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万見
- PDB-6i5f: Crystal structure of DNA-free E.coli MutS P839E dimer mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i5f
タイトルCrystal structure of DNA-free E.coli MutS P839E dimer mutant
要素DNA mismatch repair protein MutSDNAミスマッチ修復
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / MutS / DNA mismatch repair (DNAミスマッチ修復) / helix folding / ABC-ATPase / coiled coil (コイルドコイル) / helix kink / apo-MutS
機能・相同性
機能・相同性情報


adenine/cytosine mispair binding / MutS complex / mismatch repair complex / regulation of DNA recombination / mismatched DNA binding / DNA binding, bending / ATP-dependent DNA damage sensor activity / DNAミスマッチ修復 / ADP binding / damaged DNA binding ...adenine/cytosine mispair binding / MutS complex / mismatch repair complex / regulation of DNA recombination / mismatched DNA binding / DNA binding, bending / ATP-dependent DNA damage sensor activity / DNAミスマッチ修復 / ADP binding / damaged DNA binding / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
MutS, connector domain / DNA repair protein MutS, domain I / MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 / MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 - #10 / DNA mismatch repair protein MutS / DNA mismatch repair protein MutS/MSH / DNA mismatch repair protein MutS-like, N-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, connector domain / DNA mismatch repair protein MutS, clamp / DNA mismatch repair protein MutS, N-terminal ...MutS, connector domain / DNA repair protein MutS, domain I / MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 / MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 - #10 / DNA mismatch repair protein MutS / DNA mismatch repair protein MutS/MSH / DNA mismatch repair protein MutS-like, N-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, connector domain / DNA mismatch repair protein MutS, clamp / DNA mismatch repair protein MutS, N-terminal / MutS, connector domain superfamily / MutS domain I / MutS domain II / MutS family domain IV / MutS domain III / DNA mismatch repair MutS family / DNA mismatch repair protein MutS, C-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, core / DNA mismatch repair protein MutS, core domain superfamily / MutS domain V / DNA mismatch repair proteins mutS family signature. / DNA-binding domain of DNA mismatch repair MUTS family / ATPase domain of DNA mismatch repair MUTS family / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / Nucleotidyltransferase; domain 5 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA mismatch repair protein MutS
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Bhairosing-Kok, D. / Groothuizen, F.S. / Fish, A. / Dharadhar, S. / Winterwerp, H.H.K. / Sixma, T.K.
資金援助 オランダ, 4件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific ResearchTOP 714.016.002 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific ResearchECHO 711.011.011 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific ResearchCGC.nl オランダ
European UnionMM2M (FP7)
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Sharp kinking of a coiled-coil in MutS allows DNA binding and release.
著者: Bhairosing-Kok, D. / Groothuizen, F.S. / Fish, A. / Dharadhar, S. / Winterwerp, H.H.K. / Sixma, T.K.
履歴
登録2018年11月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA mismatch repair protein MutS
B: DNA mismatch repair protein MutS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,69226
ポリマ－190,7762
非ポリマー2,91624
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12060 Å2
ΔGint-195 kcal/mol
Surface area67070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.375, 113.525, 158.904
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA mismatch repair protein MutS / DNAミスマッチ修復


分子量: 95387.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mutS, fdv, b2733, JW2703 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23909
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.51 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M Hepes 7.0 7 % Dioxone 1.4 M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→80.22 Å / Num. obs: 62205 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 38.87 Å2 / CC1/2: 0.957 / Rmerge(I) obs: 0.299 / Rpim(I) all: 0.167 / Rrim(I) all: 0.344 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 253695 / Scaling rejects: 79
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.6-2.6741.19443810.110.6731.37494.9
11.63-80.223.70.0737310.990.0430.08594.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
MOSFLM6.2.6データ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WB9

