PDB-6i56: Crystal structure of PBSX exported protein XepA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6i56

タイトル

Crystal structure of PBSX exported protein XepA

要素

Phage-like element PBSX protein XepA

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / XepA / PBSX exported protein / XkdY / P31

機能・相同性

Phage-like element PBSX protein XepA

機能・相同性情報

生物種

Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.12 Å

データ登録者

Hakansson, M. / Svensson, L.A. / Welin, M. / Al-Karadaghi, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of the Bacillus subtilis prophage lytic cassette proteins XepA and YomS.
著者: Freitag-Pohl, S. / Jasilionis, A. / Hakansson, M. / Svensson, L.A. / Kovacic, R. / Welin, M. / Watzlawick, H. / Wang, L. / Altenbuchner, J. / Plotka, M. / Kaczorowska, A.K. / Kaczorowski, T. ...

履歴

登録	2018年11月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月18日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6i56.cif.gz	552.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6i56.ent.gz	458.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6i56.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6i56_validation.pdf.gz	460.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6i56_full_validation.pdf.gz	468 KB	表示
XML形式データ	6i56_validation.xml.gz	58.3 KB	表示
CIF形式データ	6i56_validation.cif.gz	83.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/6i56 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/6i56	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6i5oC 6ia5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ia5-d 5wdg-d 4rfl-d 5dx6-d 6nq3-2 1ozf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

D: Phage-like element PBSX protein XepA

A: Phage-like element PBSX protein XepA

C: Phage-like element PBSX protein XepA

B: Phage-like element PBSX protein XepA

E: Phage-like element PBSX protein XepA

ヘテロ分子

152 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.810, 106.467, 158.842
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	TYR	TYR	VAL	VAL	D	A	4 - 278	4 - 278
2	1	TYR	TYR	VAL	VAL	A	B	4 - 278	4 - 278
1	2	TYR	TYR	VAL	VAL	D	A	4 - 278	4 - 278
2	2	TYR	TYR	VAL	VAL	C	C	4 - 278	4 - 278
1	3	TYR	TYR	VAL	VAL	D	A	4 - 278	4 - 278
2	3	TYR	TYR	VAL	VAL	B	D	4 - 278	4 - 278
1	4	TYR	TYR	VAL	VAL	D	A	4 - 278	4 - 278
2	4	TYR	TYR	VAL	VAL	E	E	4 - 278	4 - 278
1	5	VAL	VAL	VAL	VAL	A	B	2 - 278	2 - 278
2	5	VAL	VAL	VAL	VAL	C	C	2 - 278	2 - 278
1	6	LYS	LYS	VAL	VAL	A	B	3 - 278	3 - 278
2	6	LYS	LYS	VAL	VAL	B	D	3 - 278	3 - 278
1	7	LYS	LYS	VAL	VAL	A	B	3 - 278	3 - 278
2	7	LYS	LYS	VAL	VAL	E	E	3 - 278	3 - 278
1	8	LYS	LYS	VAL	VAL	C	C	3 - 278	3 - 278
2	8	LYS	LYS	VAL	VAL	B	D	3 - 278	3 - 278
1	9	LYS	LYS	VAL	VAL	C	C	3 - 278	3 - 278
2	9	LYS	LYS	VAL	VAL	E	E	3 - 278	3 - 278
1	10	LYS	LYS	SER	SER	B	D	3 - 279	3 - 279
2	10	LYS	LYS	SER	SER	E	E	3 - 279	3 - 279

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

#1: タンパク質	Phage-like element PBSX protein XepA / Protein XkdY 分子量: 30378.119 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 遺伝子: xepA, xkdY, BSU12780 / 細胞株 (発現宿主): pHWG1186 E.coli JM109 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39797
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 861 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.5 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 5.0, 6 % (w/v) PEG4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.97954 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97954 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.12→29.86 Å / Num. obs: 83224 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.148 / R_pim(I) all: 0.049 / R_rim(I) all: 0.156 / Net I/σ(I): 11

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.12-2.16	10.2	2.072	1.2	4534	0.513	0.676	2.181	100
11.02-29.84	8.6	0.035		660	0.999	0.013	0.038	95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.3	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.12→29.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 12.46 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.222 / ESU R Free: 0.182
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2208	4107	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1726	-	-	-
obs	0.175	79037	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 122.32 Å² / B_iso mean: 47.701 Å² / B_iso min: 12.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.05 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.12→29.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10642	0	36	861	11539
B_iso mean	-	-	72.07	48.51	-
残基数	-	-	-	-	1387

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	10936
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	10121
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.68	1.638	14815
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.376	1.578	23431
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.664	5	1394
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.249	23.202	534
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.427	15	1810
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.014	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	12400
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2324

