0.4805	0.1744	-0.4747	0.144	-0.4763	-0.8973	1.202	-0.2091	0.9823	-0.3012	0.1944	1.4814	-0.077	0.5544	127.5562	55.6779	38.131
3	3.9717	-3.4044	4.0703	6.7939	-3.8289	4.9191	0.3908	0.813	-0.1985	-1.3157	-0.0904	-0.3282	0.309	1.212	-0.2769	0.6881	-0.0183	0.1026	1.0602	-0.099	0.363	118.4605	43.0382	34.9198
4	0.8544	-0.3349	0.5813	1.2995	-0.9891	1.5748	-0.0096	0.1034	0.0739	0.1319	-0.0501	-0.0892	-0.6613	0.1916	0.0588	0.7391	-0.0331	0.0248	0.8283	-0.0206	0.307	106.72	55.9644	45.1068
5	1.8	-0.5356	0.4981	1.9167	2.043	2.8895	-0.0816	0.2637	0.257	-1.1347	0.1095	-0.3023	-0.8697	0.3911	0.0115	0.8035	-0.1345	0.0694	0.8691	-0.0058	0.2919	113.6803	56.2309	51.5598
6	3.5531	-2.463	1.9207	7.5158	4.4697	6.8331	0.2623	2.363	1.3563	-2.2268	0.2179	-1.1924	-1.4067	0.2784	-0.4692	1.8446	-0.3507	0.285	1.1859	0.0886	0.7546	117.7165	78.8957	53.59
7	1.5815	-0.3065	-0.1661	1.6244	-1.0401	1.0216	0.0582	-0.1228	0.2161	-0.0203	0.0638	-0.1866	-0.6896	0.6481	-0.1344	0.7555	-0.1803	0.0316	0.9221	-0.0337	0.3444	116.5662	56.8767	58.7616
8	3.8689	-1.4318	0.0813	4.3999	1.5363	5.151	0.0401	-0.1233	-0.2654	0.3522	0.3394	-0.4402	0.0755	1.2964	-0.3741	0.5873	-0.0158	-0.0737	1.1213	-0.1096	0.4022	125.214	46.6522	82.1456
9	1.0375	0.1705	-0.1093	1.0229	0.3381	2.6534	0.0095	-0.1541	0.0291	0.0551	0.0393	-0.0965	-0.3711	0.2683	-0.0479	0.6475	-0.0436	-0.0162	0.7964	-0.0211	0.3023	109.6827	54	79.4097
10	2.1835	1.4101	0.6054	4.3356	1.952	0.9277	0.0516	0.0723	-0.1943	0.2734	0.0639	-0.1235	-0.1858	0.3477	-0.0981	0.5307	-0.0187	-0.0119	0.8641	0.0167	0.34	111.6539	42.6693	66.8356
11	1.493	-0.2853	0.2169	1.1912	-1.3703	2.0701	0.141	0.0668	0.3668	0.434	-0.0421	0.2685	-1.0235	-0.9646	-0.0841	1.208	0.4939	0.1248	1.4762	0.0106	0.4894	72.3907	67.4912	82.1619
12	5.469	0.6307	-0.1306	0.5108	0.1614	0.0749	0.1259	-0.6462	-0.1349	0.7083	0.1366	0.3418	-0.56	-1.0347	-0.1652	0.9281	0.2714	0.1685	1.4757	0.08	0.4814	73.8596	54.8211	89.3195
13	1.2927	0.3481	0.5706	1.0799	0.2994	2.3065	-0.0115	-0.1233	0.0781	0.0264	0.0695	0.0362	-0.8126	-0.3532	-0.0593	0.7609	0.1086	0.0237	0.8694	0.0184	0.3198	90.8753	59.8604	79.2446
14	2.0138	0.651	-0.694	2.1295	-2.0391	2.0013	0.4443	-0.176	0.3082	1.0069	-0.3953	0.212	-0.945	-0.4236	-0.0332	1.1473	0.1555	0.1035	1.0622	0.0336	0.375	85.4934	64.3091	72.8852
15	3.7349	2.1159	0.3616	3.7545	-3.9231	6.698	-0.3124	-1.8225	1.1141	2.0288	0.2915	0.7699	-1.0113	0.321	0.0447	2.039	0.2857	0.161	1.0892	-0.0549	0.9026	92.5505	85.9489	70.5242
16	1.2626	0.339	0.1143	1.1934	-0.4792	0.6442	0.1094	0.0435	0.1712	0.039	-0.0023	0.147	-0.9046	-0.8345	-0.107	1.0561	0.3286	0.0656	1.1734	-0.018	0.4301	83.2543	66.0535	65.3689
17	2.7138	0.418	-1.1271	1.8836	-1.1111	2.4824	-0.0819	0.1566	0.0324	-0.1102	0.3974	0.6205	-0.5006	-1.4319	-0.3455	0.872	0.3392	-0.0172	1.556	0.1495	0.4992	70.4133	60.825	42.1334
18	0.8935	-0.8746	-0.9118	2.235	1.5983	1.4035	-0.0264	0.1144	0.4101	-0.5977	0.3859	0.1974	-0.9976	-1.192	-0.2505	1.2352	0.3751	-0.0377	1.324	0.1711	0.4878	79.0741	70.7998	34.6565
19	0.9356	-0.5727	0.1386	1.7413	-0.9248	1.2452	0.0558	0.0681	0.0522	0.0409	0.0373	0.0992	-0.5646	-0.3234	-0.0757	0.7548	0.1334	0.0109	0.874	0.011	0.3345	90.4597	58.3166	45.0425
20	0.9922	-0.4476	-0.4424	3.0151	-1.8524	1.6965	-0.0075	0.1736	-0.0703	-0.7398	0.0419	0.2236	-0.6707	-0.3959	-0.0417	0.9103	0.2016	-0.0333	1.0347	-0.0039	0.3406	83.5932	57.7487	51.4927
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精密化 TLSグループ

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12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 77 through 91 )	C	77 - 91
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 92 through 182 )	C	92 - 182
