[日本語] English
万見
- PDB-6i9h: Solution structure of TRIM28 RING domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i9h
タイトルSolution structure of TRIM28 RING domain
要素Transcription intermediary factor 1-beta
キーワードSIGNALING PROTEIN / TRIM / E3 ligase / enzyme / ubiquitin
機能・相同性
機能・相同性情報


convergent extension involved in axis elongation / Krueppel-associated box domain binding / embryonic placenta morphogenesis / suppression of viral release by host / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / genomic imprinting / chromo shadow domain binding / Generic Transcription Pathway / SUMO transferase activity / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation ...convergent extension involved in axis elongation / Krueppel-associated box domain binding / embryonic placenta morphogenesis / suppression of viral release by host / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / genomic imprinting / chromo shadow domain binding / Generic Transcription Pathway / SUMO transferase activity / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / protein sumoylation / epithelial to mesenchymal transition / heterochromatin / embryo implantation / SUMOylation of transcription cofactors / positive regulation of DNA repair / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / promoter-specific chromatin binding / euchromatin / RING-type E3 ubiquitin transferase / RNA polymerase II transcription regulator complex / positive regulation of protein import into nucleus / HCMV Early Events / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / ubiquitin protein ligase activity / chromatin organization / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / protein kinase activity / innate immune response / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription intermediary factor 1-beta / TIF1-beta, RING finger, HC subclass / : / : / zinc-RING finger domain / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger ...Transcription intermediary factor 1-beta / TIF1-beta, RING finger, HC subclass / : / : / zinc-RING finger domain / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Ring finger / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription intermediary factor 1-beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Stevens, R.V. / Esposito, D. / Rittinger, K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
The Francis Crick InstituteFC001142 英国
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2019
タイトル: Characterisation of class VI TRIM RING domains: linking RING activity to C-terminal domain identity.
著者: Stevens, R.V. / Esposito, D. / Rittinger, K.
履歴
登録2018年11月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc / pdbx_nmr_software
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transcription intermediary factor 1-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8063
ポリマ－9,6751
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6420 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)18 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Transcription intermediary factor 1-beta / TIF1-beta / E3 SUMO-protein ligase TRIM28 / KRAB-associated protein 1 / KAP-1 / KRAB-interacting ...TIF1-beta / E3 SUMO-protein ligase TRIM28 / KRAB-associated protein 1 / KAP-1 / KRAB-interacting protein 1 / KRIP-1 / Nuclear corepressor KAP-1 / RING finger protein 96 / RING-type E3 ubiquitin transferase TIF1-beta / Tripartite motif-containing protein 28


分子量: 9674.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM28, KAP1, RNF96, TIF1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13263, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
212isotropic13D HNCA
222isotropic13D HN(CO)CA
232isotropic13D CBCA(CO)NH
242isotropic13D HN(CA)CB
252isotropic13D HNCO
292isotropic13D HN(CA)CO
282isotropic13D (H)CCH-TOCSY
171isotropic33D 1H-15N NOESY
262isotropic23D 1H-13C NOESY
2102isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
1111isotropic32D 1H-15N HSQC
2122isotropic22D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solid11 mM [U-15N] TRIM28 RING, 90% H2O/10% D2O15N_trim2890% H2O/10% D2O
solution21 mM [U-13C; U-15N] TRIM28 RING, 90% H2O/10% D2O15N_13C_Trim2890% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMTRIM28 RING[U-15N]1
1 mMTRIM28 RING[U-13C; U-15N]2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1100 mMStandard Buffer6.21 atm298 K
2100 mMStandard Buffer6.21 atm298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002
Bruker ABrukerA9503

-
解析

NMR software
名称開発者分類
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
Xplor-NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 18

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る