1wb9


解像度: 2.6→71.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.855 / SU R Cruickshank DPI: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.52 / SU Rfree Blow DPI: 0.294 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.301
詳細: Residues 12-80 (mismatch binding domain) in chain A and residues 442-503 (clamp domain) in chain B are are likely flexible They were placed in the structure using conserved fold of the ...詳細: Residues 12-80 (mismatch binding domain) in chain A and residues 442-503 (clamp domain) in chain B are are likely flexible They were placed in the structure using conserved fold of the mismatch binding domain and clamp domain, respectively
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 3051 4.91 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.209 62187 97.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 184.83 Å2 / Biso mean: 59.92 Å2 / Biso min: 7.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.2441 Å20 Å20 Å2
2---2.1574 Å20 Å2
3---5.4015 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→71.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12134 0 177 140 12451
Biso mean--60.46 26.01 -
残基数----1537
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4496SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2149HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12499HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1630SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14663SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d12499HARMONIC20.011
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg16909HARMONIC21.27
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.87
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.3
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2815 214 4.89 %
Rwork0.251 4160 -
all0.2525 4374 -
obs--94.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.01140.0002-0.01460.0027-0.03490.01630-0.00010.00030.0002-0.00040.00070-0.00030.0005-0.0001-0.00190.00120.00090.00290.0005-12.6104-9.728132.2641
21.10710.1289-0.72620.1245-0.25070.12480.00250.0108-0.0076-0.00560.00560.00720.016-0.0044-0.0081-0.01380.01440.01230.00770.020.0065.5296-0.1359.6551
30.12420.0974-0.05680.0786-0.04540.00770.0001-0.00080.00150.0016-0.00220.00070.00140.00050.0021-0.009-0.00560.01070.0038-0.00150.0071-53.905220.35889.4219
40.1537-0.24650.08530.0566-0.26420.21440.0025-0.00390.0103-0.0027-0.00620.0074-0.00370.02160.0037-0.00940.01040.01530.01410.026-0.009734.63784.410117.334
50-0.08720.18870.10910.01750.0941-0.0004-0.0011-0.0014-0.0009-0.00060.0009-0.00050.0010.00110.0040.0088-0.0111-0.00410.0049-0.0041-6.004423.392534.0501
60.2775-0.281.30430-0.47440.32650.0031-0.00870.0116-0.00770.0109-0.0023-0.0055-0.0106-0.01390.00780.0316-0.04010.00190.006-0.01288.23428.418157.4773
70.028-0.04840.00190.01340.00560.006500.0002-0.00020.00020.0001-0.00010.00010-0.000100.0013-0.00060.00070.00010.0009-37.310617.104732.8725
80-0.32250.00480-0.26950.98980-0.0070.0065-0.0105-0.0088-0.0060.00580.0040.00890.01780.0151-0.0085-0.0008-0.0082-0.023232.8888-7.311649.7737
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|12 - A|94 A|109 - A|112 }A12 - 94
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|12 - A|94 A|109 - A|112 }A109 - 112
3X-RAY DIFFRACTION2{ A|113 - A|441 }A113 - 441
4X-RAY DIFFRACTION3{ A|442 - A|515 }A442 - 515
5X-RAY DIFFRACTION4{ A|516 - A|657 A|668 - A|750 A|755 - A|799 }A516 - 657
6X-RAY DIFFRACTION4{ A|516 - A|657 A|668 - A|750 A|755 - A|799 }A668 - 750
7X-RAY DIFFRACTION4{ A|516 - A|657 A|668 - A|750 A|755 - A|799 }A755 - 799
8X-RAY DIFFRACTION5{ B|6 - B|94 B|104 - B|112 }B6 - 94
9X-RAY DIFFRACTION5{ B|6 - B|94 B|104 - B|112 }B104 - 112
10X-RAY DIFFRACTION6{ B|113 - B|441 }B113 - 441
11X-RAY DIFFRACTION7{ B|442 - B|515 }B442 - 515
12X-RAY DIFFRACTION8{ B|516 - B|658 B|667 - B|799 }B516 - 658
13X-RAY DIFFRACTION8{ B|516 - B|658 B|667 - B|799 }B667 - 799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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