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 183 through 207 )	C	183 - 207
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 208 through 222 )	C	208 - 222
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 223 through 262 )	C	223 - 262
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 6 through 76 )	D	6 - 76
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 77 through 91 )	D	77 - 91
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 92 through 182 )	D	92 - 182
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 183 through 206 )	D	183 - 206
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 207 through 222 )	D	207 - 222
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 223 through 262 )	D	223 - 262
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 6 through 61 )	E	6 - 61
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 62 through 182 )	E	62 - 182
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 183 through 262 )	E	183 - 262
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 5 through 61 )	F	5 - 61
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 62 through 182 )	F	62 - 182
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 183 through 262 )	F	183 - 262
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'G' and (resid 6 through 37 )	G	6 - 37
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'G' and (resid 38 through 76 )	G	38 - 76
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'G' and (resid 77 through 90 )	G	77 - 90
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'G' and (resid 91 through 113 )	G	91 - 113
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'G' and (resid 114 through 195 )	G	114 - 195
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'G' and (resid 196 through 220 )	G	196 - 220
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 221 through 262 )	G	221 - 262
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'H' and (resid 6 through 19 )	H	6 - 19
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'H' and (resid 20 through 76 )	H	20 - 76
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'H' and (resid 77 through 91 )	H	77 - 91
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'H' and (resid 92 through 113 )	H	92 - 113
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'H' and (resid 114 through 182 )	H	114 - 182
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'H' and (resid 183 through 206 )	H	183 - 206
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'H' and (resid 207 through 222 )	H	207 - 222
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'H' and (resid 223 through 262 )	H	223 - 262
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'I' and (resid 6 through 51 )	I	6 - 51
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'I' and (resid 52 through 90 )	I	52 - 90
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'I' and (resid 91 through 113 )	I	91 - 113
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'I' and (resid 114 through 162 )	I	114 - 162
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'I' and (resid 163 through 184 )	I	163 - 184
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'I' and (resid 185 through 206 )	I	185 - 206
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'I' and (resid 207 through 222 )	I	207 - 222
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52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'J' and (resid 6 through 19 )	J	6 - 19
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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