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	D	7945	0.09
1	2	A	7945	0.09
2	1	D	7946	0.09
2	2	C	7946	0.09
3	1	D	7986	0.08
3	2	B	7986	0.08
4	1	D	7968	0.09
4	2	E	7968	0.09
5	1	A	8024	0.08
5	2	C	8024	0.08
6	1	A	8037	0.08
6	2	B	8037	0.08
7	1	A	8031	0.08
7	2	E	8031	0.08
8	1	C	8054	0.08
8	2	B	8054	0.08
9	1	C	8052	0.09
9	2	E	8052	0.09
10	1	B	8110	0.09
10	2	E	8110	0.09

LS精密化シェル

解像度: 2.12→2.175 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.332	285	-
R_work	0.298	5815	-
all	-	6100	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2141	-0.7264	-0.5924	2.0223	1.096	1.84	0.0643	0.4346	-0.1759	-0.2693	-0.1437	0.1776	0.0846	-0.1353	0.0794	0.0795	-0.0028	-0.0284	0.3494	-0.0431	0.0314	17.687	-4.917	-49.048
2	2.5614	-0.4275	0.2427	2.6754	0.7748	3.5324	-0.0696	0.0061	0.2322	-0.0127	0.057	-0.0471	-0.1014	0.2994	0.0125	0.0456	-0.0159	-0.0044	0.2271	0.0402	0.0495	39.001	-47.215	-0.361
3	3.1282	-0.9717	-0.4711	0.9118	0.1268	0.1862	0.076	0.2028	0.1138	-0.2182	-0.0628	-0.1084	-0.0002	0.0787	-0.0131	0.0658	-0.0039	0.0272	0.2304	0.0001	0.0136	38.033	0.998	-40.385
4	3.0335	0.3192	0.0488	2.4695	0.8348	3.166	-0.0266	-0.0797	0.1554	0.0078	0.0207	0.0109	-0.2189	-0.0021	0.0058	0.1316	0.0026	0.0009	0.1593	-0.0063	0.0676	27.561	-33.55	18.297
5	3.1989	0.7833	0.3028	1.0807	0.315	1.0395	0.0166	0.2683	0.0312	-0.1081	-0.0316	0.2221	-0.088	-0.1272	0.015	0.018	0.025	-0.0235	0.2405	0.0141	0.0586	1.421	4.98	-36.252
6	2.5407	-0.1453	-0.186	2.0331	0.1547	2.903	0.0074	0.0939	0.0141	0.0387	-0.0069	0.0668	0.1377	-0.0419	-0.0006	0.0539	-0.0036	0.0138	0.2322	0.0135	0.0085	20.411	-57.844	-14.716
7	1.5283	0.3506	0.9985	1.1392	1.1067	2.6001	0.0597	0.1534	0.1749	-0.07	0.0742	-0.1397	-0.1502	0.3048	-0.134	0.0214	-0.0031	0.0315	0.2162	0.0081	0.0594	34.312	14.677	-22.326
8	3.487	-0.1832	0.3312	1.8057	-0.0085	3.1258	-0.1251	-0.0774	0.0552	0.0249	0.111	0.0624	-0.5175	-0.3555	0.014	0.1682	0.1042	0.0253	0.2676	0.0246	0.0842	1.993	-35.21	15.174
9	2.4185	-0.8155	-1.1586	0.917	0.8742	2.1518	0.1442	0.0487	0.3281	-0.0433	-0.0457	0.0032	-0.2154	-0.0205	-0.0985	0.0272	-0.006	0.0231	0.1571	0.0208	0.0679	11.702	17.115	-19.754
10	3.0276	0.2108	-0.0947	2.9655	1.1007	3.0585	-0.0242	0.18	0.0194	-0.141	0.0008	0.122	-0.0414	-0.3294	0.0233	0.0081	-0.0077	-0.0032	0.3622	0.0084	0.0807	-2.503	-50.18	-5.416
11	0.0522	0.5937	-0.3527	7.1466	-4.2605	2.5453	0.025	0.0089	-0.0022	0.0998	0.1003	0.2303	-0.0224	-0.0591	-0.1253	0.2858	0.0016	0.012	0.385	-0.0327	0.2571	18.498	-16.902	-17.217

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 144
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	172 - 279
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	3 - 144
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	172 - 279
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	2 - 144
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	172 - 279
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	4 - 144
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	172 - 279
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	3 - 144
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	172 - 279
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	145 - 171
12	X-RAY DIFFRACTION	11	B	145 - 171
13	X-RAY DIFFRACTION	11	C	145 - 171
14	X-RAY DIFFRACTION	11	D	145 - 171
15	X-RAY DIFFRACTION	11	E	145 - 171

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)