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- PDB-6i8y: Crystal structure of Spindlin1 in complex with the Methyltransfer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i8y
タイトルCrystal structure of Spindlin1 in complex with the Methyltransferase inhibitor A366
要素Spindlin-1
キーワードGENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / Epigenetics (エピジェネティクス) / Tudor domain / Methyl-Lysine / methyl-Arginine
機能・相同性
機能・相同性情報


gamete generation / rRNA transcription / positive regulation of Wnt signaling pathway / methylated histone binding / meiotic cell cycle / spindle / Wntシグナル経路 / chromatin organization / 核膜 / 核小体 ...gamete generation / rRNA transcription / positive regulation of Wnt signaling pathway / methylated histone binding / meiotic cell cycle / spindle / Wntシグナル経路 / chromatin organization / 核膜 / 核小体 / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Spindlin/spermiogenesis-specific protein / Spindlin/spermiogenesis-specific domain superfamily / Spin/Ssty Family
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2OD / Spindlin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Srikannathasan, V. / Johansson, C. / Gileadi, C. / Shrestha, L. / Sorrell, F.J. / Krojer, T. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. ...Srikannathasan, V. / Johansson, C. / Gileadi, C. / Shrestha, L. / Sorrell, F.J. / Krojer, T. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. / Oppermann, U.C.T.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
英国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: A Chemical Probe for Tudor Domain Protein Spindlin1 to Investigate Chromatin Function.
著者: Fagan, V. / Johansson, C. / Gileadi, C. / Monteiro, O. / Dunford, J.E. / Nibhani, R. / Philpott, M. / Malzahn, J. / Wells, G. / Faram, R. / Cribbs, A.P. / Halidi, N. / Li, F. / Chau, I. / ...著者: Fagan, V. / Johansson, C. / Gileadi, C. / Monteiro, O. / Dunford, J.E. / Nibhani, R. / Philpott, M. / Malzahn, J. / Wells, G. / Faram, R. / Cribbs, A.P. / Halidi, N. / Li, F. / Chau, I. / Greschik, H. / Velupillai, S. / Allali-Hassani, A. / Bennett, J. / Christott, T. / Giroud, C. / Lewis, A.M. / Huber, K.V.M. / Athanasou, N. / Bountra, C. / Jung, M. / Schule, R. / Vedadi, M. / Arrowsmith, C. / Xiong, Y. / Jin, J. / Fedorov, O. / Farnie, G. / Brennan, P.E. / Oppermann, U.
履歴
登録2018年11月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spindlin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5949
ポリマ－25,5001
非ポリマー1,0948
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.170, 116.170, 43.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Spindlin-1 / Ovarian cancer-related protein / Spindlin1


分子量: 25499.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPIN1, OCR, SPIN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y657

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非ポリマー , 7種, 115分子

#2: 化合物 ChemComp-2OD / 5'-methoxy-6'-[3-(pyrrolidin-1-yl)propoxy]spiro[cyclobutane-1,3'-indol]-2'-amine


分子量: 329.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H27N3O2
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH=6.5,0.2M CaCl2, 45% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97623 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97623 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→82.145 Å / Num. obs: 46462 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 19.09 Å2 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.111 / Rsym value: 0.106 / Net I/av σ(I): 4 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.6-1.699.70.791157360.2660.8360.791100
1.69-1.7910.50.5191.454210.1670.5460.519100
1.79-1.9111.30.3222.351000.10.3370.322100
1.91-2.0712.30.2083.547780.0620.2170.208100
2.07-2.2612.10.1554.644020.0470.1620.155100
2.26-2.5312.10.1275.540110.0380.1320.127100
2.53-2.9211.90.1056.335680.0320.110.105100
2.92-3.5810.90.088730310.0270.0920.088100
3.58-5.0610.70.0758.124100.0230.0780.075100
5.06-19.33210.50.0688.513950.0210.0710.06898.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4H75

4h75


解像度: 1.52→82.145 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.88
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2054 2335 5.03 %
Rwork0.1903 --
obs0.1911 46462 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 160.62 Å2 / Biso mean: 33.782 Å2 / Biso min: 11.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.52→82.145 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1526 0 115 107 1748
Biso mean--57.94 34.56 -
残基数----190
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141658
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3912247
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077232
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009275
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.939968
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.52-1.55110.3421380.334825602698
1.5511-1.58480.3121160.296425442660
1.5848-1.62170.28191290.263925652694
1.6217-1.66220.26291410.24225562697
1.6622-1.70720.24671260.219525712697
1.7072-1.75740.22631310.208425642695
1.7574-1.81410.18341050.198826012706
1.8141-1.8790.22471350.198825612696
1.879-1.95420.20851650.187225442709
1.9542-2.04320.21761330.179825942727
2.0432-2.15090.17921450.175125702715
2.1509-2.28570.1741360.176825882724
2.2857-2.46210.19671340.180126042738
2.4621-2.70990.20061430.17726182761
2.7099-3.10210.1781520.176926302782
3.1021-3.90830.18951470.171526532800
3.9083-82.26480.21711590.195128042963
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1094-1.4126-0.59047.30962.30584.14380.0202-0.14120.38710.0179-0.23250.5504-0.5181-0.16930.00360.16130.00780.00490.1365-0.05160.253744.05842.8491.7932
25.2702-1.0466-1.88490.57940.17892.446-0.12560.0024-0.12970.1111-0.00170.01530.1788-0.06610.07140.1297-0.03960.0050.0672-0.01720.138142.7639-5.28062.7499
32.15680.49981.68230.97260.73193.316-0.04640.10390.0762-0.16150.05030.0211-0.081-0.0777-0.06080.1222-0.02220.01940.14060.02090.141338.4418-4.6633-7.0724
40.91810.374-0.93371.8152-0.7825.06240.02420.13410.0988-0.11340.01180.0903-0.0828-0.2750.01170.1571-0.0593-0.0040.2057-0.00440.178629.2757-7.1675-12.8261
52.44641.2012-1.2320.9676-0.68531.6236-0.0054-0.0263-0.21660.0428-0.03110.02180.2867-0.29780.02050.2208-0.1051-0.0050.204-0.01680.167526.7338-16.16363.1282
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 51 through 62 )A51 - 62
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 63 through 91 )A63 - 91
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 92 through 147 )A92 - 147
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 148 through 216 )A148 - 216
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 217 through 269 )A217 - 269

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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